2000年9月、NEXON Corporationとソリッドネットワークス（旧株式会社ネクソンジャパン）が資本提携の上、「株式会社ネクソンジャパン」としてオンラインゲームの配信サービスを開始した。

2002年12月18日、NEXON Corporationの100%子会社株式会社ネクソンジャパンとして設立。それまで日本での事業をおこなっていた合弁企業ソリッドネットワークス（旧株式会社ネクソンジャパン）とNEXON Corporationが資本提携を解消したのと入れ替わりに、日本での事業を開始した。

2003年11月、所在地を東京都中央区新川二丁目3番1号に移転。

2004年ごろから、無料でプレイ可能な大富豪や五目並べなどができるウェブゲームや、アバターを作ったり、ラウンジという特定のユーザーが集まり、会話や画像の投稿などができるスペースを作っている。2006年1月には全ての有料タイトルをアイテム課金制に移行し、月額料金は無料で遊べるようになった。

2005年9月、子会社として米国にNXゲームズ・インク（現NEXON America Inc.）を設立した。

2005年10月、NEXON Corporationから親会社を異動し、ネクソングループも本社となった。

2009年4月、社名を「株式会社ネクソンジャパン」から「株式会社ネクソン」に変更した。

2010年から2016年まで千葉ロッテマリーンズのユニフォームスポンサーとなり、ユニフォーム上着の右胸部分に同社のロゴマークを掲出していた。

2010年11月、子会社としてルクセンブルク大公国にNEXON Europe S.a r.l.を設立した。

2011年3月に起こった東北地方太平洋沖地震、並びに発生した福島第一原子力発電所事故による計画停電のため一時期サービスを停止していたが、同年7月に全サービスを再開する。

2011年12月14日、東京証券取引所1部に上場。

2012年10月1日、ソーシャルゲーム提供事業者の株式会社gloopsを365億円で買収し、完全子会社化。

2015年3月、ドイツにNEXON Europe GmbHを設立。

2015年12月、台湾にNEXON TAIWAN LIMITEDを設立。

2016年3月、『ドミネーションズ -文明創造-』の開発を手がける、ビッグ・ヒュージ・ゲームズを100％子会社化。

2016年7月、筆頭株主で取締役の創業者・金正宙が韓国検察当局に起訴されたため、取締役を辞任[2][3]。

2017年11月、米国のPixelberry Studiosを100％子会社化。

2018年3月、本社を東京都港区六本木1丁目4番5号 アークヒルズサウスタワー6Fに移転。

2018年6月、韓国のナットゲームスカンパニー・リミテッド（後のネクソンゲームズ）を連結子会社化。

2020年2月、gloopsの全株式をジーアールドライブへ譲渡。譲渡価額は1円[4]。

2020年10月29日、ファミリーマートに代わって日経平均株価の構成銘柄に採用された。

2021年7月1日、保有する仮想通貨（ビットコイン）の価値の暴落により、暗号資産の評価損で44億9900万円の営業外費用を計上したと発表した[5]。

2022年1月、映画『アベンジャーズ』シリーズなどの制作に携わったルッソ兄弟が設立した制作会社AGBOに4億ドル（約560億円）の出資を行い、38%分の同社株式を取得した[6][7]。その後も1億ドル分の追加投資を行い、合計で49.21%分の同社株式を確保し、筆頭株主になった事を同年11月に発表した[7]。
歴代社長

代氏名就任日退任日備考
ネクソンジャパン
1デイヴィッド・リー1999年2009年1月5日
2崔承祐2009年1月5日2009年3月31日社名改称
ネクソン
2崔承祐2009年4月1日2014年3月25日
3オーウェン・マホニー2014年3月25日現職

開発部門

Wizet Studio（英語版） (第1本部)

LODUMANI studio（朝鮮語版） (第2本部)

devCAT Studio（朝鮮語版） (第3本部)

主なゲームタイトル

サービス終了日は基本的に日本語版のもの。
運営中
PC


テイルズウィーバー ※ソフトマックス開発、後に開発をネクソンGTに変更

メイプルストーリー ※Wizet Studio（英語版） (第1本部) が開発