質量あたりの熱量が大きく携行が容易であることから、固形チョコレートは軍隊のレーションに同封されたり（アメリカ軍用チョコレートなど）、登山などの際の非常食として携帯されたりする。カロリーの面だけでなく、非常の際に甘味やテオブロミンが心身の安らぎをもたらすという意味合いも大きい。テオブロミンの含有量はカカオ分99%のチョコレート100gあたり1100mg[13]。

2000年代以降、チョコレートに多く含まれるポリフェノールの一種であるカカオポリフェノールが健康への効果が高いとしてしばしば喧伝されるようになっている[14]。

2017年1月に内閣府のプロジェクトチームが、明治と共同で、革新的研究開発推進プログラム（インパクト）」を利用した研究結果として「チョコレートを食べると、脳が若返る可能性がある」と発表したが、外部[誰?]から「裏付けが不十分だ」と指摘され、翌2018年3月に内閣府は「追加試験を実施すべきで、発表には慎重さが必要だった」との検証結果を発表した[15]。

チョコレートを食べるとニキビができるという迷信があり、経験的にニキビができやすいとする者[誰?]も多いが、科学的には関連性有りとする研究[16] と否定する研究[17] がある[18]。脂肪分を40%と多く含むこと[19]、カフェイン・チラミン（血管性浮腫誘因物質でアミンの一種）などを含む刺激物であるということからの発想である。一方で、チラミンにより血管の収縮が起こり、効果が切れると急激に血管が拡張するため、食べ過ぎると鼻の粘膜が腫れて鼻血が出やすくなるという[20]。同様のメカニズムで収縮のあとの急激な脳血管の拡張により片頭痛が起こることがある[21]。また、テオブロミンと位置異性体の関係にあるテオフィリンを主成分とした医療用医薬品（キサンチン系気管支拡張薬等）の添付文書には、副作用として「鼻出血」と記載されている[22]。ただし、チョコレートアレルギーによる鼻血はあり得る。カフェインの含有量はカカオ分99%のチョコレート100gあたり120mg[13]。チョコレートに加えられることが多い食品には食物アレルギーの表示義務があるミルクやピーナッツがあり、これらが原因となる可能性が考えられる。日本ではカカオにはアレルギー表示の義務はない。
他の動物への影響

チョコレートに含まれるテオブロミンはイヌやネコなどの動物に、嘔吐、下痢、発熱、発作などをもたらすため保管に注意を要する[23]。
歴史チョコレートを飲むミシュテカの王たちチョコレートは18世紀には貴族の間のおしゃれな飲み物となっていた。「朝のチョコレート」ヴェネツィアの画家ピエトロ・ロンギの絵画。.1775年?1780年「チョコレートの歴史」および「カカオ#歴史」も参照

紀元前2000年ごろから主に中央アメリカにおいてカカオの栽培が始められ、アメリカ先住民族の間で嗜好品や薬用として珍重され[24]、マヤ族、のちにはアステカ族も貨幣として使用した。飲み方は、コーンミールやトウガラシを入れることが普通であった。

カカオは16世紀にスペイン人によってヨーロッパへと紹介され[要出典]、やがてアステカ帝国などの中央アメリカ諸王国を滅ぼしてこの地方を支配したスペイン人にも好まれるようになった。そして彼らを通じ、徐々にヨーロッパ大陸にも浸透していった。この過程で、スペイン人はチョコレートの苦味を打ち消すためにトウガラシの代わりに砂糖を入れるようになり、このやり方が他のヨーロッパの国々に伝わる際も引き継がれた。当初、チョコレートは薬として扱われたが、砂糖を入れることによって徐々に嗜好品へと姿を変えていった。17世紀中ごろにはイギリスに到達し、そのころ隆盛したコーヒー・ハウスにおいてもさかんに供された[25]。この時期には、チョコレートはヨーロッパの王侯貴族や富裕層にとって贅沢な飲み物として受け入れられていた。

19世紀にはいるまではチョコレートは飲み物であったが、19世紀に技術革新が次々と起こって現在のチョコレートの形が成立した。