なお、上記の焙炒法はニブロースト法と呼ばれるもので、ほかに豆を直接焙煎するビーンズロースト法や、磨砕を先に行ってできた液体を焙煎するカカオリカー法といった方法もある。カカオマスにココアバター、砂糖、ミルクなどを混合し、チョコレートドゥを作る

できたカカオマスにココアバター、砂糖、ミルクなどを混合し、チョコレートドゥと呼ばれるチョコレートの元を作る。このドゥをリファイナーにかけ、5段のローラーにかけて数十マイクロメートル単位にまで細かく砕く。ここで非常に細かくすることで、チョコレートの舌触りが滑らかなものとなる。しかし細かくしすぎるとかえって口どけが悪くなるため、細かな調整が必要である（後述）。磨砕が終わると、コンチェ（コンチングマシン）と呼ばれる攪拌機にて長時間かけて精錬する。精錬が終わると、テンパリング（予備結晶化）と呼ばれる温度調整を行ってチョコレートを安定させ、型に充填した後冷却して固め、包装した後エージング（熟成）を行って完全に安定させた後、チョコレートの完成となる。
チョコレートの風味
カカオ分・乳分の比率による風味の分類

類別名称として定められているチョコレートの種類に関しては、チョコレートの規格を参照のこと。ここでは一般的なチョコレートの風味による分類を記載する[8]。
ブラックチョコレート（ダークチョコレート）またはビターチョコレート
砂糖や粉乳の配合量が少ないため甘味が少なく、苦味が強いチョコレート。中には砂糖や粉乳をほとんど、もしくは全く含まないカカオ100%のものもある。
スイートチョコレート
粉乳を含まないチョコレート。
セミスイートチョコレート
粉乳が若干量配合されたチョコレート。ミルクチョコレートほど乳成分を含んでいないもの。
ミルクチョコレート
粉乳が配合されたチョコレート。
ハイミルクチョコレート
粉乳と、若干量の非脂肪カカオ分が配合されたチョコレート。
ホワイトチョコレート
粉乳が配合され、非脂肪カカオ分が含まれないチョコレート。カカオ分はココアバターのみである。焙炉で高温に熱し粘性を高めた「ブロンドチョコレート」も存在する。
ルビーチョコレート
「ルビーカカオ」と呼ばれる選りすぐりのカカオ豆の成分を使用したチョコレート。着色料未使用でカカオの赤色成分がそのまま表れている。
チョコレート飲料
チョコレート若しくはカカオ由来の原料（粉末ココアなど）を、乳製品や水と乳化させ、飲料用にしたもの。
カカオマスの種類による風味の分類未熟なものから熟したものまで、さまざまなカカオの実

コーヒーと同様、チョコレートもカカオマスの種類・産地・焙煎により、苦味、酸味、コク、香りなどのバランスが異なる。価格、風味の面を考慮して、複数の産地のカカオマスをブレンドして原料として用いることが一般的となっている。
フォラステロ種 Forastero
南米原産の栽培種であり産出量が多く安価。病害虫にも強く成長も早いため、現在の主力品種となっている。色は黄色で、苦味が強いのが特徴。現在では主に西アフリカ・南アジアで栽培されている。欧米ではコートジボワール産、日本ではガーナ産をベースビーンズとして使用することが多い。
アリバ種 Arriba
フォラステロの突然変異で派生した種。フォラステロ種の最高級種とされる。エクアドル原産。独特の渋みとジャスミンの花のような香りが特徴。
クリオロ種 Criollo
有史以前から存在するカカオ豆の原生種であり、マヤやアステカで使用されていたのもこの品種であるが、病害虫に弱く19世紀後半に壊滅状態となってフォラステロ種に取って代わられた。現在では稀少種。現存するほとんどの株はフォラステロとの交配部がある。色は赤や黄色で、苦味が少ないのが特徴。ベネズエラ、メキシコなどで栽培されている。
トリニタリオ種 Trinitario
トリニダード島原産、クリオロとフォラステロの交配種。栽培が容易で品質もよい。ラテンアメリカでフレーバービーンズとして広く栽培されている。
チョコレートの製法による風味

