それから月日は流れ、ロシアで前大統領が急死しチェチェン紛争に関して強硬姿勢も辞さない新大統領ネメロフが就任し、米ロ両国の緊迫した関係を改善するため米国はCIAの長官キャボットとその補佐のジャック・ライアンをロシアに派遣する。

しかし、両国の間で生じた相互の不信はぬぐえず、これを利用したネオナチやKKKを中心とした勢力が戦争を起こそうと策動を始めた。

そんな中、スーパーボウル開催中のアメリカ、ボルチモアのスタジアムで核爆発がおきる。ファウラー大統領はスーパーボールのスタジアムを脱出したが爆発の衝撃波がファウラーを乗せた車列を直撃し、キャボットは瀕死に、ファウラーも負傷した。ライアンの乗ったヘリも墜落したがライアンは無事で、単身で核爆発の真相を突き止めるため奔走する。テロリストによる罠だと気付いたライアンは、真実を両国の大統領に伝えようとするが、本土を核攻撃されたアメリカは混乱の中、最終戦争へと突入しようとしていた。

同じ頃、ネオナチのドレスラーと関係があるロシア軍の反乱分子将校が「モスクワにアメリカのICBMが着弾し首都が壊滅した」とデマを流し、基地将兵を唆し報復攻撃を差し向ける。北海に展開している米空母ジョン・C・ステニスにTu-22M 爆撃機がミサイル攻撃を行い、空母を行動不能にした。E-4で指揮を執っていたファウラー大統領以下閣僚はロシアの攻撃と考え、強硬的な態度に傾く。

ネメロフは自身が命令していないと弁明するが、チェチェン情勢に絡めて軍を掌握できていないのではないかというファウラーの疑念に激怒してしまう。ファウラーは苦渋の決断で報復措置として空母を攻撃したロシア軍戦闘機の基地をF-16 戦闘機で爆撃し同基地を壊滅させ、両者は一触即発となった。

ライアンはキャボットが運ばれた宿営地へ辿り着き、キャボットに事の次第を話す。「最悪の事態に備え常に裏口を開けておく」という考えに基づき以前から情報交換をしていたクレムリンの内通者「スピネーカー」に連絡を取れと言い残し、キャボットは死亡する。核爆発の起きた爆心地から採取された核物質はアメリカのサヴァンナ・リバー原子力発電所で製造されたプルトニウムで、「スピネーカー」の調査ではアメリカが中東戦争時に逼迫したイスラエルに極秘のうちに譲渡した原爆でロシアとは一切無関係であることが判明する。しかし、最終段階に入ったと判断したファウラー大統領や閣僚は核弾頭を搭載したB-2 ステルス戦略爆撃機を発進させ、ネメロフも迎撃に備え弾道ミサイルの発射体制につかせた。

ライアンは国防総省に単身乗り込み、担当の将軍に直談判しホットラインを繋ぎネメロフと直接交渉を行った。でっち上げだというロシア軍将校を尻目にネメロフはライアンの最後の言葉の「恐怖の連鎖が・・」に動かされ、ファウラーに攻撃中止と停戦を提案する。提案を即座に了承したファウラーは攻撃中止を下し、弾道ミサイル発射30秒前に危機は回避された。後日、停戦協定締結の席に着く米露首脳。回想のなかで、今回の事件を仕掛けたイスラエルの武器商人、ロシアの反乱分子将軍、そして黒幕のネオナチであるドレスラーがアメリカ、ロシアの工作員によって葬り去られた。

その後、ホワイトハウス前でキャシーと戯れるライアン。その前にネメロフの側近のアナトーリ・グシュコフが現れた。キャボットと冷戦時代より情報交換していた「スピネーカー」とは彼であることが判明する。グシュコフは2人に他人はまだ知らないはずの婚約祝いの品を渡し、その場を去った。
キャスト

役名俳優日本語吹替
ソフト版フジテレビ版
ジャック・ライアン
（CIA分析官）ベン・アフレック堀内賢雄山寺宏一
ウィリアム・キャボット
（CIA長官）モーガン・フリーマン坂口芳貞池田勝
ロバート・ファウラー
（アメリカ合衆国大統領）ジェームズ・クロムウェル津嘉山正種中村正
ジョン・クラークリーヴ・シュレイバー小山力也山路和弘
ベッカー国防長官フィリップ・ベイカー・ホール藤本譲
リチャード・ドレスラーアラン・ベイツ麦人小川真司
キャシー・マラーブリジット・モイナハン沢海陽子田中敦子
シドニー・オーウェンズ
（アメリカ合衆国国務長官）ロン・リフキン小山武宏佐々木勝彦