ナガスクジラ属の模式種[4]。遺伝子に基づく系統では、別属とされるザトウクジラと特に近縁である[14]。

少なくとも2つの異なった亜種が存在し、北半球亜種（B. p. physalus）と南半球亜種（B. p. quoyi）に分類されている[4]。また、北太平洋に棲息する個体群を亜種B. p. veliferaとする事を支持する声もある[15][16]。南半球のうち小型の個体群を亜種B. p. patachonicaとする説もあるが、分子系統解析ではB. p. quoyiと区別されないという結果が得られている[17]。

以下の分類・英名は、Committee on Taxonomy (2023) に従う[17]。
Balaenoptera physalus physalus (Linnaeus, 1758) North Atlantic fin whale
北大西洋、地中海[16]
Balaenoptera physalus quoyi (Fischer, 1829) Southern fin whale
南半球[17]
Balaenoptera physalus velifera Cope in Scammon, 1869 North Pacific fin whale
北太平洋[16]
分布ケベック州・ガスペにてセントローレンス川でのホエールウォッチング（タドゥサック）

北半球・南半球ともに緯度20度から70 - 80度にかけて[5]。北半球では、地中海やコルテス海やオホーツク海や日本海や黄海・渤海等の付属海にも分布する[5]。

極地などを除く世界中の海に生息するが、熱帯海域ではあまり見られない。そのため、南半球の個体群と北太平洋、北大西洋の個体群は地理的に隔絶されている。

概して外洋性である場合が目立つとされるが、陸上から観察される事もあるなど沿岸部に寄る事も珍しくなく、海峡や水路を利用したり[注 6][18]、地中海やカリフォルニア湾の様な陸地に囲まれた海域にも分布する。現在の地中海とジブラルタル海峡に通常分布する唯一のヒゲクジラ類でもある。過去には日本列島の瀬戸内海を利用していた可能性も指摘されている[19]。

地中海とコルテス海には定住群または半定住群が存在し、大きさや形態や行動様式などにも外洋性の個体群と若干の違いが見られる。たとえば、ランペドゥーザ島（イタリア）の様に、中・低緯度海域における冬季の採餌場も存在する事が判明している[20]。また、地中海においては定住群と北大西洋からジブラルタル海峡を通過して回遊してくる個体が共存している[21]。

また、東アジアにはかつて複数の地方定住群または半定住群が存在していたとされ、回遊のサイクルなどの生態面だけでなく、大きさや形態に若干の違いがあった可能性がある。黄海・渤海、東シナ海、北海道から三陸沿岸、日本海北部、より広域の日本海などにその様な地方個体群が存在した可能性が存在するが、これらは捕鯨によって消滅したり、生存しているとしても激減したと思わしい[7][22][19]。

リグリア海のぺラゴス海獣保護区（英語版）

コキンボ州（チリ）

ラズベリー海峡（英語版）

スヴァールバル諸島