1997年7月号（創刊号）から1999年12月号までの表紙に描かれていた「nicola」の題字は、ヘルベチカ系の太いサンセリフ書体（日本でいう角太ゴシック、右記はイメージ）を横にやや引き伸ばしただけのシンプルなものだったが、2000年2月号では引き伸ばしがなくなり、よりロゴタイプらしいデザインへと修正が加えられている。この変更後は「i」の上部の点や「O」の中央の穴を気まぐれに★（星）や?（ハート）マークなどに差し替えるなどの遊びも行われるようになった。月刊化一号の2000年4月号からはカタカナを図案化した「nicola」ロゴが小さく併記されるようになった。

nicola編集部が事業部として独立するなど新潮社内での位置づけが格上げされた2003年には紙面もリニューアルされ、9月号から筆記体調の新しいロゴマークとなった。創刊期から存在した『nicola』のオリジナルキャラクター「ミュン2」（ミュンミュン）もこのときに実質消滅した。このキャラクターは読者と同じ女子中学生という設定で、表紙にもたびたび（2000年以降は全号）描かれてきたニコラの顔であった。

新しいロゴマークになってからロゴがデコレーションをされることもある。

2006年11月号以降、ロゴマークの上に「みんなのおかげで?中学生雑誌ナンバーワン!」という文が記載されている[4]。その後、2018年?2019年は「すべての中学生をかわいくする?No.1ティーン雑誌!」→2020年は「すべての女のコをかわいくする?中学生雑誌No.1!」→現在は「すべての女の子をかわいくする?中学生雑誌No.1!」という文が記載されている。