メガトロン率いる悪のトランスフォーマー軍団。今回のディセプティコン部隊は月に潜伏しており、先んじてアークからスペースブリッジの連結装置である「柱」の大半を回収、自分たちと結託したセンチネルがそれらを起動したことを切っ掛けに地球へ艦隊と大部隊を送り込み総攻撃を仕掛ける。また、かねてから宇宙開発事業に関わる人間を脅迫したり協力者として引き込んでは自分たちが月で活動していたことを隠蔽させ、さらに彼等を通じてアメリカ政府に圧力を掛けてこれ以上の月面調査を中止させていた。決まった規格によって生み出されているため同型の別個体が複数体存在する（コミック前日譚のブレインズの台詞が示唆）。
航空宇宙司令官スタースクリーム / Starscream
声 - チャーリー・アドラー / 吹き替え - 宮澤正IDナンバー - DD-02タトゥー模様入りロッキード・マーティン・F-22ラプターに変形。今作では、強者にはゴマを擂って媚を売り、弱者をいたぶる卑劣漢としての面が強調されている。IDWコミックでセンチネルの支配を認めず、アークへの攻撃指揮を執る様子が描かれた。シカゴ戦にてNESTのVTOL輸送機を撃墜。エップスたちとはぐれたサムに目を付けて嬲り殺しにしようと目論むが、中盤にカーリーを人質にとられ、不本意ながらディセプティコンに協力させられた件を利用して愚弄したことで、それによって憤怒したサムの反撃を受け、キューが開発したグローブのアンカーで右目を潰されパニックに陥り、増援に駆け付けたNEST部隊の集中砲火を受ける。さらに残った左目にボムスティックを突き立てられて頭部が爆裂、死亡した。
情報参謀サウンドウェーブ / Soundwave
声 - フランク・ウェルカー / 吹き替え - 斉藤次郎IDナンバー - DD-13地球上に降下し、シルバーのメルセデス・ベンツ・SLS・AMGをスキャン。主に諜報活動を行い実質的にメガトロンの右腕である。武装は2丁拳銃。顔は目と口が露出している。メガトロンやスタースクリームの腰の辺りまでの背丈しかない。他のディセプティコンたちに先んじて地球に到達・潜伏し、ディランの父たちに接触して月面探査計画を中止させた張本人。ディランによってカーリーにプレゼントされる形で彼女たちに近づき、中盤でディセプティコンの協力者としての顔を見せたディランの指示を受けて彼女を捕縛。人質として利用する。終盤でディセプティコンの侵攻が本格化し、もはや捕虜は不要だと感じ、ディランの提案から捕虜にしたオートボットたちを『戦利品』として公開処刑しようと考え、手始めにキューを処刑させる。続けてバンブルビーも自ら処刑しようとしたが、ホィーリーとブレインズに墜落させられた戦艦に気を取られ、その隙を突いたオートボットたちの反撃により戦闘に突入。激闘の最中バンブルビーによって左足を撃ち抜かれてバランスを崩し、腹部と頭を吹き飛ばされた。デザイン段階ではダミーの名称として「ブレークダウン」の仮称を与えられていた。コンセプトアートでは目がバイザーのように両端で繋がった形状をしており、本編での変形の仕方・軍団の中での役割、ブルーに光る各部のスピーカーに似たパーツと共にG1のマイスター (トランスフォーマー)のオマージュとなっている。
尋問兵レーザービーク / Laserbeak
声 - キース・ザラバッカ / 吹き替え - 駒谷昌男IDナンバー - DD-07基本形態は2門のアサルトライフルを武装した鳥型だが、様々な機械に擬態する変形機構を持つ。饒舌で、性質は極めて残忍。政府やNASA内部の人間を脅して諜報活動、暗殺を行い、遂にはジェリーから秘密を託されたサムの命をも狙った。ディセプティコンの侵攻が本格化した後はディランの下で待機しており、カーリーを救うためディランのアジトに突入してきたサムを再び襲うが、バンブルビーが操縦する戦闘機の機銃で頭を吹き飛ばされて死亡した。なお玩具版ではコピー機ではなくエイリアンジェットに変形している。G1のコンドルとほぼ同じ設定だが、本作品では言葉を喋り、デザインは不気味さを演出するため、首や胴体は長く、蛇のようにうねり、顔立ちはフクロウやペンギンを参考にしてギョロ目を強調されている。翼のローターなどは、『ギャラクシーフォース』に登場したキラーコンドルに近い姿になっている。当初はバザード / Buzzardと仮称されていた。
イゴール / Igor
声 - グレッグ・バーグ / 吹き替え - 佐藤せつじ前作に登場したロングハウルと同型のトランスフォーマー。戦いでボディを失ったのか頭部だけの状態で生きており、メガトロンにまとわりついている。命名はメガトロンによる[5]。リンカーン記念館のシーンまで登場しているが、その後の消息は不明。
監視部隊ドレッズ / Dreads
頭部にドレッドヘアーのような物[注釈 8]が生え、突き出した下顎と4つの複眼を持つドレッド型で構成される。格闘攻撃兵クランクケースと隠密監視兵クロウバーは比較的人型に近い形態でほぼ同型[注釈 9]であるが、戦士ハチェットは四足の肉食獣に似た形態を持ち、それぞれの髪型や顔の造詣など細部も異なっている。全員シークレット・サービス仕様のシボレー・サバーバンに変形（ハチェットは玩具では戦闘機へ変形）し、プロトフォーム状態の個体も本編に登場する。