原料の混合率や、磨砕・精錬の方法などは生産者独自のノウハウがあり、同じ原材料を使用しても全く風味の異なるチョコレートに仕上がることがある。
磨砕工程

チョコレートは、製造時に概ね粒径約10 - 30μmに磨砕されるが、この粒径により完成したチョコレートの口溶けが変化する。粒径が大きいほど口溶けが早いが、大きすぎると口内に粒状感を生じ、ざらついた食感となる。粒径が小さいほど滑らかな食感となるが、小さすぎると口溶けが悪くなり、もたつき感を生ずる。また、粒径にあわせて固形分の表面積が変化するため、チョコレートに含有される油脂の量が同じでも、チョコレートの粘性や食感が異なるようになる。
精錬工程

チョコレートの製錬工程において、温度とチョコレートドゥ（精錬生地）の固さは製品の味を決める最も重要な条件である。精錬度の低いチョコレートは雑味が多く、使用する原料によっては特有の臭気を含んでいることがある。このためチョコレートとして望まれている風味を最適な状態で味わえるように精錬を行う。しかし、精錬の度合いが高すぎるとチョコレートの風味が消し飛んでしまう。
テンパリング（予備結晶化）

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作る時の温度も風味に非常に影響する。チョコレートに含まれるカカオバターの結晶にはI型からVI型までの6種類の型があり、融け出す温度は17℃（I型） - 34℃（VI型）の幅がある。同一の原材料であっても、型によって食感はまったく異なる。V型が最も美味しいともされる。

作る時の温度推移によって、それぞれの結晶の型の割合・率が変化し、食感・商品としてのランクが変わることになる[9]。ある段階では○○度、次に□□度、その次に△△度と、いくつかの時点で変化させることになり、各段階の温度の組み合わせの数は非常に多くなる。温度設定・設計は品質に関わる重要なノウハウであり、大手製造者[誰?]などでは企業秘密として扱っていることが多い。良いチョコレート作りを伝授する場面ではこれも伝える必要があるということになる。

カナダのチームは、V型に誘導できる最適なココアバターの添加物は、「飽和ホスファチジルコリン」と「ホスファチジルエタノールアミン」であることがわかった。これらをココアバターの0.1％ていどの割合で加え、20度まで急冷すると、V型の生成が加速、安定する。市販のチョコレートで実験すると、最適な微細構造と光沢を放つ表面、適度な硬さをもつチョコレートができた。2021年9月1日、イギリスの科学雑誌『Nature Communications』に掲載された[10]。
性質板チョコと溶けたチョコレート

固形チョコレートは油分に粉乳や砂糖などの粉末が分散している状態であり、水に不溶である。固形チョコレートを水分と乳化させた物は、ガナッシュ、生チョコレートと呼ばれる。

固形チョコレートは一般的に、熱に弱く溶けやすい。過度に冷却したもの、融解・再結晶化したもの、長期間保存したものなどには白い色がつくことがある。この白い部分をブルームといい、このような現象をブルーミング現象という。ブルームが生じたものを食べても問題はないが、風味や味は落ちる。ファットブルーム（fat bloom）は、チョコレートの油脂成分のうち融点の低い部分が融解して表面に浮出し、再結晶化したものである。シュガーブルーム（sugar bloom）は、冷却時などにチョコレートの表面に水分が付着した際チョコレートの砂糖が水分に溶解し、その水分が蒸発した時に砂糖が析出したものである。

保存は、15℃ - 17℃、湿度50%以下が好ましく、香りを吸収するのを防ぐために他の食べ物から遠ざけたりラップに包むなどする。
健康への利害

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（2022年11月）

カカオ分50％以上のダークチョコレートの健康へのプラスの効果を一貫して示している何十年にもわたる研究を考えると、定期的な摂取を推奨できる。ダークチョコレート（週に2?3回の30グラムサービング）を定期的に食べる人は、糖尿病、心臓病、脳卒中を発症するリスクが低いことがわかった。2,000人を超える参加者を対象とした研究では、チョコレートを多く食べると（週に2回まで）、冠状動脈プラークが少なくなった。