惑星サイバトロンを壊滅に追い込んだトランスフォーマー軍団。前回の戦いの後、地球に残った僅かな残党が活動していたが、新たな軍団が地球に再来し、オートボットおよびNEST部隊と激しい戦いを繰り広げる。特定のタイプに同型体が複数存在することが確認されている。
スタースクリーム / Starscream
声 - チャーリー・アドラー / 吹き替え - 宮澤正IDナンバー - RD-02ディセプティコンのサブリーダー。ロッキード・マーティン・F-22 ラプターに変形。今作では伝説上のディセプティコンにあやかり、全身にオールスパークに似た柄の刺青を施している。声は前作と同じ声優が担当しているが前作からのエフェクト削除により、アニメシリーズのスタースクリームにより近い甲高い声で演じている。予告第二弾が公開されるまでメガトロンとザ・フォールンの存在が秘密にされていたため、ポスターなど広告資材ではディセプティコン側の代表としてメインビジュアルを担当している。ザ・フォールンの命令で指揮を執っていたが、復活したメガトロンにその件に関して咎められ折檻される。メガトロンやグラインダーと共にオプティマス・プライムを追い詰めるなどの活躍も見せた。
サウンドウェーブ / Soundwave
声 - フランク・ウェルカー / 吹き替え - 郷里大輔IDナンバー - RD-04情報戦略担当。エイリアンサテライトに変形。劇中ではアメリカ軍の通信衛星をハッキングし、衛星軌道上からディセプティコン達をサポートした。今回は単体での変形による活動や戦闘は行わない。玩具ではトリプルチェンジャーとされ、エイリアンシャトルに変形する他、アニメに準じたロボットモードが存在している。