1988年6月、編集者による1年近くの査読の後、ネイチャーは、非常に希薄な抗体血清の存在下でヒト好塩基球脱顆粒を研究したジャック・バンヴェニストと彼のチームの研究を詳述した物議を醸す一見異常な論文を発表した[55]。この論文は、1分子未満の抗体がヒト好塩基球の免疫応答を引き起こし、質量作用の物理法則に反する可能性があると結論付けていた。この論文は、主に彼らの研究がホメオパシー医療会社からの資金提供を求めていたため、パリでメディアの注目を集めた。公的調査により、ネイチャーはバンヴェニストの研究室で大規模かつ厳格な実験的反復（英語版）を課し、それによって彼のチームの結果は反駁された[56]。

その最も有名な発見の1つであるワトソンとクリックの1953年のDNAの構造に関する論文（英語版）では、ネイチャーは査読は行わなかった。編集者ジョン・マドックスは、「ワトソンとクリックの論文はNatureで査読されなかった。...その正しさは自明であった。…現場で働いているレフリーは誰も、その構造を見たら何も口を出すことはできなかったでしょう。」と述べている[57]。

エンリコ・フェルミがベータ崩壊の弱い相互作用理論に関する画期的な論文を提出したときに、ネイチャーはその論文が現実からかけ離れていると考え、その論文を拒否した[58]。フェルミの論文は、1934年にツァイトシュリフト・フュア・フィジークから発表された[59]。

ネイチャーは中国と武漢を人種差別的な攻撃に導いた可能性のある、COVID-19パンデミックに関する最初の報道について謝罪した[60][61]。
撤回

ネイチャーへの掲載は高い社会的栄誉が得られる一方で、偽造や捏造を含む不正論文も掲載されることもあり、その運営方法が議論される機会も多い。例えば過去に、不正確な図を掲載した論文が撤回されている[62]。データの捏造を理由として、2013年にも不正論文が撤回された[63]。2000年から2001年にかけて、ヘンドリック・シェーンによって発表された5つの一連の論文がネイチャーに掲載されたが、この半導体に関する論文には、改竄されたデータやその他の科学的詐欺が含まれていることが明らかになった。2003年、ネイチャーは論文を撤回した。シェーンのスキャンダルはネイチャーに限定されておらず、サイエンスやフィジカル・レビューなどの他の著名なジャーナルも、シェーンによる論文を撤回した[64]。

また、コピー・アンド・ペースト流用や加工が大量にあり一見して明らかな捏造の隠蔽と撤回回避のための虚偽訂正であったにも関わらず、過失という著者の虚偽説明を鵜呑みにして、訂正公告で過失と表明し、虚偽内容の大量訂正を行う事がある[65]。例えば加藤茂明（元東京大学分子細胞生物学研究所教授）はネイチャー論文で「捏造・改竄の疑いを把握していながら、当該論文の撤回を回避するためにその隠蔽を図り、関係者に画像や実験ノートの捏造・改竄を指示し、事実と異なる内容を学術誌の編集者へ回答するなど、極めて不当な対応をとっていた」[66]。

このような杜撰な審査、不正隠蔽の片棒を担ぐ出版社の大量訂正掲載に対し、日本分子生物学会の研究倫理のフォーラムで大量訂正は一種の査読システム違反であり、後から大量訂正できるならば、査読者がデータの公正さや結論の正しさを判断する事ができないという指摘があったが、ネイチャー誌の編集者は論文の主旨、結論が正しいかどうかで撤回かどうかを判断するという回答であった[67]。

東大分生研の明白なコピペ捏造と大量訂正による隠蔽後も同様の明白なコピペ捏造の掲載が繰り返されている[68][69]。
サイエンスフィクション

1999年、ネイチャーはサイエンス・フィクションの短編小説の出版を開始した。ビネット（英語版）はFuturesと呼ばれるシリーズで印刷されている。物語は1999年と2000年に、また2005年と2006年に登場し、2007年7月から毎週登場している[70]。姉妹誌のNature Physicsも、2007年と2008年に記事を印刷した[71]。2005年、Natureは、Futuresシリーズで欧州サイエンスフィクション協会の最優秀出版社賞を受賞した。1999年から2006年までの100のネイチャーストーリーが、2008年にFutures from Natureコレクションとして出版された[72]。また、続編となるFutures from Nature 2は、2014年に公開された[73]。
関連出版物

