分子系統解析から、トカゲ亜目は有鱗目のうちヘビ類(ヘビ亜目)とミミズトカゲ類(ミミズトカゲ亜目)を除いた側系統群であることが判明している(以下の分岐図のうち薄緑色に示す範囲が旧来トカゲ亜目、ピンク色がミミズトカゲ類、薄青色がヘビ類)[3][4]。単系統群のみを正式な分類群として認める立場では、「トカゲ亜目」は成り立たない。.mw-parser-output table.clade{border-spacing:0;margin:0;font-size:100%;line-height:100%;border-collapse:separate;width:auto}.mw-parser-output table.clade table.clade{width:100%}.mw-parser-output table.clade td.clade-label{width:0.7em;padding:0 0.15em;vertical-align:bottom;text-align:center;border-left:1px solid;border-bottom:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width{overflow:hidden;text-overflow:ellipsis}.mw-parser-output table.clade td.clade-fixed-width:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.first{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-label.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel{padding:0 0.15em;vertical-align:top;text-align:center;border-left:1px solid;white-space:nowrap}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel:hover{overflow:visible}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.last{border-left:none;border-right:none}.mw-parser-output table.clade td.clade-slabel.reverse{border-left:none;border-right:1px solid}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar{vertical-align:middle;text-align:left;padding:0 0.5em;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-bar.reverse{text-align:right;position:relative}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf{border:0;padding:0;text-align:left}.mw-parser-output table.clade td.clade-leafR{border:0;padding:0;text-align:right}.mw-parser-output table.clade td.clade-leaf.reverse{text-align:right}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkA{background-color:yellow}.mw-parser-output table.clade:hover span.linkB{background-color:green}
Dibamia
フタアシトカゲ科 Dibamidae
Pygopodomorpha
イシヤモリ科 Diplodactylidae Underwood 1954
Pygopodidae Boulenger 1884
カワリオヤモリ科 Carphodactylidae
Gekkomorpha
トカゲモドキ科 Eublepharidae
Gekkonoidea
チビヤモリ科 Sphaerodactylidae Underwood 1954
ユビワレヤモリ科 Phyllodactylidae
ヤモリ科 Gekkonidae
Gekkota
Unidentata
Scincomorpha
スキンク科 Scincidae
Cordylomorpha
ヨルトカゲ科 Xantusiidae
カタトカゲ科 Gerrhosauridae
ヨロイトカゲ科 Cordylidae
Scinciformata
Episquamata
Teiformata
ピグミーテグー科 Gymnophthalmidae Merrem 1820
テユー科 Teiidae Gray 1827