最終回については様々な意見と反響があったが、この後の萩尾望都『ゴールデンライラック』のような展開を意識したと発言している[3]。また、それぞれの片思いの恋愛を描く一方で、美術というモンスターに取りつかれたはぐみをめぐる物語がもう一つの軸としてある、とも指摘されている[4]。

スピンオフとして、次作の『3月のライオン』コミック14巻で『ハチミツとクローバー』の「藤原デザイン事務所」の面々が登場し、『ハチミツとクローバー』のその後に触れ、主人公の零が部長を務める駒橋高校将棋部（部員は校長、教頭ら教師陣）と職域団体対抗将棋大会で対局する[7]。

2003年に、第27回講談社漫画賞少女部門を受賞。宝島社の「このマンガがすごい!」オンナ編の2006年版と2007年版において、2年連続1位を獲得した。2008年3月時点で累計発行部数は850万部を突破している[8]。

テレビアニメが2005年4月から9月までフジテレビ系列の「ノイタミナ」枠で、2006年6月からは第2期として『ハチミツとクローバーII』が同枠で放送された。実写映画『ハチミツとクローバー』が2006年7月22日より劇場公開、2008年1月8日からはフジテレビ系列で連続テレビドラマ化されたが、視聴率は低迷した。2008年には台湾でも『蜂蜜幸運草』のタイトルでテレビドラマ化され、主に日本の香川県でのロケが行なわれた。

タイトルの「ハチミツ」はスピッツの同名アルバム『ハチミツ』から、「クローバー」はスガシカオの同名アルバム『Clover(クローバー)』から採った物で、作者がタイトルを決める際に『ハチミツ』と『クローバー』と言う2枚のアルバムが並べてあったのを見たと言うのが所以である。その為アニメの挿入歌にはスピッツとスガシカオの楽曲が多く採用された。2008年版ドラマではこの2組の楽曲は全く使用されておらず、主題歌もそれまで作品に関わっていない平井堅が担当した。

舞台となっている浜田山美術大学のモデルは武蔵野美術大学で、建物の描写がリアルに再現されている。アニメ版でも同様に、スタッフロールには協力として同大学の名が記載されている[9]。浜田山美術大学の住所は、原作者のオフィス所在地である杉並区とされており、漫画内の地名や描写などからも推定ができる。
あらすじ

美大生・竹本祐太は同じアパートに暮らす先輩の森田忍や真山巧らに囲まれ大学生活を送っていた。

美大一の「変人」で「問題児」として知られる森田に振り回される毎日を過ごす竹本と真山。森田は時々大学に来ないときがあり、しばらくすると憔悴しきった姿でわけのわからないお土産と途方もない大金を手に戻ってくる。だが、森田は竹本や真山の食事や寝床を奪うなど傍若無人に振る舞い、金のことには一切触れようとせず、竹本らと貧乏暮らしをしていた。周囲の誰もが認めるクリエーターとしての高い才能を持ちながら、その才能に真摯に向き合おうとはしない森田に周囲はやきもきさせられる。

竹本は病弱だった父親を幼くして喪い、看護師の母親と二人で暮らしていた。やがて母親が別の男性と出会い再婚することになり、故郷から逃げ出すための口実として東京の美大へと進学したのだった。自らが誇るべき才能も個性も持ち合わせていないと常日頃感じている竹本はまぶしいほどの才能と底抜けの明るさを持つ森田に対し、劣等感を抱いていた。だが、森田は生真面目で誠実な竹本に甘えつつも弟のように可愛がっていた。

一方、真山は恩師である花本修司の紹介で働くことになった建築デザイン事務所の経営者・原田理花の事を心から慕っていた。理花は交通事故に遭って夫を失い、自らも後遺症で足に障害を抱えながら夫の遺した事務所を独りで切り盛りしていた。儚げでか弱く倒れてしまいそうな理花を支えたいと真山は心から願うが、理花はそんな真山の気持ちを知りつつも気づかないフリをして遠ざけようとしながらも、万事に卒の無い真山に依存してしまい結果的に翻弄させてしまう。

理花に対する想いを捨てきれない真山は彼女の一挙手一投足に振り回される。そんな無様な姿に最も傷ついていたのが真山に恋をする山田あゆみだった。酒屋の娘で在籍する陶芸科では美貌と才能の両方で周囲を虜にするあゆみ。周囲の男たちからもてはやされ、引く手あまたの「お姫様」であるあゆみだったが、真山への報われぬ恋に傷つき身を焦がしながら、その想いを捨てきれずに一人苦しんでいた。一方、真山も自分に向けられたあゆみの想いを知り、その想いに応えることが出来ないものの、「傷つけたくない守りたい存在」として側に置いておきたいという自分自身の矛盾した気持ちに悩み苦しんでいた。優しい真山はその優しさが故にあゆみから慕われ、同時に深く傷つけていた。

そんなある日、竹本は桜の木の下で見知らぬ少女に出会い、一目惚れしてしまう。真山はその様子を目撃し、密かに竹本の恋を応援する。彼女は花本の従兄弟・花本はぐみだった。人見知りが激しく口数も少ないはぐみだが、彼女の作り出す作品は見る者を惹き付ける圧倒的な才能に溢れていた。やがて、感性が合う者同士で、はぐみとあゆみは無二の親友になる。森田もまたはぐみに興味を抱き、やがてその才能とそれを持つ彼女を愛するようになる。一方、はぐみもまた森田の変人ぶりや強引さに当惑しながらも彼の溢れる才能を認め、心惹かれていく。しかし、デリカシーに欠け、なにかとはぐみを傷つけ泣かせ、困らせる森田。そんな森田の前では緊張から普段通りに振る舞えないはぐみ。どこかちぐはぐでありながら、互いを認め合う天才同士の魂の結びつきであるせいで、他の者を寄せ付けない「恋愛」と呼ぶには少し不思議な関係のはぐみと森田。二人を間近にしている竹本は自分の恋が決して叶わないものだと悟りながら、生きることには酷く不器用な森田、はぐみとそれぞれ交流を深めていく。

