一方で2019年には、分子系統解析によりウロコオリス形亜目・ビーバー形亜目・ネズミ形亜目が単系統群とすることが支持されたことでこれらが下目相当とされ、Anomaluromorphi・Castorimorphi・Myomorphiの3下目を含める亜目としてSupramyomorphaが提唱された[12]。同年にはリス形亜目に相当する分類群に対してEusciuridaの学名が提唱された[13]。以下の分類は、Flynn et al. (2019) に従う[13]。

亜目 Eusciurida（以前のリス形亜目を含む）

亜目 Supramyomorpha（以前のウロコオリス形亜目、ビーバー形亜目、ネズミ形亜目を含む）

ヤマアラシ形亜目 Hystricomorpha

下位系統

系統はFabre et al. (2012)[14]、和名は注記がない限り川田ほか (2018)[2]。.mw-parser-output table.clade{border-spacing:0;margin:0;font-size:100%;line-height:100%;border-collapse:separate;width:auto}.mw-parser-output table.clade table.clade{width:100%}.mw-parser-output table.clade td.clade-label{width:0.7em;padding:0 0.15em;vertical-align:bottom;text-align:center;border-left:1px solid;border-bottom:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width{overflow:hidden;text-overflow:ellipsis}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.first{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel{padding:0 0.15em;vertical-align:top;text-align:center;border-left:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.last{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar{vertical-align:middle;text-align:left;padding:0 0.5em;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar.reverse{text-align:right;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf{border:0;padding:0;text-align:left}.mw-parser-output table.clade td.clade-leafR{border:0;padding:0;text-align:right}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf.reverse{text-align:right}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkA{background-color:yellow}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkB{background-color:green}

齧歯目

リス形亜目

ヤマネ科 Gliridae
 
リス下目[15]

ヤマビーバー科 Aplodontidae
 
 

リス科 Sciuridae
 

Sciurida

Sciuromorpha
 

ヤマアラシ形亜目

グンディ形下目

グンディ科 Ctenodactylidae
 
 

ディアトミス科[16] Diatomyidae
 

Ctenodactylomorpha
ヤマアラシ顎下目

ヤマアラシ科 Hystricidae
 
 

Bathyergomorpha

デバネズミ科 Bathyergidae
 
 

アフリカイワネズミ科 Petromuridae
 
 

ヨシネズミ科 Thryonomyidae
 

 

 
テンジクネズミ型類[16]

テンジクネズミ上科[11]

アメリカヤマアラシ科 Erethizontidae
 
 

パカ科 Cuniculidae
 
 

テンジクネズミ科 Caviidae
 
 

アグーチ科 Dasyproctidae
 

 

 

Cavioidea
 

チンチラ上科[11]

パラカナ科 Dinomyidae
 
 

チンチラ科 Chinchillidae
 

Chinchilloidea
デグー上科[11]

チンチラネズミ科 Abrocomidae
 
 

アメリカトゲネズミ科 Echimyidae
 
 

ツコツコ科 Ctenomyidae
 
 

デグー科 Octodontidae
 

 

 

Octodontoidea

 

Caviomorpha

 

Hystricognathi

Ctenohystrica
 

ビーバー形亜目

Castoroidea

ビーバー科 Castoridae
 
ホリネズミ上科[11]

ポケットマウス科 Heteromyidae
 
 

ホリネズミ科 Geomyidae
 

Geomyoidea

Castorimorpha
 

ウロコオリス形亜目

ウロコオリス科 Anomaluridae
 
 

トビウサギ科 Pedetidae
 

Anomaluromorpha
ネズミ形亜目

トビネズミ上科[11]

トビネズミ科 Dipodidae
Dipodoidea
ネズミ上科[11]

トゲヤマネ科 Platacanthomyidae
 
 

メクラネズミ科 Spalacidae
 
 

カンガルーハムスター科 Calomyscidae