2017年、国内最大の日刊紙ビルトとイギリスの調査会社YouGov（英語版）がドイツ全土で行った「自分が住む州はドイツから独立すべきか」という世論調査に対し、バイエルン州民の3分の1が独立を支持している[5]。オーストリア、リヒテンシュタイン、ルクセンブルク、3割強の他民族を含むがスイスなど、同民族同言語の独立国が現に周囲に多数存在していることや、その大部分がEUによって同一経済圏に入っていること、つまりドイツ民族は特に強固な統一国家の傘にまとまらなくても不自由がないのではないかという疑問がこうした意識に拍車をかけている。
宗教
キリスト教2006年9月9日、ミュンヘンのマリエンプラッツで「バイエルン賛歌」を歌うベネディクト16世。950年ぶりのドイツ人のローマ教皇はバイエルン州出身者である。

バイエルン州はローマ・カトリック教会信徒の比率53,7 % ( 2011年現在)であり、ドイツにおいてカトリック教会信徒の多い地域の一つである。カトリック教会信徒の比率を比べると、ドイツにおいて最も比率が高いのは、同じカトリック圏のフランスおよびルクセンブルクとの国境地帯に位置するザールラント州の64,1 %であるが、バイエルン州はその次点である[6]。政治的にもキリスト教民主同盟(CDU)の事実上のバイエルン支部であり、より保守的なキリスト教社会同盟(CSU)の牙城である（ただし、州都ミュンヘン市では全国政党のドイツ社会民主党(SPD)の勢力が強く、第二次世界大戦後から2014年までの6人の市長のうち5人は社会民主党から出ている）。

バイエルン州住民の20,8%はバイエルン福音ルター派教会の信徒である[7]。この二つの教派は一つの行政区域を越えて不均等な形態で分布している。アルトバイエルンとウンターフランケンはローマ・カトリックが支配的であり、ミッテルフランケンとオーバーフランケンは福音主義が優勢である。アンスバッハ侯領とバイロイト侯領 (ブランデンブルク＝バイロイト辺境伯領)であった地域とバイエルン州内のかつての帝国自由都市の大部分(ニュルンベルク、ローテンブルク・オプ・デア・タウバー)はバイエルン福音ルター派教会が優勢な地域で、歴史的にも宗教改革の中心地であった。ローマ・カトリック教会と福音主義教会への所属は最近減り続けている。信徒の減少傾向は他の州でも同様に起きている。バイエルン州政府はカトリック教会の年6500万ユーロ、福音主義教会に年2100万ユーロを補助金として一般会計から支出している[8]。
バイエルン州住民の宗教帰属

1840[9] *1900[9] *1933[9] *1950[9]1970[10]2006200720102011
ローマ・カトリック71,1 %70,5 %70,0 %71,9 %70,4 %57,2 %[11]56,3 %[12]54,4 %[13]53,7 %[6]
福音主義27,4 %28,3 %28,7 %26,5 %25,2 %21,3 %[14]21,0 %[15]20,4 %[13]
イスラム教????0,9 %2,2 %
ユダヤ教1,4 %0,9 %0,5 %0,1 %0,1 %0,1 %
他の宗教
無宗教0,1 %0,3 %0,8 %1,5 %3,4 %19,2 %

* Inklusive der Region Pfalz

上図の通り、バイエルン州におけるローマ・カトリック教会の影響力はかなり弱くなって来ている。バイエルン州においてドイツ福音主義教会(EKD)に加盟している州教会はバイエルン福音ルター派教会と福音主義改革派教会の二つである。なお、福音主義改革派教会に属する改革派教会は州内の都市部に6ヶ所あるに過ぎない。
名所・旧跡ヴィースの巡礼教会
世界遺産

ヴュルツブルク司教館、その庭園群と広場（1981年登録）