ネイチャーは、学術雑誌、雑誌、オンラインデータベース、および科学と医学に関連するサービスを担う国際的な科学出版会社であるシュプリンガー・ネイチャーeの一部門として、英国で編集および発行されている。ネイチャーは、ロンドン、ニューヨーク市、サンフランシスコ、ワシントンDC、ボストン、東京、香港、パリ、ミュンヘン、ベイジングストークにオフィスを構えている。Nature Researchは他の専門雑誌として、ネイチャー ニューロサイエンス、ネイチャー バイオテクノロジー、ネイチャー メソッド、ネイチャー クリニカルプラクティス、ネイチャー ストラクチュラル&モレキュラーバイオロジー、ネイチャー ケミストリー、ネイチャー レビューシリーズ、などの雑誌シリーズを出版している。

2005年以降、ネイチャーの各号にはNature Podcast[74]が付属しており、その号のハイライトと、記事の著者および研究をカバーするジャーナリストへのインタビュー、およびネイチャーの編集者とジャーナリストからのニュースレポートを特集している。ケンブリッジ大学の臨床医およびウイルス学者であるクリス・スミス（英語版）のザ・ネイキッド・サイエンティスツ（英語版）によってネイチャーポッドキャストが設立され、最初の100回のエピソードが生成され発表された。

2007年には、Nature Publishing Groupは、American Society of Clinical Pharmacology & Therapeuticsの公式雑誌であるClinical Pharmacology & Therapeutics、the American Society of Gene Therapy'sの公式雑誌であるMolecular Therapy、そしてInternational Society for Microbial Ecology (ISME) Journalを公開した。Nature Publishing Groupは、2007年にNature Photonicsを、2008年にNature Geoscienceを立ち上げた。Nature Chemistryは、2009年4月に創刊号を発行した。

Nature Researchはセルフアーカイビングプロセスを積極的にサポートしており、2002年には、著作権の譲渡を要求するのではなく、公開の独占的ライセンスを要求することにより、著者が個人のWebサイトに投稿を投稿できるようにした最初の出版社の1つである。2007年12月、Nature Publishing Groupは、生物のゲノムの一次配列を初めて公開するNatureジャーナルの記事に対して、クリエイティブ・コモンズの帰属-非営利-継承の非移植ライセンスを導入した[75]。

2008年、ネイチャーの記事のコレクションは、ジョン・S・パーティントンによって、「HGウェルズインネイチャー」（H. G. Wells in Nature）というタイトルで編集された。1893年から1946年：レセプションリーダーであり、ピーターラングによって出版された[76]。

2015年の合併後は、ネイチャー・パブリッシング・グループは解散し、その後|Nature Researchとなった。
ネイチャーの購読Nature Materials、Nature Researchの専門ジャーナル、2018年。

サイエンスやPNASなどの他の総合学術誌が、オンライン限定アクセス、つまり紙媒体を配信せずにオンラインのアクセスのみの配信方法を認める代わりに安価で記事を閲覧可能とする配慮をしているのに対し、ネイチャーの場合は、日本国内向けには「オンライン限定のアクセスに限定するかわりに安価に論文を購読できるオプション」はない。2011年から、iPad用のアプリを使えば安価に定期購読できるようになった[77]。

ネイチャーを個人購読した場合には、オンラインアクセスの権利が付与されるが、この権利は極めて限定的である。個人購読の場合、オンラインアクセスは約10年前から現在まで（2008年時点では1997年から2008年）に発行された記事に限定される。これ以前の記事はNature Archiveの扱いとなる[78][79]。

2016年現在、Nature Archiveは下記の2種類に分類される。

⇒Archive of issues : Nature：1950年以降の記事を含む。