ディープインパクトは0歳10月にノーザンファーム遠浅の1歳馬用の厩舎に移動した[21]。関節に不安があると判断されたため、遠浅に移動した翌日から「パドック」と呼ばれる小さな放牧地に入れられて運動を制限された。広い場所で放牧されるようになったのはそれから約1か月後だった[22]。ノーザンファーム場長の秋田は遠浅時代について、集団のリーダーではなかったものの、集団の先頭に立って走ろうとし、薄い蹄（身体的特徴の項目を参照）を擦り減らして血だらけになりながらも走るのをやめなかったと語っている[23]。

1歳9月にはノーザンファーム早来に移り育成を受けた[21]。小柄で繊細な面があったため、女性スタッフが育成を担当した[23]。その育成担当スタッフやノーザンファーム場長の秋田は共にディープインパクトの柔軟性の高さを指摘している（身体的特徴の項目を参照）。一方で、柔軟性がありすぎるところや、小柄で非力なところを欠点として指摘する声もあった[24]。
池江泰郎厩舎に入厩池江泰郎

ディープインパクトは2004年（平成16年）4月15日に早来町のホルスタイン市場で産地馬体審査を受けた[25]。そして同年9月8日、栗東トレーニングセンターの池江泰郎厩舎に入厩し[25]、池江敏行調教助手と市川明彦厩務員が担当することになった。初めてディープインパクトを見た市川は、同馬が小柄でかわいらしい顔をしていたため牝馬でないかと思い本当に牡馬かどうか股を覗きこみ確認したという[26]。

入厩して1か月が経過した10月、坂路の調教で初めてタイムを計ったときに、調教師の池江が58秒から59秒で走らせるように指示したが、これよりも速い54秒前半のタイムを出してきた。この時、きっとバテバテになってしまっているに違いないと調教助手の池江敏行が心配して駆け寄ったところ、ディープインパクトは「汗一つかいておらずケロっとしていた」といい[14]、このとき厩務員の市川は、「ただ者ではない」と思ったとのちに語っている[27]。その後12月に武豊騎乗でデビューすることが決定したため、デビュー戦4日前の調教で武が初めて騎乗することになった。池江敏行は武に「この馬、ひょっとしたらとんでもない馬かもしれないよ。久々に味わった、気持ちいいぐらいの背中なんだ」と言い[28]、武が騎乗したディープインパクトは栗東トレーニングセンターのCウッドコースを6ハロン81秒5、ラスト3ハロン38秒3、1ハロン12秒5という時計で走り、併せた馬に1.6秒先着した[28]。調教を終えると武は池江敏行に「敏行さん、この馬、ちょっとやばいかも」と興奮気味に話し[28]、翌年の活躍に期待した。
2歳 - 3歳（2004年 - 2005年）
新馬戦から東京優駿まで

2004年（平成16年）12月19日阪神競馬第5競走の2歳新馬戦（芝2000メートル）で武を据えてデビュー[29]。武は引退まで手綱を握ることとなる[30]。レースでは、上がり3ハロン33秒1の脚で、のちに金鯱賞・マイラーズカップなど重賞4競走に優勝し安田記念で2着となるコンゴウリキシオー[31]に4馬身の差を付けて勝利[29]。レース前に池江敏行は武に対して「あまり派手に勝たせないでくれ」と願い出ており[14]、レース後厩務員の市川は、このデビュー戦の強い勝ち方に「派手にやってしまった」と消耗を心配したが、レース後すぐに息が戻っていたので「クラシックでも戦える」と思ったという[32]。

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2004年 2歳新馬 JRA

島田明宏によると、このレースの翌週の水曜日、ある雑誌の企画で京都のシティホテルで行われた、ディープインパクトの新馬戦の11日前に香港で達成した海外通算100勝をメインテーマにしたインタビューを一通り終えたあとに、武の方から「ちょっと読者用に来年の楽しみな一頭を言うとしたら、先週デビューしたディープインパクトですね。これはみなさん覚えておいてください」と言ったという[33]。

続く2戦目は2005年（平成17年）1月22日に、京都競馬場で行われた若駒ステークスだった。レース数日前、武は「すごいことになるから見ていてください」と対談相手に語っていた[34]。レースでは最後方から競馬をし、4コーナーに入っても先頭の馬から10馬身程度の差があったが、直線で一気に突き抜け5馬身差で勝利。武はこのレースについて「前が飛ばしすぎだと思ったからあわてることはありませんでした。捕まえられるだろうと思っていました」と振り返っている[35]。この若駒ステークスでの圧勝によって、早くも「三冠は確実」とまで言われる存在となった[36]。

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2005年 若駒ステークス JRA

次走には皐月賞トライアルの第42回弥生賞に出走。武はこのレースを前にして、マスコミを通じてファンに向けて「競馬場に見に来る価値のある馬だと思います」とコメントした[37][38]。関東では初出走となったが、ハイセイコーを超える当競走史上最高の単勝支持率71.5パーセントを記録した[38]。レースでは2歳王者のマイネルレコルトや京成杯を制したアドマイヤジャパン以下にクビ差ではあったものの鞭を一回も振るわずに[39]勝利し、クラシックの最有力馬に躍り出る。
レース後、武は勝利騎手インタビューで代表質問が終わった後、ディープの良さは何か、と問われると「負けないところです」と答えた[40]。また、3着に敗れたマイネルレコルト鞍上の後藤浩輝は、「ディープインパクトに並ばれた時、威圧感を感じました」とコメントした[41]。

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2005年 弥生賞 JRA

第65回皐月賞では、単勝支持率が63.0パーセント（オッズは1.3倍）と1951年（昭和26年）のトキノミノルの73.3パーセントに次ぐ史上2位となった[42][43]。