チョコレートに含まれるテオブロミンはイヌやネコなどの動物に、嘔吐、下痢、発熱、発作などをもたらすため保管に注意を要する[23]。
歴史チョコレートを飲むミシュテカの王たちチョコレートは18世紀には貴族の間のおしゃれな飲み物となっていた。「朝のチョコレート」ヴェネツィアの画家ピエトロ・ロンギの絵画。.1775年?1780年「チョコレートの歴史」および「カカオ#歴史」も参照

紀元前2000年ごろから主に中央アメリカにおいてカカオの栽培が始められ、アメリカ先住民族の間で嗜好品や薬用として珍重され[24]、マヤ族、のちにはアステカ族も貨幣として使用した。飲み方は、コーンミールやトウガラシを入れることが普通であった。

カカオは16世紀にスペイン人によってヨーロッパへと紹介され[要出典]、やがてアステカ帝国などの中央アメリカ諸王国を滅ぼしてこの地方を支配したスペイン人にも好まれるようになった。そして彼らを通じ、徐々にヨーロッパ大陸にも浸透していった。この過程で、スペイン人はチョコレートの苦味を打ち消すためにトウガラシの代わりに砂糖を入れるようになり、このやり方が他のヨーロッパの国々に伝わる際も引き継がれた。当初、チョコレートは薬として扱われたが、砂糖を入れることによって徐々に嗜好品へと姿を変えていった。17世紀中ごろにはイギリスに到達し、そのころ隆盛したコーヒー・ハウスにおいてもさかんに供された[25]。この時期には、チョコレートはヨーロッパの王侯貴族や富裕層にとって贅沢な飲み物として受け入れられていた。

19世紀にはいるまではチョコレートは飲み物であったが、19世紀に技術革新が次々と起こって現在のチョコレートの形が成立した。まず、1828年にはオランダのコンラッド・ヨハネス・バン・ホーテンがココアパウダーとココアバターを分離する製法を確立し、さらにカカオにアルカリ処理を行うことで苦味を和らげる方法も考案した。1847年にイギリスのジョセフ・フライが固形チョコレートを発明し、1875年にはスイスの薬剤師であるアンリ・ネスレとショコラティエのダニエル・ペーターがミルクチョコレートを開発した[26]。さらに1879年にはスイスのロドルフ・リンツによりコンチェが発明され、ざらざらしていた固形チョコレートが滑らかな口当たりのものへと変化した。上記の発明は「チョコレートの4大技術革命」とも呼ばれ[27][28]、これらの発明によって固形チョコレートはココアに代わってカカオの利用法のメインとなっていった。

こうした発明によって19世紀後半にはチョコレートは家族的な小企業や職人による生産から大企業による工場での大量生産へと移行していった。スイスのネスレ社、リンツ社、カイエ社やイギリスのキャドバリー社、ロウントリー社、アメリカのハーシー社などの大チョコレート企業が誕生し、安定して大量生産された規格品チョコレートの供給によりチョコレートの価格は下がり、一般市民が気軽に楽しめる菓子となっていった。一方でベルギーやフランスなどを中心にショコラティエによる高級チョコレート店も多数存在している。大チョコレート企業は1960年代以降買収を繰り返しながら巨大化していく一方、高級チョコレート店の職人によるチョコレートにも大きな需要があり、この二つが日常一般市民の食しているチョコレート生産のほとんどを占めている[29]。

日本にチョコレートが伝わったのは江戸時代である。寛政9年（1797年）3月晦日に、長崎の寄合町の大和路という遊女が、オランダ人から貰った贈り物の記録中に「しょくらあと六つ」という記載がある。これが、日本国内でチョコレートの事を記した最初の史料とされる。他にも、京都の蘭学者の廣川?が、長崎に6年ほど遊学したときの事をまとめた「長崎聞見録（1800年、寛永12年刊行）」では、「しょくらとを」の記録がある。「しょくらとを」は、「紅毛人の持渡る腎薬」と記されており、溶かして飲む薬として扱われていたようである。ただ、幕府が正式にチョコレートを輸入したという記録はなく、一部オランダ人が私的に出島に持ち込み、彼らと付き合いのあった人々だけが、チョコレートを知っていたようである[30]。