ウィーズリー家の暖炉から、新しい教科書を購入するためにダイアゴン横丁へ向かおうとするが、ハリーは発音がうまくいかず失敗し、「夜の闇（ノクターン）横丁」へ迷い込む。そこへ現れたホグワーツの森番、ルビウス・ハグリッドに救出され、ダイアゴン横丁で親友のハーマイオニー・グレンジャーとも再会する。書店ではハンサムな魔法使い、ギルデロイ・ロックハートのサイン会が行なわれていて、ロックハートはハリーを見つけては彼と一緒に「日刊予言者新聞」の記者に写真を撮らせ、教科書に指定されている7冊の自伝すべてを贈られる。その後、一行はスリザリン寮生のドラコ・マルフォイと、その父でホグワーツの理事を務めるルシウスと出会う。犬猿の仲であるロンの父アーサーとルシウスは殴り合いの喧嘩に発展するが、ハグリッドに制止される[注 1]。

新学期、キングス・クロス駅の9と3/4番線へ繋がる壁をなぜか通り抜けられなかったハリーとロンはホグワーツ特急に乗り遅れ、空飛ぶフォード・アングリアでホグワーツへ向かう。車はホグワーツの敷地内にある暴れ柳に激突し、そのためにロンの杖は折れ、車はふたりを降ろして禁じられた森へ走り去る。なんとかホグワーツに辿り着いたハリーとロンだったが、途中でマグルに空を飛んでいるところを見られたことで罰則を受け、ロンは母親からの吼えメールでさんざん叱られ、杖は折れたものをそのまま使用しなければいけなくなる。

ハロウィン当日、管理人アーガス・フィルチの猫であるミセス・ノリスが石になる事件が起こる。その後、マグル出身者の生徒が石にされる事件が立て続けに発生し、伝説と化していた「秘密の部屋」が「スリザリンの継承者」の手で開かれたのではないか、という疑惑がホグワーツ城内に広まる。ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人は、ドラコ・マルフォイが「スリザリンの継承者」ではないかと考え、飲めば姿を変えられるポリジュース薬を作り、マルフォイの取り巻きに化けて話を聞きだそうと計画する。

「秘密の部屋」の話題でもちきりになっていたある日、ロックハートの提案で「決闘クラブ」が開催される。このクラブにて、ハリーが蛇語を話せることが明らかになる。サラザール・スリザリンは蛇語に長けていたことで知られており、これを契機に、城内ではハリーが「継承者」ではないかという噂が広まる。ハリー、ロン、ハーマイオニーの3人はクリスマス休暇を利用してマルフォイに探りを入れるが、結局マルフォイが「継承者」ではないことが判明する。

クリスマス休暇が明けたある日、ハリーは3階の女子トイレで黒く古い日記帳を見つける。その日記帳には「T・M・リドル」という人物の記憶が残されていて、それを見たハリーは50年前にも起きた「秘密の部屋」事件の概要を知る。しかし後日、グリフィンドールの談話室から何者かに日記を盗まれ、さらに出場予定だったクィディッチの試合が中止となり、ハーマイオニーと別の女子生徒が襲われる事件が発生する。前回の事件時の被疑者だと言われているハグリッドは、魔法大臣とアルバス・ダンブルドアから魔法界の刑務所「アズカバン」へ送ることを告げられる。