惑星サイバトロンを壊滅に追い込んだトランスフォーマー軍団。前回の戦いの後、地球に残った僅かな残党が活動していたが、新たな軍団が地球に再来し、オートボットおよびNEST部隊と激しい戦いを繰り広げる。特定のタイプに同型体が複数存在することが確認されている。
スタースクリーム / Starscream
声 - チャーリー・アドラー / 吹き替え - 宮澤正IDナンバー - RD-02ディセプティコンのサブリーダー。ロッキード・マーティン・F-22 ラプターに変形。今作では伝説上のディセプティコンにあやかり、全身にオールスパークに似た柄の刺青を施している。声は前作と同じ声優が担当しているが前作からのエフェクト削除により、アニメシリーズのスタースクリームにより近い甲高い声で演じている。予告第二弾が公開されるまでメガトロンとザ・フォールンの存在が秘密にされていたため、ポスターなど広告資材ではディセプティコン側の代表としてメインビジュアルを担当している。ザ・フォールンの命令で指揮を執っていたが、復活したメガトロンにその件に関して咎められ折檻される。メガトロンやグラインダーと共にオプティマス・プライムを追い詰めるなどの活躍も見せた。
サウンドウェーブ / Soundwave
声 - フランク・ウェルカー / 吹き替え - 郷里大輔IDナンバー - RD-04情報戦略担当。エイリアンサテライトに変形。劇中ではアメリカ軍の通信衛星をハッキングし、衛星軌道上からディセプティコン達をサポートした。今回は単体での変形による活動や戦闘は行わない。玩具ではトリプルチェンジャーとされ、エイリアンシャトルに変形する他、アニメに準じたロボットモードが存在している。一作目時点でも登場が検討されていたが、紆余曲折を経てブラックアウト、スコルポノック、バリケード、フレンジーへと役割が分割されたため登場しなかった。
サイドウェイズ / Sideways
IDナンバー - RD-05アウディ・R8[13]に変形する斥候。N.E.S.T.に発見された際アーシーのチームを振り切るが、サイドスワイプを振り切ることは出来ず、逆に自身の逃走するスピードを利用され、サイドスワイプのブレードでビークルのまま両断された。ボンネットからルーフまで黒塗りで、5本の白いストライプが施されているAPR仕様のR8を模した4本の白いストライプが目立つ。
ホィーリー / Wheelie
声 - トム・ケニー / 吹き替え - 落合弘治IDナンバー - RA-09キューブの欠片の在り処を調査する小型ディセプティコン。青いRCカーに変形。キューブの欠片をサムから預かったミカエラを追跡するが捕まり、ボックスの中に押し込められサムらと行動を共にすることになる。シーカーに関する情報をサムたちに提供し、ジェットファイアから陣営に関する話を聞きオートボットに寝返り、「自分が生き残る」という他の作品に負けないサバイバル術を披露する。