ネプリーグ (深夜時代) を参照。
ゴールデン進出後

2005年4月18日より毎週月曜日19:00 - 19:54の放送となり、ゴールデンタイムに昇格、放送時間も拡大された。ゴールデン進出に伴い、ロゴを若干変更。内容も深夜時代に行われていたファイブリーグを始めとする、2005年2月のパイロット版で行われた3つのコーナーのみとなり、実質的にゲーム・クイズ番組となった。

2005年夏には、お台場冒険王のフジテレビ本社1F広場前で「ファイブリーグ選手権」と題して、ファイブリーグが実際に体験出来るコーナーが行われた（2006年夏も開催）。2007年には冒険ランドに移転し、ファイブツアーズ、トロッコアドベンチャーの体験コーナーが追加された。

2006年11月30日にシンガポールで開催された「アジアン・テレビジョン・アワード2006」[注 15]で、「ネプリーグ」が最優秀ゲーム・クイズ部門を受賞した。

2007年8月13日放送でゴールデン進出後、100回放送を突破。

2007年末にはニンテンドーDSで「ネプリーグDS」が発売された。2008年末には第2弾として「超!!ネプリーグDS」が発売された。

2008年1月にパイロット版、同年3月30日から10月4日までレギュラー版としてフォーマットを契約して制作された韓国版『Brain Battle』（MBC）が放送された[t 1][t 2][t 3][t 4]。

2009年2月、フジテレビ On Demandでの配信を開始。これにより、SPが1時間しか放送されない地域でも有料で2時間版を見ることが可能になったが、同年6月29日放送分の配信をもって終了。4月より、一部地域において「ネプリーグ」終了後の毎週月曜19:54 - 20:00に『ネプ小リーグ』が放送されていた（2015年3月をもって終了）。

2010年7月12日放送より、ゲーム開始時のルール説明がテロップ表示のみになり、セットがマイナーチェンジされた（ファイブリーグの解答席など）。

2012年10月1日放送からセットやオープニングなどがリニューアル。セットは「パン吉がマスコットとなるテーマパーク」という設定となっており、モニタールームも飛行船の中を模した物になっている。オープニングの映像ではファイブボンバーやネプレール、トロッコアドベンチャーなどのアトラクションが見えている。

2016年1月1日には夢対決ＳＰ新春超常識王決定戦と題して番組初めての元日スペシャルを放送したが、レギュラー放送と大きく異なり金曜日の夜9時から2時間30分で放送された。

2024年3月に世界・ふしぎ発見!が最終回を迎え、放送中のクイズ番組の中で最長寿番組になった。
再度ネットワークセールス枠への転換

ゴールデン進出後は、深夜時代のネットワークセールス枠（テレビ大分・テレビ宮崎を除く）から同時間帯（月曜19時）の前番組まで長らく続いているローカルセールス枠（自主編成枠）に変更された。このため、関西テレビなど自社制作の番組を放送する系列局では、放送時間が異なっていた。

しかし2015年3月30日放送分以降、この枠はネットワークセールス枠（ただし前半はローカルセールス、後半はネットワークセールス）に転換され、フジテレビ系列フルネット全局[注 16]で同時ネットとなった[t 5]。なおローカルセールス枠は、火曜19時枠に移動となった。

また、2009年4月6日から2015年3月まで本編終了直後の毎週月曜日の19:54 - 20:00（JST）に『ネプ小リーグ』（ネプリトルリーグ、ラテン文字表記:NEP LITTLE LEAGUE）が放送されていたが（番組のネット局はネット局と放送時間を参照）、上述のネットワークセールス枠転換の影響で、2015年3月2日放送分で終了(2時間特番や別番組の特番の際は編成上放送されないため)、同年4月の通常放送分からは本編が3分拡大して19:00 - 19:57の放送となった[t 6][t 7]。

2018年10月1日からは20時台のフライングスタートが廃止されて、20:00終了となった。

2021年4月以降の放送分より、FODやTVerによる見逃し配信を実施。それに伴い、コーナー開始時のファンファーレや、一部ステージのSEおよびBGMが一部変更されている。
視聴率

