2000年代以降、全般的には表現規制が緩い傾向がある深夜番組であるはずの深夜アニメでも、一部放送局を中心に表現規制が厳格化する傾向にある。「深夜アニメ#表現規制」および「UHFアニメ#UHFアニメの各種問題」も参照
自主規制の内容
放送問題用語詳細は「放送禁止用語」を参照

基本的に、原作・脚本・構成の段階で問題になる用語や表現は削除するか、支障のない表現に変更される。また、同様の理由でアニメ化に際し、問題のあるタイトルの語句が変更される場合もある[注釈 39]。一方で演出上あえて意図的に抵触する言葉を使い「自主規制音」や隠喩的な表現で演出をする作品も存在する。

しかし、制作当時に「自主規制の対象外であった言葉や表現が使用された作品」の再放送とパッケージ化がされる場合、自主規制対象と判断された部分がカットされ、会話が途切れるなどの問題が発生した。その後、著作権の一種である著作者人格権を考慮し、「原作者のオリジナリティを尊重して原版のまま放送する」「作品の時代設定を考慮する」「差別を助長する意図はない」などの諸注意の文面を入れた上で、該当語句をノーカットで放送する場合もある。
映像演出詳細は「ポケモンショック」を参照

上記の一件以降、特に点滅の表現が厳しく規制されており[17]、銃撃戦のシーンなど減光や残像処理が行われている。過去の作品の再放送やパッケージ化においても同様の処理が行われることが多くなっている。
飲酒・喫煙の描写

年齢設定が未成年の登場人物の飲酒、喫煙シーンがほとんど描かれなくなり、描かれる場合も「未成年の飲酒（喫煙）は法律で禁止されている」旨の注意が表示（記述）されるようになっている事がほとんどである。
性的・暴力描写

少年犯罪の増加を裏付ける明確な証拠は見当たらないにもかかわらず、1997年2月に発生した神戸連続児童殺傷事件を契機に、具体的な根拠を明確に提示しないマスコミ（キー局・全国紙）による、集団ヒステリー（モラル・パニック）的社会批判（メディア効果論も参照）が全国に広がり、「漫画やアニメの性・暴力表現が犯罪を助長する」要因とされ、暴力描写規制なども含む包括的な自主規制に発展していった[18][19]。

過去にアメリカでも、類似した騒動が発生し、コミックス・コードの立ち上げによる厳格な自主規制が行われた例がある。
変遷
1980年代：ゴールデンタイムの作品の一部は、暴力・流血描写にシルエット演出を施すことで残虐な人体破断・爆裂などを表現的に抑えた上で放送した[注釈 40]。『キン肉マン』では、ラーメンマンがブロッケンマンをキャメルクラッチで身体を真っ二つにして殺害するシーンが、ラーメンマンがブロッケンマンを麺の生地のように身体を捏ね、ラーメンの手打ち麺にして食べてしまうという、シュールなギャグシーンに差し替えられている。2000年代：銃撃された人の流血が暴力的な表現として規制対象となる。
性的描写
1980年代：ゴールデンタイムの作品の一部に、女性キャラクターの下着姿や乳首などを露出するお色気（エロ）場面を含むもの[注釈 41] が存在していた。2000年代：簡単に予約録画可能な機器（DVD、BD）が家庭で普及し、児童層がリアルタイムで視聴することが少ない深夜アニメ枠も自主規制の強化が行われ、児童の興味を引きつける萌え・ロリ・エロ（半裸、パンチラなど）の表現を多用したい製作会社は表現規制の厳しいテレビ東京以外の局を模索する傾向に走り、独立局、BS/CS局などに移行するようになった。2007年以降、女性のセミヌードや下着が映る描写も湯気や閃光などの白ボカシなどで乳首や局部を隠す事例が増えているが、AT-Xでは対象年齢の制限を設けることにより、本来の映像でかつプライム・ノンプライムの時間帯で、曜日も問わずに放送されている（無料放送時[注釈 42] には一切視聴できない）。