創世記の時代、アダムとイブはエデンの園を追われた後、カインとアベルとセトの３人の子どもをもうける。番人と呼ばれた光の天使たちは、アダムに人間の愛と弱さを感じ、神に背いて彼らを助けてあげたために堕天使となり、泥の塊のような姿に変えられ天上界に帰る事ができなくなっていた。カインはアベルを殺し、その子孫たちは堕天使から創造する事を教えられ、文明を築くことができた。しかし人間はいつしか堕天使を裏切り倒してしまう。それに抵抗したのが唯一神の創造物を大切に守り続けてきたセトの子孫、メトシェラであった。

メトシェラの孫になるノアが子どもの頃、カインの末裔で王を名乗るトバル・カインは、ノアの父を殺した。それから成人したノアは、妻と３人の男子といっしょに、トバルが支配する社会から隠れて住んでいた。ある日、ノアは洪水で人々が死ぬ夢を見る。神が世界を滅ぼそうとしている事を知ったノアは、祖父のメトシェラに会うため、家族を連れて旅に出る。途中、賊に襲われ怪我をしている少女イラに出会い助けるが、トバルたちの仲間に襲われる。そこに泥の塊の巨人となった堕天使の生き残りが現れ、ノアの家族を連れ去る。ただし泥の巨人の長であるシェムハザはノアたち人間を信じなかった。

しかし、泥の巨人のオグがノアを信じて逃がしてくれたおかげで、ノアらは無事にメトシェラの住む山にたどり着く。そこでメトシェラに会い、再び神の啓示を受けたノアは、世界は滅びるが、そのあとに楽園がやってくる事を知る。そのためにあらゆる動物を巨大な箱舟に載せて救う事が、自分に与えられた神の使命だと知る。

ノアは誤解を解いた泥の巨人たちの助けを受け、神から与えられた森で箱舟の建造にとりかかる。やがて舟の形ができ始めると、続々と鳥を始めとする動物たちが箱舟を目指してやって来た。世界の大地は枯れ食料も無くなり、そんな中、トバル・カインも仲間を連れてやって来る。トバルは、人間は神に見捨てられて久しいが、神が世界を洪水で滅ぼすと言うのなら箱舟をもらうと言い、一旦は引き下がるものの、いよいよ大雨が降り始めると再び大挙して箱舟を奪いにやってくる。箱舟とノアたちを守る泥の巨人たちとの間に壮絶な戦いが始まり、巨人たちは一人またひとりと倒され、天上界に帰って行く。そして大洪水がおきた。舟は洪水の嵐の中で漂流し始める。

ノアは溺れている一切の人間を救わなかった。ノアの家族はそんなノアに疑問を持つが、洪水のあとに再び楽園が戻ってきたときに、そこに人間が存在してはいけないという。そこに住めるのは汚れなき動物たちだけであり、人間がいると再び悪がはびこってしまうというのだ。イラとノアの長男セムは互いに愛し合っていたが、イラは子どもが産めない体だったため、ノアの三男ヤフェトで人間は最後になると言った。

ところが妻のナーマの願いとメトシェラの祝福によって、イラは子どもが産める体になっていた。そして、ある日セムの子どもを妊娠した事がわかると、ノアは神の命に背いた家族に怒りを表しつつも、同時に生まれて来る子どもの許しを神に請う。しかし神の返事が無いことを知ると、生まれてきた子どもが女であればその場で殺すと、家族に告げる。そして双子の姉妹が生まれる。生まれた子どもを殺す事は正しい行為ではないと諌めるナーマや抵抗するセムにもとりあわず、ノアはイラが抱いている子どもを殺そうとする。しかし、殺す事はできなかった。赤子を前にして、ノアの中には愛だけがあった。