サイトには「ニコニコ動画（β）」のようにバージョンが付随しており、バージョン名の更新とともに、サイト構成の大幅な見直しや新機能の追加がまとめて行われている。歴代のバージョンは以下のとおり。
順番名称開始日終了日新機能・サービス備考
1仮2006年12月12日2007年1月15日
YouTubeとAmebaVisionにアップロードされている動画ファイルにリンクして表示する機能
引用した動画の画面上にコメントを付ける機能[30]
コメント表示のコマンド機能
コメント数ランキング機能
ニコニコ動画開発ブログの開設
閲覧数ランキング機能
ブログ向けに動画の埋め込みコードを提供
視聴履歴機能
サイト内の動画の検索機能
ニコニコ動画（仮）は、ニワンゴビデオの仮のサービス名だったことに由来[31]。そのため、niwavideo.jpでもアクセスすることができた。
ニコニコ動画普及委員会の運営で開始。
2β2007年1月15日2007年2月24日
笛のおにいさんFooさんによる笛の演奏をバックに削除アナウンスが流れる削除動画の演出[32]
フォト蔵にアップロードされている動画ファイルにリンクして表示する機能[33]
運営会社がニワンゴと表記される。
3γ2007年3月6日2007年6月18日
アカウント機能（完全登録制に移行）
動画投稿機能（SMILEVIDEO）
動画タグ機能
マイページ機能
マイリスト機能
4RC2007年6月18日2007年10月10日
プレミアム会員
ニコニコ市場（仮）
（RC）はRelease Candidateの略。
5RC22007年10月10日2008年3月5日
ニコニコ割り込み
ニコスクリプト
投稿者専用コメント機能
投稿者によるコメント編集機能
フィルター機能
NG設定機能
公式生放送
6SP12008年3月5日2008年7月5日
ニコニコ大百科
ニコニコ外部プレーヤー
7夏2008年7月5日2008年10月1日
ニコニコミュニティ
ニコニ・コモンズ
ニコ割アンケート
（夏）の読みは「サマー」。
8秋2008年10月1日2008年12月5日
ユーザーニコ割
ニコニコポイント
ニコニコメダルゲーム
なお、2009年4月1日はエイプリルフール企画としてニコニコ動画（βββ）が稼働された。
1192009年10月29日2010年10月29日
世界の新着動画
ニコニコ静画
ニコニコ実況
ニコ生クルーズ
ニコニコDVD
ニコニコ遊園地
ニコニコ電話（公式放送でのみ）
タイムシフト機能がユーザー生放送・チャンネル生放送に対応
一部機器においてHTML5に対応[34]
ニコニコで漫画を描いてみた
ニコゲー
（9）の読みは「キュウ」。9番目のバージョンであることに由来する[35]。
稼動終了後もしばらくはユーザー単位で（9）へのバージョン切替ができるよう動作していた（動作未保証）。
12原宿2010年10月29日2012年5月1日
ニコニコ動画総合トップを新設
ニコニコニュース総合ランキングを新設
スタンプ（2019年3月12日終了）
フレンド機能
ニコニコアプリ
ニコニコ春画
ニコルソン
ニコニコアプリ
ニコニコ静画（電子書籍）
ニコニコ本社を原宿に設立することに因む[36]、
2011年7月5日まで各ユーザーで旧バージョン（9）と（原宿）の切替・選択が随時可能であった[37]
13Zero2012年5月1日2012年10月17日
ニコる（サービス終了、2019年8月復活）
NicoSound
Nsen
タイマー公開機能[38]
原点回帰をメインテーマとしている。旧バージョン（原宿）とZeroとの切替・選択が随時可能。前回のバージョンアップと違い強制アップデートされない仕様となっている。
当初はプレミアム会員のみがバージョンを切り替えできたが、2012年7月31日より一般会員でも切り替えが可能となった。
新規ユーザーや非ログイン時のバージョンは、2012年12月20日までは標準で（原宿）となっていた[39]
14Q2012年10月17日2013年10月7日
ニコメンド
Zeroをベースに使いやすく改善。zero（0） に「毛が生えた」程度の小さな変更を加えたことから名付けられた。