ハーバード大学に入学した学生は、1年次をハーバードヤードとその周辺にある寮で過ごすが、2年次から4年次卒業までは、「ハウス House」と呼ばれるシステムに属し、大部分の学生がハウスに寄宿する全寮制となっている。ハーバード大学のハウスは、ハーバードヤードからチャールズ川の間を中心に12個ある。それぞれのハウスには、専攻、学年、人種の違う学生が400人ほど集まり、専任の教員がいて指導が行われ、同窓会組織も強い。日本の皇后雅子がハーバード在学中に寄宿したローウェルハウスなど、外観が優美な建築物も多い。
図書館ワイドナー記念図書館

ハーバード大学図書館（英語版）は1638年に創設され、アメリカで最も古い図書館である[39]。 学内に分散する図書館群を合計すると1530万冊の蔵書を持ち、学術図書館として世界最大級の規模を誇る[39]。この規模は、米国議会図書館に次いで全米2位の蔵書数であり、世界では米国議会図書館、大英図書館、フランス国立図書館に次いで4位となっている。

図書館システムの中心にあるのは、ワイドナー記念図書館であり[39]、その他、90個あまりの図書館を有する。例えば、多数の日本語書籍を所蔵するイェンチン図書館やカウントウェイ医学図書館などがある。
批判・不祥事
学長辞任

2023年にクローディン・ゲイが黒人として初の学長に就任。しかし同年秋に起きたイスラエルとガザ間での激しい戦闘をめぐり、学内での抗議運動への対処などが融和的だとして議会で批判を集め、また教員時代の研究不正が発覚、1年足らずで辞任した[40]。2024年5月現在、同大学経済学部教授であるアラン・ガーバーが暫定学長に就いている[10]。

サマーズ発言と不信任決議「ローレンス・サマーズ#男女間の能力に関する発言」も参照

2005年1月、サマーズ学長が、「科学や工学の分野で秀でた業績を残した女性が少ないのは、男女間に生まれつきの素質の差があるからだ」という趣旨の発言をし、世界中に配信された[41]。これをきっかけに、ハーバードカレッジの教員会が、サマーズ学長を不信任とする決議を採択している。2006年2月21日、同年6月に学長を辞任することを発表した[42]。
カンニング

2012年5月、リベラルアーツ学部で行われた政治学（「連邦会議入門」）の試験で学生たちのカンニングが発生した。後日、学年の約半数にあたる125名が退学や停学、仮進級といった処分を受けた。この5月の試験は「Take Home Exam」と呼ばれ、出題された課題を学生は自宅で答案（レポート）としてまとめて提出するものであった[43]。

この試験は、インターネット等の資料の閲覧が認められるものの、丸写しや他の学生との相談による作成は認められていない。しかし多数の学生の答案の回答ぶりがどれも酷似していたことから、大学側が調査を開始し、学生たちの不正行為が判明した。一部の学生側からは、特定の学生のノートをコピーして資料として使用したもので、答案作成そのものを相談して作成した訳ではない、との弁明が出されたが、大学側は大量処分に踏み切った[44]。
女子学生のレイプ被害

2015年9月21日、ハーバード大学は、2014年春に行なった学内での性的暴行、レイプ被害の調査結果を発表した[45]。その結果、ハーバード大学の4年生のうち、3分の1近くが在学中に様々な形での非合意の性行為と性的接触を受けていた、ハーバード大学4年生の女子学生では、そのうち、29.2％が非合意の性行為と性的接触を受けたと回答し、27校の平均値である27.2％を上回っていたという。ハーバード大学のドルー・ギルピン・ファウスト学長は9月21日、全学生と教師あてにメールを送り、そのメールの中で、この状況に対する憂慮を表明した[45][46]。
献体臓器売買

2023年6月15日、ペンシルベニア州ミドル地区連邦検事事務所は、同大医学部の遺体保管責任者ら6名を、献体された遺体から臓器を密売した疑いで起訴した[47]。
エピソードホリオキセンター（大学事務棟）

期末試験の最終日前夜、ハーバード大学では、学部生たちによる「産声（Primal Scream）」といわれるイベントが行われる[48]。学生は男女を問わず衣服を脱ぎ、ハーバードヤードを2周する。2学期制のハーバード大学では、この行事が年2回開催され、その1回は冬に行われることになる。参加者の中にはケープやマスクを身につけるものもいるが、全裸の者も多い。ストリーキングが行われる周辺は見物者で埋め尽くされ、開始前には楽隊の演奏がイベントを盛り上げる。2018年現在も行われている。[49]


ハーバード大学、イェール大学、プリンストン大学は、この3大学の関係者内で「ビッグ・スリーBig Three」または各校の頭文字をとってHYPと呼ばれる[50]。

ハーバードと地理学

アメリカ合衆国最高の教育水準を保つハーバード大学であるが、地理学に関しては1956年以降地理学者がいない状態が続いている[51]。