2000年代半ば以降、上記のパッケージ販売市場が縮小傾向にある事から、製作各社はそれに代わって海外市場を含む「インターネット有料配信」によるビジネスモデルへのシフトしており、テレビ放送よりも重要な存在となった[36]。その際、日本の首都圏における「テレビ放送（地上波による放送）の実績」の有無がネット配信業者への販売価格を大きく左右する[4] ことから、純粋な意味のWebアニメは長らく少数派に留まり、ネット配信に並行して何らかの形でテレビ放送を行う形のものが多い。 上記のような現状を背景に、極力少ない時差（遅れ）で視聴するため、Winny・Shareなどのファイル共有ソフトや、日本国外の動画共有サービスを用い、作品を違法にアップロードする行為が問題になっている[37]。 動画共有サービスの場合、権利者から要請が確認できれば削除されることもあるが、YouTubeなどに比べて知名度の低い海外サイトの場合、対応が杜撰になりがちで、正当な要請でも無視されることがある。一度作品がインターネット上にアップロードされると際限なく複製され、完全に止めることはほぼ不可能になるため、パッケージ販売の収益で制作費用を回収している製作関係会社にとっては死活問題になりつつある[37][38][39]。 そのため、番組冒頭に「（権利者の許諾を得ず）インターネットにアップロードするのは違法である」旨のテロップを流して注意を促したり、アップロード元の放送局（ローカル局）を特定できるようウォーターマークを表示するなどの対策を採り、また2012年10月の改正著作権法施行により、ダウンロードにも罰則が課されるようになったが、効果はあまりないのが実情であったが、後述の公式配信の充実と共に減少して行く。 『機動戦士ガンダムSEED』および続編『機動戦士ガンダムSEED DESTINY』では、番組スポンサーのNTT東日本・西日本両社が提供する光サービス『フレッツ光』加入者専用サイト「フレッツ・スクエア」にて放送終了直後に配信を行なっていた（ただし1週遅れの地域ではその遅れを反映する形での配信であった）。 2000年代中盤には高速回線が次第にカバーエリアを拡大した。2005年4月に開設したGyaO（現：GYAO!）やBIGLOBEストリーム（後のアニメワン。2013年にサービス終了）は、『B型H系』（UHFアニメ）や『れでぃ×ばと!』（AT-X独占放送）などで製作委員会に出資しているなど作品製作にも関与するようになり、映像画面周辺に広告を挿入し、広告収入を利用した無料配信サービスを相次いで開始したことで、地上波での放送が視聴できなくても、インターネットで視聴できる機会が大幅に増えることになった。
インターネット配信の現状と弱点
権利者（原作者や遺族など）の意向によっては有料配信すら許諾されない場合もある[注釈 49]。
最速放送局より遅れて配信される事例が多い。ただし有料配信の場合は一部最速放送局よりも早く配信するケースがあり（日本テレビ製作深夜アニメ番組など）、AbemaTV参入後は最速放送局と同時、もしくはそれよりも早く無料配信するケースも登場している。
「有料配信のみ」を基本とする放送枠（フジテレビ『ノイタミナ』枠やMBS『アニメイズム』枠など）や、製作会社（東映[注釈 50]、KADOKAWA[注釈 51] 製作作品など）もあり、近年ではこれらに限らず特定配信サイトの「独占有料配信」作品も増えている。
配信企業が製作委員会に加わったりプロジェクトを主導するケースもあり『シドニアの騎士』では製作会社がNetflixと直接契約し、日本国外でのインターネット配信を独占させる契約で制作費を調達した。また同じ制作会社による『BLAME!』はNetflixのオリジナルコンテンツとして制作された（日本国内では劇場でも放映された）。
肖像権の都合上、声優やスタッフの出演する特番や実写パートが配信されない場合もある[注釈 52]。
インターネット回線速度に影響を受けやすい。
有料配信の場合、料金支払方法がクレジットカードやウェブマネーなどに限られることが多い。
違法アップロード
公式動画配信の変遷