ハエ亜目の単型性は、分子系統学的なデータや、形態的な特徴によって支持されている[1]。

伝統的な下位分類群として、直縫短角群（Orthorrhaphous、ハエ下目（環縫短角群）を除く下目を含む）、無額嚢節 Aschiza、額嚢節 Schizophora （ともにハエ下目内の分類群）などの群や節を設けることもあるが、これらは側系統群であると考えられている[1]。
下位分類

ムシヒキアブ下目 Asilomorpha - オドリバエ上科、ムシヒキアブ上科など。単型ではないためハエ下目に含めるとする研究もある[6][7]。

ハエ下目 Muscomorpha - ヒツジバエ上科、ハナアブ上科など多数。

ミズアブ下目 Stratiomyomorpha - ミズアブ科など。

アブ下目 Tabanomorpha - アブ科など。

キアブ下目 Xylophagomorpha - キアブ科など。

脚注^ a b c d e Grimaldi and Engel (2005) p.514
^ Grimaldi and Engel (2005) p.515
^ a b 三枝（2008）p.274
^ a b 川合、谷田共編（2005）p.660
^ a b 素木（1969）p.87
^ BRIAN M.WIEGMANN, DAVID K. YEATES, JEFFREY L. THORNE, and HIROHISA KISHINO 2003. Time Flies, a New Molecular Time-Scale for Brachyceran Fly Evolution Without a Clock. Systematic Biology 52(6):745-756
^ DAVID K. YEATES 2002. Relationships of extant lower Brachycera (Diptera): a quantitative synthesis of morphological characters. Zoologica Scripta, 31(1) 105-121

参考文献

David Grimaldi, Michael S. Engel (2005) Evolution of the Insects (Cambridge Evolution Series). Cambridge University Press ISBN 978-0521821490

川合禎次、谷田一三（共編）『日本産水生昆虫―科・属・種への検索』（2005年、東海大学出版会）

三枝豊平 (2008)「ハエ目（双翅目）DIPTERA 概説」In, 平嶋義宏 森本桂 (監修)『新訂 原色昆虫大圖鑑』 Vol.III, 北隆館:東京, pp. 255-283. ISBN 978-4-8326-0827-6

素木得一 (1969)『幼虫の検索』北隆館.
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表

話

編

歴
ハエ目（双翅目） の科

界
動物界
門
節足動物門
綱
昆虫綱
亜綱
有翅亜綱
下綱
新翅下綱
上目
内翅上目
カ亜目／長角亜目

クチキカ下目

クチキカ科

カ下目

カ上科

ホソカ科

チスイケヨソイカ科

ケヨソイカ科

カ科

ユスリカ上科

ユスリカバエ科

ブユ科

ヌカカ科

ユスリカ科

アミカ下目

アミカ科

アミカモドキ科

ハネカ科

ケバエ下目

ケバエ上科

ケバエ科

ヒゲナガケバエ科

カバエ上科

カバエ科

クロキノコバエ上科

ホソキノコバエ科

チャボキノコバエ科

ケズメカ科

ツノキノコバエ科

キノコバエ科

クロバネキノコバエ科

タマバエ科


チョウバエ下目

ニセケバエ上科

モモブトモリカ科

Perissommatidae

ニセケバエ科

チョウバエ上科

チョウバエ科

コシボソガガンボ下目

コシボソガガンボ科

ニセヒメガガンボ科

ガガンボ下目

ガガンボダマシ上科

ガガンボダマシ科

ガガンボ上科

シリブトガガンボ科

ヒメガガンボ科

オビヒメガガンボ科

ガガンボ科




ハエ亜目／短角亜目

ムシヒキアブ下目

ムシヒキアブ上科

Apioceridae

Apsilocephalidae

Apystomyiidae

ムシヒキアブ科

ツリアブ科

オドリバエモドキ科

ムシヒキアブモドキ科

Mythicomyiidae

Evocoidae

マドアブ科

ツルギアブ科

オドリアブ上科

Atelestidae

セダカバエ科

アシナガバエ科

オドリバエ科

ツリアブモドキ上科

コガシラアブ科

ツリアブモドキ科

ミズアブ下目

ミズアブ上科

Pantophthalmidae

ミズアブ科

キアブモドキ科


アブ下目

アブ上科

ナガレアブ科

シギアブ科

Spaniidae

アブ科

フトシギアブ科


アナアブ下目

アナアブ上科

アナアブ科

キアブ下目

キアブ上科

キアブ科

ハエ下目

無額嚢節

ヒラタアシバエ上科

ノミバエ科

ニセヒラタアシバエ科

Ironomyiidae

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ハナアブ科

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無弁翅亜節

メバエ上科

メバエ科
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ニセミバエ科

チーズバエ科

ヒロクチバエ科

デガシラバエ科

Richardiidae

ミバエ科

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ヤセバエ上科

バナナバエ科

マルズヤセバエ科

ナガズヤセバエ科

ニセヒメコバエ科

シュモクバエ上科