NHKとの合併話が白紙に戻った結果、1966年4月から規模を大幅に縮小すると共に平日および土曜日の放送時間も10時 - 11時半の1時間半と、夕方 - プライムタイム前半に当たる17時 - 21時の4時間の計5時間半（ただし、日曜日は後者の4時間）のみに短縮された。その後、財団形式では経営などに無理があったため、1967年2月には他の在京テレビ局が「科学テレビ協力委員会」を発足させ、日本テレビから徳光寿雄、TBSから鈴木保雄、フジテレビから田村源太郎、NETから遠藤次郎と大内修二郎（途中交代）が協力委員として派遣された。それらの協力を得て、1967年4月から日中とゴールデンタイム後半以降 - 深夜時間帯の放送を再開した。そのため、当然ながら他の民放と同様に一般的な番組やCMを流すようになった。科学テレビ協力委員会は1968年6月で廃止され、1968年7月に財団テレビ事業本部の番組制作を目的とした「株式会社東京十二チャンネルプロダクション」（以下「東京12チャンネルプロダクション」、現在の株式会社テレビ東京の法人格、1973年の事業譲渡までは番組制作会社）が設立された。

この時、水面下では大阪の毎日放送（現：MBSメディアホールディングス）が東京12チャンネルプロダクションの経営に乗り出していた事から、「毎日放送が東京12チャンネルプロダクションを買収する」といった話が進められていたと言われていた。実際、毎日放送社長（当時）の高橋信三は東京12チャンネルプロダクションを買収して東京12チャンネルの放送免許を日本科学技術振興財団から譲り受け、東京12チャンネルを首都圏第5の民放局「東京毎日放送」（毎日放送〈MBS〉系列の準キー局という位置付け）に衣替えしてMBSテレビを関西唯一のキー局とする新たなネットワークの実現に向け奔走していた。同時に、もう1つの系列だったNET（現：テレビ朝日）からのネットワーク離脱も画策していた。

朝日新聞社が本格的に経営に乗り出していたNETは、当時TBS系列だった朝日放送（現：朝日放送グループホールディングス）に対してNET系列へのネットチェンジを働きかけていた一方、東京12チャンネルの買収とNET系離脱に動いた毎日放送や、TBSが毎日新聞社との関係が強まった一方で引き続き朝日新聞社との資本関係があることを盾に、ネットチェンジ要請になかなか応じなかった朝日放送の動きを見て、腸捻転解消が実現しなかった場合にも備え、独立局としての開局を準備していたサンテレビと近畿放送（現：KBS京都）の系列化も想定して、それぞれの地元である兵庫県神戸市と京都府京都市に支局を設け、1969年の開局からこれら2局と番組の相互供給を開始した。

しかし、早くから腸捻転解消に動いていた朝日新聞社・NET側だけでなく郵政省・毎日新聞社・TBS側にも腸捻転解消を画策する動きが出たことから、時の内閣総理大臣である佐藤栄作や自民党幹事長の田中角栄らを中心とした郵政族議員や郵政大臣出身者、郵政事務次官の浅野賢澄（後のフジテレビ社長・会長）などの郵政省官僚、腸捻転解消に動き始めた毎日新聞社会長の田中香苗やTBS社長で民放連会長の今道潤三が猛反発したため、これらの買収計画はいずれも頓挫した[22]。

結局、1969年11月に再三にわたる財界からの要請を受ける形で日本経済新聞社（日本経済新聞）が東京12チャンネルプロダクションの経営を引き受け、正式に参加[23][注釈 10][22]。「科学テレビ」をグループの電波媒体として、朝日新聞社もこの動きに同調した。それまで東京12チャンネルは朝日新聞社と報道提携を結んでおり、同局の報道一切は朝日新聞社が制作していて、また同社は日本科学技術振興財団の財団債も保有していた。一方日本経済新聞社は当時、朝日新聞社が経営に乗り出していた日本教育テレビ（後のテレビ朝日）にも出資していたが、この後1974年2月にこの出資分を朝日新聞社と旺文社が折半して買い取って両局の新聞資本が整理された。なお、テレビ東京とその系列局はその後も『ホロニックパス』『テクノピア』『パソコンサンデー』などの科学技術番組を送り出している。詳細は「高橋信三#テレビ東京支援と相次ぐ打ち切り事件」を参照

1973年10月1日、株式会社東京12チャンネル（東京12チャンネルプロダクションの商号を変更）は放送法によるテレビ放送を事業目的に加え、経営および放送事業を財団より譲り受けた。