顔は黒や肌色[4]。成長に伴い額がはげ上がり（オスで顕著）、顔が黒ずむ[5]。 種小名 troglodytes はギリシャ語の「穴居人」に由来し[8]、転じて「原人」の意[5]。 ミトコンドリアDNAの全塩基配列の解析では487万年前±23万年[9]にチンパンジー亜族とヒト亜族が分岐したとされる。 国際チンパンジー22番染色体解読コンソーシアム（The International Chimpanzee Chromosome 22 Consortium、理化学研究所なども参加）によってチンパンジーの第22番染色体がほぼ完全に解読され、これに対応するヒトの第21番染色体の比較が報告されている[10]。その報告によると、DNAレベルの比較では、ヒトとチンパンジーの間で1.44%の一塩基置換（点突然変異）とそれに加えて68,000箇所の配列の挿入または欠失が生じていた。翻訳される231種類のタンパク質について比較したところ、83%でアミノ酸レベルの変化が生じていた。 また、別の研究では2005年にチンパンジーの全ゲノムのドラフト配列が解読され、ヒトとの比較が報告されている[11]。その報告では、DNAレベルではおよそ3500万(1.23%)の一塩基置換と500万箇所の配列の挿入または欠失が生じていた。タンパク質について比較したところ、ヒトとチンパンジーの典型的な相同タンパク質は極めて類似しており、平均でわずか2アミノ酸しか違いがなく、比較した相同タンパク質のおよそ30%は同一だった。なお、上述の22番染色体の研究の書き方に合わせるならば、およそ70%でアミノ酸レベルの変化が生じていることになる。 チンパンジーとヒトのDNAの違いは1-4%程度との報告がある[12][13][14]。上記の報告でもDNAについてはその範囲に収まる。それと比べて、「7-8割のタンパクに違いがある」と聞くとタンパクレベルでは相違が大きいような印象を受けるが、前述の全ゲノムのドラフト配列の論文において「非常に類似しており平均でわずか2アミノ酸しか違いがない」[15]と言及されているように、それぞれのタンパクの違いは小さいことがありうるため、一概にタンパクレベルで相違が大きいとは言えないことに注意が必要である。 亜種ニシチンパンジーは160万年前に他亜種と分岐したと考えられ、遺伝的距離が大きいとされる[4]。 以下の分類・英名はIUCN(2016)に、分布は亜種 P. t. ellioti を除いて橋本(2017)に従う[3][8]。
分類
Pan troglodytes troglodytes (Blumenbach, 1799) チェゴチンパンジー[5]、ツェゴチンパンジー[4][16]、チュウオウチンパンジー[8] Central chimpanzee
アンゴラ北部、ガボン、カメルーン南東部、コンゴ共和国、コンゴ民主共和国、赤道ギニア（大陸部）、中央アフリカ共和国胴体や四肢の皮膚が黒い[5]。成長に伴う、額のはげ上がりが顕著[5]。成長に伴い顔に黒い斑点が入り、顔全体が黒くなる[5]。
Pan troglodytes ellioti (Matschie, 1914) ナイジェリアチンパンジー[17] Nigeria-Cameroon chimpanzee
カメルーン、ナイジェリア[3]1997年にミトコンドリアDNAコントロール領域の分子系統推定から、カメルーンとナイジェリアの国境周辺の個体群に対しシノニムとされていた P. vellerosus を復活させて亜種とする説が提唱された。P. t. vellerosus の模式標本の産地はカメルーン山とされていたが、後の調査から模式標本の採集人がカメルーンを訪れておらずガボンを訪れていたことが判明した[18]。そのため P. t. vellerosus の模式標本となった個体はガボン産で、基亜種のシノニムとする説が提唱された[18]。これにともないカメルーンとナイジェリアの国境周辺の亜種は未記載の亜種となったが、2008年にこれらに対応した学名として P. t. ellioti をあてる説が提唱された[18]。
Pan troglodytes schweinfurthii (Giglioli, 1872) ケナガチンパンジー[4][5]、ヒガシチンパンジー[8] Eastern chimpanzee
ウガンダ西部、コンゴ民主共和国北部および東部、タンザニア西部、中央アフリカ共和国東部、ブルンジ、南スーダン南西部、ルワンダ胴体や四肢の皮膚が赤褐色[5]。体毛が長く、顔が細長い[5]。成長に伴い顔が赤褐色になり、顔全体が灰黒色になる[5]。
Pan troglodytes verus Schwartz, 1934 ニシチンパンジー[8]、マスクチンパンジー[4][5] Western chimpanzee[3]