『ブロークン』がリリースされた2ヶ月後に、唯一のフォローアップ作品となる『フィックスト』がリリースされた。ダニー・ハイド、J.G.サーウェル、ブッチ・ヴィグ(現ガービッジ)らをリミキサーとして起用し、ブロークンに収録されたいくつかの曲をリミックスした。
1994年 - 1995年'94~'95年頃撮影
1994年にはセカンド・アルバムとなる『ザ・ダウンワード・スパイラル』をリリースした。このアルバムはビルボード誌のチャートで初登場2位を記録し、NINの評価を決定的にする作品となった。2003年にローリングストーン誌が企画した「500 greatest albums of all time」の200位にランクインし、2005年のスピン誌が企画した「100 Greatest Albums, 1985?2005」の25位にランクインを果たした。
NINはこのアルバムのフォロー・アップツアーとして「セルフ・ディストラクションツアー」と冠されたツアーを行った。このツアーの中で「ウッドストック 1994」に参加した。「ウッドストック 1994」は土砂降りの雨中でライブが行われた。泥まみれの観客が待つ中、バンドメンバーも泥まみれの姿でステージに登場したNINのパフォーマンスはNINのキャリアの中で最も有名なエピソードの一つとなった。
「ライブの直前はいつも吐きそうな気分だった、それは本当にナーバスな日だった。ステージに向かう途中で俺がDannyを押したら、奴は顔から泥に突っ込んだんだ。で、奴が俺にタックルしてきて、それは男だけの泥レスリングみたいなのに変わった。それをやった後、不安はすっかり消えたんだ。」とトレントは言っている。
さらに、トレントはオリバー・ストーン監督の『ナチュラル・ボーン・キラーズ』のサウンドトラックをプロデュースした。NINはこのサウンドトラックに「サムシング・アイ・キャン・ネヴァー・ハヴ」、「ア・ウォーム・プレイス」、そして当時未発表曲の「バーン」を提供している。
1995年にはセカンド・アルバムのリミックス作品となる『ザ・ファーザー・ダウン・ザ・スパイラル』(Further Down the Spiral) をリリースした。この作品はUS盤とUK盤の2種類が発売されており、それぞれ収録曲が異なっている。本作ではエイフェックス・ツイン、有名プロデューサーのリック・ルービンらがリミックスを手がけている。なお、リック・ルービンのリミックスにはジェーンズ・アディクションのギタリストであるデイヴ・ナヴァロがギターで参加している。
同年、デヴィッド・ボウイのシングル「The Hearts Filthy Lesson」のリミックスを手掛け、ボウイと共に「ディソナンス・ツアー」と冠されたツアーを行った。これはまず前座のNINが演奏し、その後ステージにデヴィッド・ボウイが登場してそれぞれ互いの曲を共演、そしてNINがステージを降りデヴィッド・ボウイの演奏に移行するというものであった。ボウイはトレントと共に「レプタイル」や「ハート」を歌った。
トレントの愛犬、ゴールデン・レトリバーのMaiseが3階から落下して死亡。 1996年にはPCゲームQuakeのサウンドトラックをリリースした。ただしこのサウンドトラックはトレント・レズナーの個人名義で作成されている。 1997年にはデイヴィッド・リンチ監督の『ロスト・ハイウェイ』のサウンドトラックのプロデュースを行った。これはリンチ自らがトレントにオファーを申し込んで実現したが、このときリンチはトレントに「『ナチュラル・ボーン・キラーズ』のようなサウンドトラックを作ってくれ」と頼んだという。このサウンドトラックには「ザ・パーフェクト・ドラッグ」が収録された。この曲は後にミート・ビート・マニフェストやジ・オーブらのリミックス5曲を収録したシングルとなってリリースされた。 また、再びデヴィッド・ボウイのシングル「I'm Afraid of Americans」のリミックスを務めた。この楽曲のビデオ・クリップにはボウイのストーカーとしてトレントが出演している。 同年11月には初の公式な映像作品となる『クロージャー』がリリースされた。この作品はVHS二本組となっており、「Tape 1」と銘打たれた方には1994年から1995年にかけて行われた「セルフ・ディストラクト・ツアー」の模様を、「Tape 2」と銘打たれた方にはデビュー当時から1997年の間に製作されたプロモーション・ビデオが収録された。 この『クロージャー』のDVD化の話が出ていたが、前マネージャージョン・マルムとの金銭問題(NINの売上20%を不正に搾取していた)などでジョン・マルムが『クロージャー』の映像著作権の一部を保有してるためリリースできず、2006年にトレント本人が(自分のPCに不正アクセスがあり、データがリークされてしまったため)意図的にネットのP2PにDVDデータを流出させている。このデータはBittorrentなどでダウンロードできる。 1999年の9月に2枚組アルバム『ザ・フラジャイル』がリリースされた。この5年ぶりのサード・アルバムはリリースされた最初の週にビルボードチャートで一位を獲得したが、翌週にはビルボードのトップ10から脱落した。そのために予定していたアルバムリリース後のツアーに必要な経費は、トレント・レズナーのポケットマネーから捻出することとなった。 このアルバムからの先行シングル「ザ・デイ・ザ・ワールド・ウェント・アウェイ」のカップリング曲として収録されていた「スターファッカーズ・インク」の歌詞が当時の音楽シーンに対する痛烈な批判と言われ大きな話題となった。“スターファッカーズ・インク”の内容にはマリリン・マンソンに対する批判も含まれていた。マリリン・マンソンは『ザ・フラジャイル』がリリースされた際に批判的なコメントを出しており、トレント・レズナーとマリリン・マンソンの不仲は続いているものと思われていた。しかし“スターファッカーズ・インク”のビデオ・クリップにマリリン・マンソンが出演したことで和解が表明された。 バンドは1999年より「Fragility」と銘打たれたツアーに出る。このツアーはまずはヨーロッパと日本で行われた。そのツアーが一旦終了した後に『ザ・フラジャイル』のリミックス・アルバムとなる『シングス・フォーリング・アパート その後バンドはアメリカツアーを行い、そのツアーの様子を収めた『アンド・オール・ザット・クッド・ハヴ・ビーン
1996年 - 1997年
1999年 - 2002年
2004年 - 2006年2006年2月
2004年、トレント・レズナーがミュージック・コンサルタントを務め、テーマ曲に起用された『ザ・フラジャイル』収録の「ザ・マーク・ハズ・ビーン・メイド」など6曲を提供したトニー・スコット監督の映画『マイ・ボディガード』 (Man On Fire) が公開された。