しかし堀内と泰造は共にボケ担当でツッコミがいなかったため、コントがグダグダになるという問題が多発。これを解決するため、当時はコンビ『ジュンカッツ』を解散したばかりで普段から世話になっていた先輩の名倉を2人が頼み込む形で引き入れ、1993年に現在のトリオを結成[3]。ちなみに結成当初のトリオ名は『フローレンスZ』で、数ある候補の中に『ゲリマンダー』もあった。トリオ名の由来は漫画『キン肉マン』の登場人物であるネプチューンマン[1]。
コンビ別れを繰り返して結成したグループのため3人とも芸歴に差があり、その上ネプチューンとしての活動期間はさらに短い。そのため先輩後輩が個人によって異なり、3人はややこしいと発言している（芸歴は名倉→堀内・泰造の順）。
名倉は雨上がり決死隊や極楽とんぼなどとほぼ同期、堀内と泰造は1年後輩で千原兄弟やFUJIWARAらと同期となる。しかし3人の後輩に当たるくりぃむしちゅーからは名倉は「潤ちゃん」と呼ばれ、堀内は「健ちゃん」、泰造は「泰造」と呼ばれている（たまに堀内のことを「健」と呼び捨てにする場合もある）など、後輩であっても付き合いが長かったり仲が良い芸人などはメンバーを呼び捨てにすることもある。
プライベートでの付き合いがほとんどない芸人グループが多い中、3人はプライベートでも非常に仲が良く、楽屋は常に一緒。楽屋では堀内と泰造が頻繁にふざけあい、それを名倉が一歩引いて見守るのが常である。
3人はそれぞれ「潤ちゃん」「健」「泰造」と呼び合っている。ネプチューン結成初期の頃は名倉が一番先輩ということもあり、堀内と泰造は「名倉さん」と「さん」付けで呼んでいたが、ある日に名倉が「同じグループなのに『さん』付けで呼ぶのはおかしいし、周りも気を遣うから『さん』付けしなくていい」と2人に告げてからは「潤ちゃん」と呼ぶようになった[注 1]。
1998年、ゴールデン・アロー賞芸能賞を受賞。
2000年代、特に名倉が渡辺満里奈と結婚した頃から名倉は司会・コメンテーターや雑誌の執筆活動、堀内は個性派俳優業に加えトーク番組などのバラエティ、泰造はCM出演を含めた俳優業に単独で出演するなどそれぞれの特性を活かしピンでも活躍している。
近年、2008年7月から後輩のくりぃむしちゅー、チュートリアルと共に出演する『しゃべくり007』をきっかけに日本テレビ系番組の出演が増えており、2009年8月放送の『24時間テレビ「愛は地球を救う」』のパーソナリティを務めるなど活動の幅を広めている。
メンバー3人して酒を嗜む習慣がなく、下戸と呼んでも差し障りがないほど苦手としている。名倉と堀内は付き合い程度に口にはできるが、泰造は少量でも飲むとほぼ吐いてしまうほど身体に合わないという。
ウッチャンナンチャンやさまぁ?ず、よゐこ、出川哲朗、キャイ?ン、TIMらと共にウンナンファミリーと呼ばれている。 ネタは堀内が作っているが、堀内独自の擬音や歌のテイストが使用されているものが多いといった独特なもので、実際に堀内自身が演じて説明しないと他のメンバーにはいかんせん伝わらない内容なのがほとんど。それを1つのしっかりしたコントに仕立てるのは名倉の役割という。 コントでは堀内・泰造のボケ（2人で童謡やオリジナルのミュージカル風の歌を唄う事もある）に名倉がツッコむも更にボケ続けるという「ボケ倒し」「ツッコミすかし」のスタイル。名倉のツッコミは関西弁で声を張り上げるものの、頭を叩く・体を蹴るなどの強烈なものではない。 『タモリのボキャブラ天国』へ出演していた時期、ネプチューンは堀内と泰造の強烈な個性でひときわ存在感を放っており、爆笑問題と並んで番組内での人気も視聴率を大きく左右するほど絶大なものであった。
芸風
現在の出演番組
レギュラー
ネプリーグ（2003年4月 - 、フジテレビ）
しゃべくり007（2008年7月 - 、日本テレビ）
ジョブチューン アノ職業のヒミツぶっちゃけます!（2013年2月 - 、TBS）
ナニコレ珍百景（2008年1月 - 2016年3月16日、2018年10月 - 、テレビ朝日） - レギュラー放送、その間にも特番放送
特番
ハモネプ（2001年5月16日 - 、フジテレビ）
ものまねグランプリ（2009年5月3日 - 、日本テレビ）
芸能界特技王決定戦TEPPEN（2010年8月3日 - 、フジテレビ）
あいつ今何してる? （2022年1月26日-、テレビ朝日）
過去の出演番組
テレビ番組
バラエティ
日本テレビ
ZZZ・恋のチューンネップ（広島テレビ、1998年10月 - 1999年9月）
ZZZ・ネプ中（広島テレビ制作、1999年10月 - 2000年3月）
プレイヤーズ（2000年4月 - 2001年3月)
今夜はプネ・プネ（2001年4月 - 9月）
なんでもワールドランキング ネプ&イモトの世界番付（2011年10月 - 2016年3月）
TBS
サバイバー（2002年4月 - 2003年3月）
ネプベガス（2005年10月 - 2006年9月）
ネプ理科（2006年10月 - 2007年9月）
奇跡ゲッター ブットバース!!（2010年11月 - 2011年7月）
サタネプ☆ベストテン（2011年10月 - 2012年9月）
ネプの超法則!!（2012年10月 - 2013年1月）
フジテレビ
ボキャブラ天国シリーズ（キャッチフレーズは電光石火の三重殺(トリプルプレイ)）（1995年10月 - 1998年9月）
新品部隊（1995年10月 - 1996年3月）
風まかせ 新・諸国漫遊記 - 準レギュラー
加トちゃんマチャミのお台場CHA・CHA!!（1997年4月 - 9月）
CHACHAKEN TV（1997年10月 - 1998年3月）
ごごいち（1998年4月 - 9月）
上岡・ヒロミの花も嵐も（1996年10月 - 1997年9月）
トロトロでいこう!→Ohトロトロでいこう!（1997年10月 - 1998年9月）
ネプチューンのモビーにくびったけ!（東海テレビ、1997年10月 - 12月）
笑う犬シリーズ（1998年10月 - 2003年12月）
ネプやり（1998年4月 - 9月）
空飛ぶ!ネプTビビ（1998年10月 - 1999年3月）
ネプフジ（1999年4月 - 9月）
力の限りゴーゴゴー!!（1999年10月 - 2002年9月）
力あわせてゴーゴゴー!!（2002年10月 - 2003年3月）
幸せって何だっけ ?カズカズの宝話?（2004年11月 - 2008年3月）
テレビ朝日
ネプいっ!（1998年10月 - 1999年9月）
おネプ!（1999年10月 - 2001年3月）