2017年2月現在、ニューヨーク市地下鉄には25の運転系統が設定されており、旅客向けの案内は基本的に運転系統を単位に行われている。電車の種別は急行 (Express または EXP)、各駅停車 (Local または LCL)、シャトル (Shuttle) の3種別がある。

各系統には運転区間や種別によって個別の系統記号、系統名が付けられているほか、ロウアー・マンハッタンやミッドタウンでどの基幹路線 (Primary Trunk line) を通るかによってラインカラーがグループ化されている。このため目的地の最寄駅に停車する系統がわかっていれば、電車の系統表示を見るだけで乗るべき電車を判断できるようになっている。

24時間運転を行っていることも特徴の一つであり、これはシカゴにあるシカゴ・L（地下鉄のみ）とともに珍しい例である。ただし深夜から早朝にかけては日中とは運転区間や停車駅が異なる系統もあるため、深夜の利用には治安以外の観点でも注意が必要である。また保線作業や工事を行ったり災害や事故があった場合には、不通区間を迂回して運行を継続したり、特定の駅や区間の営業を休止し代替バスを運行するなど、変則的な運行が行われる場合が非常に多い。保線作業や工事による変則運転は特に深夜や週末に多いため、乗車の際には事前にMTAの公式ホームページ内にある「 ⇒Planned Service Changes」の項目にて告知を確認し、掲示物や駅、車内の放送などで伝えられる運行情報に十分注意する必要がある。詳細は「ニューヨーク市地下鉄の運行系統の一覧」を参照

Aディビジョン (IRT) の運行系統

系統名前
ブロードウェイ-7番街線各駅停車
7番街線急行
7番街線急行
レキシントン・アベニュー線急行
レキシントン・アベニュー線急行
レキシントン・アベニュー線各駅停車（ペラム線各駅停車/急行）
フラッシング線各駅停車/急行
42丁目シャトル

Bディビジョン (BMT/IND) の運行系統：

系統名前系統名前
8番街線急行14丁目-カナーシー線各駅停車
6番街線急行6番街線各駅停車
8番街線各駅停車ブロードウェイ線急行
6番街線急行ブロードウェイ線急行
8番街線各駅停車ブロードウェイ線各駅停車
6番街線各駅停車フランクリン・アベニュー・シャトル
クロスタウン線各駅停車ロッカウェイ・パーク・シャトル
ナッソー・ストリート線各駅停車/急行ブロードウェイ線各駅停車

運行時間帯

運行時間帯は5つに分けられる。

Rush Hours --- 混雑時間帯。6:30?9:30までの間と、15:30?20:00までの間。月曜日から金曜日まで適用。

Middays --- 昼間時間帯。9:30?15:30までの間。月曜日から金曜日まで適用。

Evenings --- 夜間時間帯。20:00?深夜0:00までの間。月曜日から金曜日まで適用。

Weekends --- 週末時間帯。6:30?深夜0:00までの間。土曜日と日曜日のみ適用。

Late Nights --- 深夜時間帯。深夜0:00?6:30までの間。毎日適用。

路線地下と高架の区間で色分けした路線図。赤：地下区間、青：地上区間。線路数で色分けした路線図。詳細は「ニューヨーク市地下鉄の路線の一覧」を参照

ニューヨーク市地下鉄のほとんどの運転系統は公的な意味での路線名称 (Line) とは全く無関係に設定されており、路線名称としては34路線が存在する[45]。

これらの路線は現在フランクリン・アベニュー・シャトルが使用しているBMTフランクリン・アベニュー線フランクリン・アベニュー駅 - パーク・プレイス駅間の1区間を除き、全区間が複線で建設されている。また急行運転を実施している路線では、急行運転区間の全線が複々線または三線となっており、急行と各駅停車の完全な緩急分離がなされている。

また以下に示す路線が基幹路線 (Primary Trunk line) である。

基幹路線色[46][47]パントン [48]系統ラベル