視聴率は当初苦戦したものの、やがて秋頃には平均15％を稼ぐ番組へ成長。その後も平均して15 - 20％近い視聴率を毎週獲得し、同時間帯トップになることが多くなった。番組としての視聴率が最も高かった年は2009年で平均視聴率20.0％、最高視聴率も24.5％を記録するなど絶頂期を迎えた。この頃は、競合する裏番組であったTBSの『関口宏の東京フレンドパークII』が『総力報道!THE NEWS』のために別の時間帯に枠移動し、他局もテレビ朝日はドキュメンタリー番組『報道発 ドキュメンタリ宣言』、日本テレビは帯番組『SUPER SURPRISE』、テレビ東京はアニメの再放送を編成していたため、内容的に競合する番組がない状況であった。

その後も絶頂期ほどではないが安定した視聴率をキープしていたが、近年は裏番組の『有吉ゼミ』（日本テレビ）等に押され再度苦戦している。
主な企画など詳細は「ネプリーグのクイズ・企画一覧」を参照
ボーナスステージ制覇チーム

ネプチューンはレギュラーのため、「ネプチューンチーム」及びゲストチーム名でネプチューン3人が揃ったチーム以外での参加のみ記述する。ただし、ネプチューンチームにゲストが居ない場合やネプチューンのうち誰かが代表者となった場合はネプチューンを記載する。

ボーナスステージ（主に「トロッコアドベンチャー」）を制覇すると2005年4月から2017年12月4日放送分までは迄は賞金（100万円）を獲得できた（「貴族探偵」チームを除く）が、2018年1月以降は賞金の代わりに地理講師の村瀬が選んだ全国の高級名産品となり、クリアするとその賞品を獲得できる。

チーム名の太字表記は「ハイパートロッコアドベンチャー」制覇チーム。

最初のトロッコを制覇したものの、一部のスペシャルでその後行われる「スペシャル200万円トロッコアドベンチャー」を失敗したチームは記述しない。

2018年1月8日放送分以降の「サバイバルトロッコアドベンチャー」をクリアした場合は、クリアした時の参加者のみ記述し◎印を付けている。

2020年4月13日放送分からは新型コロナウイルスの影響により、密集を避けるために代表者数名が挑戦する形式に変更。一部の回を除き、2020年4月13日 - 2023年4月10日放送分では2名、2023年4月17日 - 6月12日放送分では4名、2023年6月19日放送分以降では5名が挑戦する。該当回の挑戦者は太字で表記（チーム全員が挑戦した場合を除く）。

2021年8月30日放送分では同点決勝でも決着がつかず、史上初の引き分けとなったため、両チームから代表者1名ずつが挑戦した｡


『ネプアップデートリーグ』でボーナスステージをクリアした場合はチーム戦ではないので参加者として記載する。
2005年 - 2009年



2005年4月25日放送 芸能界常識人チーム（江守徹、辰巳琢郎、うつみ宮土理、伊集院光、大山のぶ代）

2005年5月23日放送 ネプチューンチーム（出川哲朗、小沢真珠）

2005年6月20日放送 俳優チーム（三田村邦彦、藤田朋子、渡辺裕之、今井雅之、高畑淳子）

2005年6月27日放送 ネプチューンチーム（若槻千夏、陣内智則）

2005年8月8日放送 バラエティチーム （関根勤、KABA.ちゃん、井上和香、清水ミチコ、ルー大柴）

2005年11月21日放送 演歌チーム（山本譲二、吉幾三、日野美歌、香西かおり、香田晋）

2005年11月28日放送 噺家チーム（林家正蔵、林家いっ平、春風亭小朝、林家きくお、林家ペー）

2005年12月12日放送 チームアメリカン（デーブ・スペクター、西田ひかる、黒田アーサー、リサ・ステッグマイヤー、ダニエル・カール）

2006年2月6日放送 ネプチューンチーム（飯島愛、浜口順子）

2006年2月27日放送 グルメリポーターチーム（村野武範、竹内都子、木之元亮、ミスターちん、阿藤快）