本店所在地である岡山県を基盤として隣県にも一部展開しており、店舗数は岡山県53店舗、兵庫県4店舗（赤穂・龍野・姫路・神戸）、広島県（福山）・大阪府・東京都・インターネット（ももたろう支店）に各1店舗の計61店舗である[13]。

また、香川県の第二地銀である香川銀行は岡山県内にも複数の店舗があるが、その逆であるトマト銀の店舗は香川県に存在しない。かつては高松支店が置かれており、瀬戸大橋開通を翌年に控えバブル景気に沸いていた1987年（昭和62年）4月に開店したが、年数の経過とともに高松と岡山を跨いだ顧客ニーズが減少したため、2001年（平成13年）1月4日に児島支店へ統合された[14]。ただし、トマト銀のテレビコマーシャルは両県が同一の放送エリアとなっている関係で香川県でも同様に放映されている。
提携ATMについて
地元金融機関

2008年6月2日より、岡山県内に本店を置く金融機関の内、当行と中国銀行・岡山県下全信用金庫（おかやま・水島・津山・玉島・備北・吉備・備前日生）および笠岡信用組合の合わせて10金融機関[注釈 1] におけるATM・CD相互出金利用手数料無料提携を行っている[注釈 2]。詳細は「おかやまATMネットサービス」を参照
その他の地方銀行・第二地方銀行

地方銀行の広島銀行とも個別に平日8:45?18:00の出金は手数料が相互無料取り扱いとなる[注釈 3]。詳細は「4BANKSネットサービス」を参照
ゆうちょ銀行

神田今川橋郵便局・大阪新町郵便局・ ⇒ゆうちょ銀行高松店（高松中央郵便局内）のゆうちょ銀行ATMでは平日8:45?18:00・土曜日9:00?14:00の入出金は手数料が無料。それ以外のゆうちょ銀行ATMでは要手数料。
コンビニATM

セブン銀行、イオン銀行との提携によりATM利用の際には入出金時、時間帯別ごとに設定された手数料が徴収される[15][16]。
脚注[脚注の使い方]
注釈^ 参画しない信用組合は民族系の朝銀西信用組合。
^ 岡山県・香川県内にある中国銀行管理のイーネットATM・ローソンATMは手数料無料取り扱いの対象外。
^ 広島県・山口県内にある広島銀行管理のイーネットATM・ローソンATMは手数料無料取り扱いの対象外。

出典^ 組織図 - 株式会社トマト銀行
^ 株式会社トマト銀行 定款 第1章第1条2項
^ “特別企画：岡山県 メーンバンク実態調査” (PDF). 帝国データバンク岡山支店 (2015年12月15日). 2016年10月1日閲覧。
^ “トマト銀、倉敷に旗艦店　来夏開業”. 日本経済新聞. (2013年10月30日). https://www.nikkei.com/article/DGXNZO61826570Z21C13A0LC0000/ 2014年7月8日閲覧。 
^ “倉敷営業部（倉敷本社）7月14日オープン！?住宅ローンセンター倉敷、鶴形支店も同時オープン?” (PDF). トマト銀行 (2014年5月29日). 2017年7月8日閲覧。
^ 『「トマト銀行 ファジアーノ岡山 通帳・キャッシュカード」 の取り扱い開始について』（PDF）（プレスリリース）トマト銀行、2013年7月26日。https://www.tomatobank.co.jp/mt/pdf/news_20130726.pdf。2022年8月15日閲覧。 
^ “日立の地域金融機関向け共同アウトソーシングサービス 「NEXTBASE」がトマト銀行の次期基幹系システムとして採用”. 日立製作所 (2006年4月13日). 2022年8月15日閲覧。
^ “トマト銀行がNEC製勘定系の採用を白紙撤回、日立製に切り替え”. 日経クロステック (2006年4月13日). 2022年8月15日閲覧。
^ ⇒トマト銀行プレスリリース「ファジアーノ岡山通帳・キャッシュカードの取り扱いについて」2013年7月26日 (PDF)
^ “ローソン銀行の「即時口座決済サービス」への参加について”. トマト銀行. 2023年12月12日閲覧。
^ “トマト銀行の即時口座決済サービス参加について”. ローソン銀行. 2023年12月12日閲覧。
^ 「預金通帳がかわいくなった キャラクターつきで人気です」『朝日新聞』1989年9月20日付東京朝刊、19頁。