そんな若者たちを見つめる花本もまた辛い過去を抱えていた。無二の親友である原田、そして彼の彼女だった理花と共に青春時代を送り、三人で過ごした想い出の残る大学で教鞭をとることになり、密かに理花を想い続ける気持ちを押し隠したまま、原田の死によって心傷つき自らを守ることさえせず、死を切望する理花を支えなければならなかった。二人は一時期生活を共にするのだが、それは理花が原田の後を追わないよう見張るというものだった。やがて、理花は花本から自立するため事務所を再開して自分の道を歩き始める。そんな理花を心配する気持ちから、花本は信頼できる教え子である真山を側に置くようにはからったのだ。また、長野の田舎で祖母と二人きりの生活を送っていたはぐみが祖母を喪い途方に暮れていたのを見かね、広い世界で同世代の仲間たちとの繋がりの中から様々なものを見せるため上京を勧めたのだ。花本ははぐみに対して実の娘に対するような深い愛情を注ぎ、はぐみもまた花本の与える「無償の愛」に精一杯応えようとしていた。

花本の研究室に集うようになった竹本、真山、森田、はぐみ、あゆみの五人は、みんながお互いにそれぞれの恋心を胸に抱きながら、足早に流れていく季節の中、共に同じ時間を過ごすことで深い絆で結ばれていく。だが、それぞれに歩み出す道は異なっており、別れの季節は訪れる。留年の続く森田より先に卒業した真山は大学を去って設計事務所で働くようになり、森田が学校に来ない時間も徐々に増えていく。折からの就職難により、あゆみは研究生として大学に残ることになり、竹本は就職の決まらないストレスで倒れ、留年を余儀なくされる。ようやく決まった就職も倒産という形で無に帰し、思い詰めた竹本はがむしゃらに自転車を漕いだ結果、自分探しの旅に出ることになる。

やがて過ぎゆこうとする儚く脆い青春の時間を送る5人はやがて残酷なまでの悲劇に見舞われるのだった。それと平行するかのように、森田の秘められた過去が明らかになっていく。
登場人物

声はアニメ版での担当声優。演は実写作品での担当俳優で、映画版 / ドラマ版の順に記載。台湾ドラマ版のキャストは「#テレビドラマ（台湾版）」を参照。
主要人物
竹本 祐太（たけもと ゆうた）
声 - 神谷浩史[10]、野島健児（第2期最終回代役）、本田貴子（子供時代）演 - 櫻井翔（嵐） / 生田斗真（当時ジャニーズJr.）本作の主人公。建築科。19歳（初登場時）。群馬県安中市出身。父親を早くに病気で失っており、母一人子一人の環境で育つ。母を支えることに生き甲斐を見出していたが、母の再婚により生きる目標を失い、手先が器用だったことから何となく美大に入学する。家事全般が得意。素直で不器用、且つ真面目な性格のため年長者には可愛がられるが、世渡りは下手で就職試験に何度も失敗をした。はぐみに一目惚れするが、当初は自分でもその感情に気付かないでいた。大学卒業が近付いても自らの生きる道を見付けられず、自分が何をしたいのか悩み、彷徨する。その後、手ぶら同然で突如自転車で旅（「自分探し」と周囲は呼ぶが、本人はそういうつもりではないと語っている）に出、松島での修復士たちとの出会いを経て、日本最北端の宗谷岬まで到達。心身ともに成長した姿で東京に帰還し、はぐみに想いを告げる。大学卒業後は東京を離れ修復士たちへ合流、旅立ちの日にはぐみから四ツ葉のクローバー入りのはちみつサンドを餞として渡され、仲間たちと過ごした5年間の思い出を噛み締めながら東京を後にした。オフィシャルファンブックの書き下ろしマンガではサッと出来る料理を披露したが、余りにも質素すぎたために作者の涙を誘うことに。更に『セクシーコマンドー外伝 すごいよ!マサルさん ウ元ハ王版』4巻では副音声キャラとして登場するが、下の名前を作者に忘れられていた。
花本 はぐみ（はなもと はぐみ）
声 - 工藤晴香[10]演 - 蒼井優 / 成海璃子本作のメインヒロイン。油絵科。18歳（初登場時）。設定では長野県安曇野市出身。通称「はぐ」。森田からはマウス、コロポックル、チビモニ（チビだから）などと呼ばれている。父親は長野県警察刑事部捜査第一課課長（警部）で、修司の従兄弟である。母親は幼少期に亡くしたらしいが、詳細は不明。連載後期に父が再婚する。芸術に関しては天性の才能を持ち、新進芸術家として注目を浴びている。外見・言動ともに子供っぽく大学生には見えず、作中でも子供扱いされる事が多い。臆病で人付き合いが苦手な性格で、また天才故に周囲に敬遠されることも多かったため、竹本等と出会うまで友達が出来なかった。同じく天才肌の森田に惹かれてゆく。周囲の反発をよそに芸術家としての名声には興味を持たず、卒業後は故郷に帰って細々と絵を描きながら隠棲するつもりでいた。しかし4年次の学園祭で強風で倒れたガラス板の下敷きになり、破片で利き腕の神経を切ってしまう。二度と絵が描けなくなるかもしれないほどの重傷であったものの、わずかに残った感覚を頼りに修司と共に懸命のリハビリに努める。かわいらしい外見に似合わず、修司から「肉食獣」と形容されるくらいの肉好き。