1990年代後半の視聴率低下はアニメ業界に多大な影響を及ぼした[26]。フジテレビのアニメプロデューサーで執行役員も務める清水賢治によると、「少子化の影響や塾通いの増加による子供たちの夕刻?19時台の在宅率の低下が大きい」と語り、一時はアニメ自体の放送を取り止めることも検討されたほどであり、結局は土日の朝枠に移動させる動きが主流になったという[8]。

さらにファミコン登場以降、家庭用ゲーム機の普及で子供の関心がゲームに移ったことで、アニメ関連の玩具売り上げ低下によって玩具メーカーがスポンサーから撤退し、夕方からゴールデンタイムにかけての放送枠確保が難しくなっていた[26]。

2000年代後半になると、キー局各局ではゴールデンタイム枠放送作品の消滅が相次ぐ。深夜アニメ本数当時最多を記録した2006年にはゴールデンタイム側は逆に撤退戦の状況となり[27]、フジテレビ系列では2006年9月、日本テレビ系列では2009年3月を以ってゴールデンタイム帯からアニメ枠を撤退した。テレビ東京系列では2000年代前半に最大6枠あったゴールデンタイムのアニメ作品の総本数は増減を繰り返した末、2018年9月をもって木曜19時台放送枠2本が日曜夕方枠へ移行により、ゴールデンタイム帯から全面撤退[28]。テレビ朝日系列の金曜日の2枠も、2019年9月をもって土曜夕方枠へ移行し、ゴールデンタイム帯から撤退したため、キー局各局からゴールデンタイム枠放送作品が一時的に消滅することになった[注釈 47]。テレビ東京（広報・IR部長：大木努）は2007年に「アニメはもう子供たちのファーストチョイスではない」と述べている[29]。

その後、2020年10月の改編で、テレビ東京系列の『ポケットモンスター』が日曜夕方から金曜19時台枠への移動により、民放キー局で放送される19時台のアニメが約1年ぶりに復活、現在はキー局の5系列のうち（レギュラーとして）同時間帯のアニメ枠を持っているのは、テレビ東京系列の金曜19時の前半枠のみである。

少数ではあるが、2010年代に入ると、少子化情勢や編成の都合などによりテレビアニメ番組の「単独での」制作を取りやめる放送局も出た。例えば名古屋テレビ（メ?テレ）では、2017年10月期に情報番組『サンデーLIVE!!』（テレビ朝日・朝日放送テレビ・名古屋テレビの共同制作）の開始に伴う改編により、同年9月を以てテレビアニメの単独制作から撤退している[30]。
深夜帯

1995年の『新世紀エヴァンゲリオン』の商業的成功によりコアなファン対象の作品が多数制作され、放映権料の高いゴールデンタイムではなく、夕方の放送を中心に多数の制作会社が参入し、放送枠が不足すると深夜枠の開拓が始まった[26]。大量生産に有利なデジタルアニメが普及し、テレビ東京や独立局、BS局やCSアニメ専門チャンネルなどで放送作品も増加したが、過剰な数の作品制作と負担の増加により、作画やシナリオを崩壊させる品質の低下、更には制作スケジュールの遅延による放送スケジュールの破綻に至る事例が続出、1クールの放送枠を「完走」すら出来ない事態まで至る作品まで出た。

かつてはテレビ局が企画に関与することが多かったテレビアニメだが、ここに至っては深夜枠は一種の「試写室」の扱いとなり、通信販売番組と同じようなビジネスモデルに変わっていった[31]。

こうして2000年代に本数は急増したが、2000年代前半のフジテレビ深夜では編成の混乱が発生し最終回まで放送されないアニメが続出[31]、2008年に発生したリーマン・ショック・世界金融危機の影響などから2010年頃には本数が減少するなどの影響が出た[32][33]。2010年代前半にはリーマンショックの影響を脱し本数は再び増加した[34]。
視聴層の二極化とパッケージ販売(ビデオソフト化)による制作費回収システム「アニメ (日本のアニメーション作品)#映像媒体のパッケージ販売」も参照

深夜アニメのターゲットはアニメの関心が強いアニメオタク層であり、パッケージ販売のためのプロモーションの性格が強い。そのため製作委員会各社がスポンサーとなり、番組枠を買い取って放送するケースも多い。深夜枠放送作品は、DVDおよびBlu-ray Discなどのパッケージ販売が主な収益だったことから、付加価値を高めて購買意欲を刺激する必要があり、以下の事情により本放送とは異なる改訂・増補がなされる場合もある。
放送の修正（リテイク）

制作スケジュール破綻、またはそれに近い状態になったエピソードが多発した作品に多く見られる。クレジットやテロップの修正も含まれる。


表現規制を制作意図に戻す。

お色気や流血など刺激の強い表現で、テレビ放送時に規制されたものを本来の状態に戻すために、追加もしくは差し替えが行われる。