※ 大型車・普通車、125CCを超える自動二輪車とも同料金、原付自転車は全区間無料
2024年3月31日以前は、ETCや自動精算機・料金自動収受機は設置されておらず料金所職員に支払う形を取っていた。2000年から2021年3月28日まで、有料にもかかわらず摩耶ランプの出入口料金所は20時から翌朝8時までは係員が不在となり（本線料金所には係員配置）、料金所に置かれた鉄製の箱に料金を投入することとされていて遮断機もなかったことから、夜間時間帯は料金を支払わず通過するのが常態化していた[10]。これが市議会でも問題視されたが、交通量の少ない夜間に全料金所に係員を配置すると費用倒れとなることから、市条例を改正のうえ、2021年3月29日からETCの設置までの間、夜間に1区間だけ通行する場合は無料とされた[8][11]。
2024年3月31日以前は、摩耶大橋と共通の回数券が利用できた。1冊125枚つづりが10,500円、1冊300枚つづりが22,000円であり、1区間通行する場合は1枚、2区間通行する場合は2枚または1枚と現金110円を収受員に手渡す[7]。この他、神戸港の振興策として一定の事業者からの減免申請に基づき、別途規定枚数の「通行券」が交付されていた。ETC導入に伴い2024年2月29日をもって回数券の販売は終了し、同年4月1日以降は使用できなくなった[9]。ETC導入と合わせて、並行する摩耶大橋は無料開放された[9]。
阪神高速道路により3号神戸線と5号湾岸線との乗り継ぎルートに指定されているが、本路線の料金は別途支払う必要がある。
2024年10月1日に1区間150円、2区間300円への値上げが予定されている[9]。 2024年4月1日にすべての料金所に導入された[9]。
ETCについて
脚注[脚注の使い方]^ “平成28年度新規事業候補箇所説明資料（計画段階評価）
^ a b c d e f g h i “神戸開港150年のあゆみ（神戸港関連歴史略年表）” (PDF). 神戸開港150年記念事業実行委員会 (2017年). 2021年5月23日閲覧。
^ “ポートと六甲の両アイランド直結 ハーバーハイウェイ開通 ／兵庫”. 朝日新聞. (1993年2月9日) （朝日新聞データベース聞蔵IIにて2021年5月22日確認）
^ a b c “ハーバーハイウェイ 1年7カ月ぶり復旧”. 交通新聞 (交通新聞社): p. 3. (1996年8月27日)
^ “関西空港?ポートアイランド間を直結 住吉浜渡り線開通”. 朝日新聞. (1997年12月15日) （朝日新聞データベース聞蔵IIにて2021年5月22日確認）
^ “消費税率引き上げに伴う「摩耶大橋・港湾幹線道路」の使用料金改定について” (PDF). 神戸市みなと総局 (2014年3月18日). 2021年5月24日閲覧。
^ a b “ ⇒消費税率引き上げに伴う「摩耶大橋・港湾幹線道路」の使用料金改定について” (PDF). 神戸市港湾局 (2019年8月30日). 2021年5月24日閲覧。
^ a b “港湾幹線道路（ハーバーハイウェイ）通行料金の徴収時間の変更”. 神戸市港湾局経営企画課 (2021年3月18日). 2021年5月24日閲覧。
^ a b c d e “ハーバーハイウェイのETC導入に伴う制度変更”. 神戸市 (2023年11月21日). 2023年12月17日閲覧。
^ “通行料7億円徴収漏れ 神戸・ハーバーハイウェイ過去5年間”. 神戸新聞NEXT (神戸新聞社). (2020年12月2日). https://www.kobe-np.co.jp/news/sougou/202012/0013907668.shtml 2022年6月1日閲覧。
^ “神戸・ハーバーハイウェイ、ETC設置まで夜間通行無料に 13億円徴収漏れ問題”. 神戸新聞NEXT (神戸新聞社). (2020年12月10日). オリジナルの2021年5月23日時点におけるアーカイブ。. https://web.archive.org/web/20210523165726/https://www.kobe-np.co.jp/news/sougou/202012/0013929176.shtml 2022年6月1日閲覧。
関連項目.mw-parser-output .side-box{margin:4px 0;box-sizing:border-box;border:1px solid #aaa;font-size:88%;line-height:1.25em;background-color:#f9f9f9;display:flow-root}.mw-parser-output .side-box-abovebelow,.mw-parser-output .side-box-text{padding:0.25em 0.9em}.mw-parser-output .side-box-image{padding:2px 0 2px 0.9em;text-align:center}.mw-parser-output .side-box-imageright{padding:2px 0.9em 2px 0;text-align:center}@media(min-width:500px){.mw-parser-output .side-box-flex{display:flex;align-items:center}.mw-parser-output .side-box-text{flex:1}}@media(min-width:720px){.mw-parser-output .side-box{width:238px}.mw-parser-output .side-box-right{clear:right;float:right;margin-left:1em}.mw-parser-output .side-box-left{margin-right:1em}}ウィキメディア・コモンズには、ハーバーハイウェイに関連するカテゴリがあります。