同じケンブリッジにあるマサチューセッツ工科大学（MIT）とは、単位交換などができる姉妹校として基本的に協同的な運営が行われている。近年、MITとハーバード大学の共同事業としてブロード研究所が設立されるなど関係が深まる一方、工学系が弱かったハーバード大学でも工学系学科の充実が行われつつある。
大学院キャンパス中央から図書館側を望む（2012年）。
大学院は、ハーバード大学文理大学院などのほか、ハーバード・ビジネス・スクールなど12の専門職大学院とラドクリフ研究所で構成されている。
その多くは各種ランキングで最上位に位置しており、とくにロースクール（第4位、2023）[16]やメディカルスクール（第1位、2023）[17]などが名高い。
ハーバード・メディカルスクール（1782年創設）— このメディカルスクールは、マサチューセッツ総合病院の運営を行っている他、いくつかの病院と提携をしている。世界最先端の医療研究も行われている。
ハーバード神学校（英語版）（1816年創設）
ハーバード・ロー・スクール（1817年創設）
ハーバード・デンタルスクール（1867年創設）
ハーバード大学文理大学院（英語版）（1872年創設） — 大学院生数は最多。人文科学・社会科学・自然科学・工学・生命科学を含む学術大学院。主に博士号であるPhDの学位を授与するが、少数ながら修士号を授与するプログラムも存在する。現在GSASで提供されている学位プログラムは数学、物理学、生物医学からケルト語やスラブ文学などきわめて多岐にわたる。[18]
ハーバード・ビジネス・スクール（1908年創設）
ハーバード・エクステンション・スクール（1910年創設）
ハーバード・デザインスクール（1914年創設）
ハーバード教育学大学院（1920年創設）
ハーバード公衆衛生大学院 - 武見国際保健プログラムが設置されている。（1922年創設）
ハーバード・ケネディスクール（1936年創設）
ハーバード・工学／応用科学スクール（2007年創設）ハーバードで最も新しいスクール。他のアイビー・リーグの大学同様、歴史的にハーバードでは工学や応用科学の研究が手薄であった。しかし、これらの分野の重要性の高まりを受け、スクールとして独立することで近年拡大を続けている。
ラドクリフ研究所：1879年創立のラドクリフ・カレッジは、ハーバード大学と提携した女子大学であったが、1999年に完全に吸収されラドクリフ研究所となった。ヘレン・ケラーが卒業したことで知られる（1904年）。
主要大学ランキング創立者ジョン・ハーバード像として設置されている彫像。「3つの嘘の像[注 1]」の呼び名がある。足に触れると幸運が訪れるという言い伝えがあるため、左の足先がすり減っている。ダニエル・チェスター・フレンチ（1850-1931）作。
ハーバードはアメリカの名門大学の中でもとくに成功した教育機関とみなされることが多く[19]、多くの卒業生が政財界・学術分野で成功を収めていることなどから、各種大学ランキングではつねに最上位グループに位置している[20]。また全米最高額の大学基金を運用することで図書館や体育館など学内施設の更新・充実がさかんに行われており、この点でも大学ランキングでは高い評価を受けている[20]。
世界大学ランキングセンターが2024年5月に発表したランキングでは、世界の大学全体で第1位[21]。
USニュース大学ランキング（2023年）
ベスト・グローバル大学ランキング ─ 第1位[22]
臨床医学、細胞生物学 ─ 第1位
THE世界大学ランキング
世界大学総合ランキング ─ 第4位（2024年）[23]
米国学部ランキング ─ 第1位（2022年）
ＱＳ大学ランキング
学部教育ランキング ─ 第1位（2024年）[24]
ＱＳ世界大学総合ランキング ─ 第4位（2024年）
フォーブズ大学ランキング
学部ランキング ─ 第9位（2023）[19]
私立大学ランキング ─ 第7位
日本との関係駐日大使の頃のエドウィン・ライシャワー。
ハーバード大学で本格的な日本研究が開始されたのは、1931年、ロシア生まれの東洋学者セルゲイ・エリセーエフが教員として招聘されたときとされている[25]。エリセーエフは日本語が堪能で、明治末期に東京帝国大学に滞在して夏目漱石や谷崎潤一郎らとも交流を深めた。
エリセーエフが着任後に始まった日本学研究で、最初の生徒の1人がエドウィン・ライシャワーである。ライシャワーは日本生まれ・日本育ちですでに日本語を話すことができたが、ハーバード大学院に入学後、エリセーエフからの薫陶を受けて東洋学全般への造詣を深めた[26]。ライシャワーは円仁『入唐求法巡礼行記』を扱った論文で学位を受けたのち、日本学研究者としてハーバードに着任した[27]。
