2000年代以降、小・中学校の週休2日制度導入で視聴が可能となった土・日曜日の午前枠を中心とする、玩具販売や原作漫画販売などのキャラクタービジネスを主目的とした子供向け作品、『サザエさん』等のまだ視聴率が期待できるファミリー向け作品と、『エヴァンゲリオン』後のアニメブームで増加した「アニメオタク（アニオタ）」向け作品の分離という二極化が進行した。アニメオタク向け作品は製作委員会方式作品が多く[注釈 46]、主に三大都市圏の各テレビ局や衛星放送局の深夜で放送を行い、本放送後にパッケージ販売・ソフトのレンタルなどで作品を供給し、収益をあげるという構造になっている。特にコンテンツが乏しくスポンサー料の安い放送枠が多い独立放送局は多くのアニメを放送した（UHFアニメ）。ただし独立局各局においては、キー局各局と比べると採算ラインが低いことから、ゴールデンタイム帯で放送するアニメもある[8]。
全日帯

1990年代後半の視聴率低下はアニメ業界に多大な影響を及ぼした[26]。フジテレビのアニメプロデューサーで執行役員も務める清水賢治によると、「少子化の影響や塾通いの増加による子供たちの夕刻?19時台の在宅率の低下が大きい」と語り、一時はアニメ自体の放送を取り止めることも検討されたほどであり、結局は土日の朝枠に移動させる動きが主流になったという[8]。

さらにファミコン登場以降、家庭用ゲーム機の普及で子供の関心がゲームに移ったことで、アニメ関連の玩具売り上げ低下によって玩具メーカーがスポンサーから撤退し、夕方からゴールデンタイムにかけての放送枠確保が難しくなっていた[26]。

2000年代後半になると、キー局各局ではゴールデンタイム枠放送作品の消滅が相次ぐ。深夜アニメ本数当時最多を記録した2006年にはゴールデンタイム側は逆に撤退戦の状況となり[27]、フジテレビ系列では2006年9月、日本テレビ系列では2009年3月を以ってゴールデンタイム帯からアニメ枠を撤退した。テレビ東京系列では2000年代前半に最大6枠あったゴールデンタイムのアニメ作品の総本数は増減を繰り返した末、2018年9月をもって木曜19時台放送枠2本が日曜夕方枠へ移行により、ゴールデンタイム帯から全面撤退[28]。テレビ朝日系列の金曜日の2枠も、2019年9月をもって土曜夕方枠へ移行し、ゴールデンタイム帯から撤退したため、キー局各局からゴールデンタイム枠放送作品が一時的に消滅することになった[注釈 47]。テレビ東京（広報・IR部長：大木努）は2007年に「アニメはもう子供たちのファーストチョイスではない」と述べている[29]。

その後、2020年10月の改編で、テレビ東京系列の『ポケットモンスター』が日曜夕方から金曜19時台枠への移動により、民放キー局で放送される19時台のアニメが約1年ぶりに復活、現在はキー局の5系列のうち（レギュラーとして）同時間帯のアニメ枠を持っているのは、テレビ東京系列の金曜19時の前半枠のみである。

少数ではあるが、2010年代に入ると、少子化情勢や編成の都合などによりテレビアニメ番組の「単独での」制作を取りやめる放送局も出た。例えば名古屋テレビ（メ?テレ）では、2017年10月期に情報番組『サンデーLIVE!!』（テレビ朝日・朝日放送テレビ・名古屋テレビの共同制作）の開始に伴う改編により、同年9月を以てテレビアニメの単独制作から撤退している[30]。