2004年1月1日（木曜日）21:15 - 22:45と、2005年1月1日（土曜日）21:15 - 22:30に、2年連続で元日に拡大版の特別番組が放送された。

2006年1月11日 19:00 - 22:48には、『トリビアの泉 ?最強の国民ランキングSP!?』と題して、当番組過去最長の放送時間の228分（3時間48分）の拡大版の特別番組を放送。放送111回を記念とした4時間スペシャルを放送。また、これまで放送される事がなかった19時台・20時台に初めて放送された。なお、この日の放送では、「トリビアの泉」「トリビアの種」共に、新作は一切取り上げず、過去のトリビアの総集編が行われた。「トリビアの泉」は、番組ホームページで予め募集をかけた視聴者による国民投票で選ばれた傑作トリビアBEST20がカウントダウン形式で発表された。また、過去のトリビアでも再放送ではなく再度品評されたものが収録された。「トリビアの種」は、もう一度見たいトリビアの種としてこちらも番組ホームページで予め募集をかけた視聴者による国民投票で選ばれたトリビアの種7本傑作選が放送された。

番組改編期となる2006年9月27日 21:00 - 23:18に『トリビアの泉 ?君の心に“へぇ”はあるかSP?』と題して、レギュラー放送最終回が放送された。これを以て、水曜21時枠のレギュラー放送を終了し、深夜時代を含めた約4年間のレギュラー放送に終止符を打った。発表されたトリビアはこの時点で、深夜時代を含めて999個だった。

レギュラー放送が終了して約4ヶ月が経った2007年1月27日（土曜日）21:00 - 22:54（『土曜プレミアム』枠）に、『トリビアの泉 復活SP 踊る大へぇへぇ祭り』と題して、レギュラー放送終了後初めての復活特別番組が放送された。当初は同枠で約2ヶ月に1回の頻度での放送が予定されており、2回目は同年3月10日に放送が予定されていた。しかし、ナレーターを担当していた中江真司の体調不良をはじめとした諸事情により3月の放送は中止となり、その約2ヶ月後の2007年5月12日（土曜日）21:00 - 23:10（『土曜プレミアム』枠）に、『トリビアの泉 ?無駄無駄無駄無駄ァ! ムダ知識大放出SP?』と題して、2回目の特番を放送[注 3]。実際には不定期となった。その後、中江は2007年6月に死去し、2007年11月28日放送分のスペシャル以降は窪田等が担当した。また、約半年後の2007年11月28日（水曜日）21:00 - 22:48に、『トリビアの泉 世界で一番“へぇ”が好きSP』と題して、3回目の特番を放送。また、同日は『土曜プレミアム』枠でなく、ゴールデン時代のレギュラー枠と同じ水曜21時枠での放送だった。

この3回目の放送から約1年8ヶ月後の2009年7月18日に映画『アマルフィ 女神の報酬』の公開を記念して、特別編のスピンオフ番組が放送された。内容は映画撮影秘話が中心で、倉庫の片隅のような場所で番組レギュラーのビビる大木一人だけで品評を行った。この回は、品評会会長のタモリは出演していない。

2010年2月27日（土曜日）21:00 - 23:10（『土曜プレミアム』枠）に、約2年3ヶ月ぶりの復活として『トリビアの泉 へぇへぇの種で大満開 久しぶりにやったらギネスまでとっちゃったよSP』と題して、特別番組が放送された[1]。番組冒頭では特別企画（八嶋曰く「2年3か月ぶりの放送なので、当番組を知らない小さな子供達のために作った」）。としてテレビアニメ『ONE PIECE』とのコラボレーション企画が行われ、『ONE PIECE』の第1期オープニングテーマ「ウィーアー!」（歌 - きただにひろし、第1話 - 第47話）の映像の登場キャラクターを品評会会長のタモリ・トリビアプレゼンター（司会）の高橋克実、八嶋智人の3名に置き換えて新たに制作されたものが流された。この映像では麦わらの一味[注 4] が登場したほか、『ONE PIECE』のオリジナル声優である田中真弓（モンキー・D・ルフィ役）、大塚周夫（ゴールド・ロジャー役）、大場真人（ナレーター）がアフレコに参加した。また、オープニングでは「フジテレビ開局51周年に放送する番組」とテロップが表示されていた。視聴率はスペシャル番組としては最高となる20.1%を記録した。

2012年で深夜時代から数えて番組生誕10周年を迎えた。これを記念して、2011年12月21日（水曜日）21:00 - 23:13には、深夜時代と全国ネット（ゴールデン時代）も含めた総集編の『トリビアの泉 10周年「へぇ」祭りはベストオブベストで! 承知しましたSP』が放送され、2012年1月1日（日曜日）21:00 - 23:30には、オール新作放送の『トリビアの泉 祝10周年! あけましてムダ知識SP』が放送された。この回を最後に、放送は行われていない。

2017年12月16日・2018年6月30日に同局で放送された『ギリギリ昔話』では「今じゃもう出来ない!? 攻めすぎなゴールデン番組」として、当番組で紹介された「トリビアの泉」や検証された「トリビアの種」で過激・過酷なトリビアが取り上げられた。

2017年・2020年にgooで行われた「復活してほしいバラエティ番組ランキング」においては共に2位を記録する[2][3]など、番組の放送が終了して以降も根強い人気を誇っている。
出演者
トリビア プレゼンター（司会）

高橋克実

八嶋智人進行や補足は八嶋が担当。

品評会会長（会長）

タモリゴールデン移行後にレギュラー出演。採点には厳しく満へぇは出したことがない。平日12時台の『笑っていいとも!』と兼任。

品評会会員（レギュラーパネラー）
深夜放送時代

ビビる大木

ベッキー

荒俣宏

はしのえみ

金子昇

ジャスミン

永井大

賀集利樹

杉浦太陽

小川仁志（日経エンタテインメント!編集長）

MEGUMI

柳沢慎吾

ゴールデンタイム時代

ビビる大木

MEGUMI

ベッキー

荒俣宏

糸井重里

筒井康隆

はしのえみタモリ・大木以外の会員は不定期出演。

ナレーター
初代


中江真司（2002年10月7日 - 2007年1月27日、深夜?ゴールデン・レギュラー放送）

2代目


大友龍三郎（2007年5月12日、特別番組）

3代目


窪田等（2007年11月28日・2010年2月27日・2011年12月21日・2012年1月1日、特別番組 - ）当番組の初代ナレーターは、中江真司だったが、静養のため2007年5月12日放送分では大友龍三郎が表のナレーションを担当した。その後、中江は2007年6月28日に亡くなり、2007年11月28日・2010年2月27日・2011年12月21日・2012年1月1日放送分の特別番組では窪田等[注 5] がナレーションを担当した。

その他


皆口裕子（2004年8月10日）

永井一郎（2007年1月27日、アバンタイトル）

大塚周夫（コラボレーション企画『ONEPIECE』、2010年2月27日）

田中真弓（同上）

大場真人（同上）

吉村誠一郎（フリーアナウンサー、2010年2月27日）

中村光宏（フジテレビアナウンサー、2010年2月27日）

コーナー出演者

緒川たまきレギュラー放送でのコーナー『ガセビアの沼』のVTRに2005年1月19日より出演。