1660年12月に仮議会は解散、翌1661年4月23日にウェストミンスター寺院でチャールズ2世は正式に戴冠式を挙行、同じ日に戴冠式に先立ってウェストミンスター寺院に埋葬されていたクロムウェルの遺体は王殺しの罪で絞首刑に処されたのち、その首は晒しものとされた。5月8日に議会が召集され、「騎士議会」（1661年5月8日 - 1679年1月24日）と呼ばれる議会が治世の大半に開かれることになった[4]。
結婚

1661年の婚姻条約により、1662年、ポルトガルのブラガンサ王朝の初代国王となったジョアン4世の王女カタリナ（キャサリン・オブ・ブラガンザ）と結婚した。カタリナはインドのボンベイ（ムンバイ）や北アフリカのタンジールを持参金とした。このため、これらの領土はイングランド領となる。カタリナはカトリックでプロテスタントのイングランド国教会の儀式には参列しなかったので、イングランドでは人気がなかった。チャールズ2世との間に子は生まれなかったので、後継者は弟のヨーク公ジェームズと目されるようになった。

チャールズ2世には結婚前からシャティヨン公爵夫人イザベル・ド・アンジェリク、ルーシー・ウォルター、エリザベス・キリグリュー、キャサリン・ペッグ（英語版）、バーバラ・パーマーなど数多くの愛人があり、以後もネル・グウィン、ルイーズ・ケルアイユ、オルタンス・マンチーニ、フランセス・ステュアート、モル・デービスなど多くの愛人を持った。また、認知しただけでも14人の庶子があり、愛人及び彼女たちが産んだ庶子たちに大盤振る舞いの叙爵や屋敷をあてがい「陽気な王様（Merry Monarch）」の渾名を取った（ただし、庶子に王位継承権はなかった）[5]。

なお、あまりの艶福家だった王を見かねた殿医のドクター・コンドームが王のために牛の腸膜を使った避妊具を開発したのがコンドームの始まりというのは、広く普及した俗説で、そうした医師が存在したことを示す史料はなく、コンドームの原型もチャールズ2世の時代から約100年前に既に存在している。
治世
クラレンドン政権

チャールズ2世期のイングランド議会（騎士議会）は、王党派が主導権を終始握り続けた長期間にわたる体制下にあった。しかし、騎士議会はチャールズ2世を終始支持したものの、財政問題や対フランス外交を巡って国王と議会の間の意見対立が次第に深刻化して、後の名誉革命の遠因となった。また、議会とは別にクラレンドン伯が政権を取り仕切った。

1661年に議会は常備軍を解散させたが、国王警備など一定の範囲で存続と再軍備は認められ、連隊が次々と創設された。しかし宗教問題で議会は寛容を認めず、1661年から1665年にかけて非国教徒を弾圧する一連の法案（クラレンドン法典）が議会で可決され、1662年のチャールズ2世の信仰自由宣言も却下された。同年、財政上の必要から、1658年にフランス・スペイン戦争でイングランド領になったダンケルクを4万ポンドでフランスに売却した（ダンケルク売却）。

オランダとの間に第二次英蘭戦争（英語版）（1665年 - 1667年）が起こり、ブレダの和約によってオランダの北アメリカ植民地ニューアムステルダム（現在のニューヨーク州）がイングランド領となった。しかし、この戦争中にペストが流行したり（1665年）、ロンドン大火が発生し（1666年）、1667年にオランダ艦隊がロンドンに近いテムズ川やメドウェイ川河口に侵入して沿岸の町々を砲撃した（メドウェイ川襲撃）結果、財政は常に火の車であり、政府借入と返済のための炉税の徴収を巡って議会やシティとの紛糾が絶えなかった。
CABAL政権「Cabal」も参照

1667年に英蘭戦争と災害の責任を取らされクラレンドン伯が失脚しフランスへ亡命した後、5人の側近（クリフォード男爵、アーリントン伯、バッキンガム公、アントニー・シャフツベリ伯、ローダーデイル公）が政権を担った。彼らはその頭文字からキャバル政権（CABAL：陰謀を意味する）と呼ばれた。チャールズ2世は5人の上に立ち、政治を取り仕切ることを図った。

また、1667年に大蔵卿委員会（後の大蔵省）の委員にクリフォードとシャフツベリら5人が任命され、政府の支出監視と収入の改革を行い権限が強化され、余剰利得を接収するために徴税請負人を廃止して、中央による税の直接徴収を開始した。これによって税収は増加したものの、逆に税制の透明化が進んだことによって、歳入に対する官庁・議会のチェックが容易となり、結果的には議会による課税承認権を盾にした税制や財政への関与が進み、かえってチャールズ2世の思惑であった自立的な財政運用（財政的側面からの絶対王政確立）を不可能とする効果を生むことになった。大蔵卿委員会の台頭で筆頭格の第一大蔵卿の権威も大きくなり、後に第一大蔵卿が首相へと変化する先駆けにもなった。

1668年にはスウェーデン・オランダと対仏三国同盟を結び、ネーデルラント継承戦争でスペイン領ネーデルラントを侵略するフランスを阻んだが、これは貿易上の競争相手であるフランスの台頭を嫌う議会の要求によるもので、フランスで亡命生活を送り、親仏的思考の持ち主であったチャールズ2世の本意にはそぐわないものであった。オランダ占領を狙うフランス王ルイ14世は1670年5月22日、チャールズ2世とドーヴァーの密約を結び、22万5千ポンドの年金と引き換えにイングランドがフランス側に参戦するように求めた。ルイ14世が美貌のフランス娘ルイーズ・ケルアイユをロンドンの宮廷に送り込んだのも、この頃のことである。この秘密条約では、チャールズ2世や後継者ジェームズのカトリックへの改宗も約束している。同年9月には、三国同盟を締結した駐ハーグ大使ウィリアム・テンプルがイングランドへ召還された（1671年に正式に辞任を発表）。

1672年、フランス軍は仏蘭戦争を起こしてオランダに侵攻したが、オランダはオラニエ公ウィレム3世（チャールズ2世の甥）をオランダ総督に立て、オーストリアやスペインと同盟を結んだため、フランス軍は撤退した。チャールズ2世はこの戦争の初期に大艦隊を編成して第三次英蘭戦争（英語版）（1672年 - 1674年）に踏み切った。特に戦争中の1672年には、軍事関係以外の国庫支出の一時停止（事実上の財政破綻）を宣言したため、国内経済は大混乱に陥った。オランダのミヒール・デ・ロイテル提督にソールベイの海戦で敗れた上、1672年に発した信仰自由宣言を議会に非難され、翌1673年に戦費承認と引き換えに撤回、非国教徒を職から排除する審査法の承認も強いられた。戦争もスホーネヴェルトの海戦、テセル島の海戦でロイテルに連敗して継続が困難になり、1674年には貿易再開を主張する議会の反発によりオランダと和睦、戦争を切り上げるほかなくなった。
ダンビー伯政権

外交と内政の失敗でCABAL政権は足元が乱れ、チャールズ2世の親カトリック姿勢に反発したシャフツベリの離反や審査法の承認によるクリフォードの辞任などで内部分裂を引き起こしCABALは崩壊、1673年からはダンビー伯トマス・オズボーンがCABALに代わった。1677年にはダンビー伯の勧めにより、議会の信用を回復すべく一転してウィレム3世に姪のメアリーを嫁がせてオランダと結んだが、定まらない外交姿勢と非国教徒及びカトリックへの寛容から生じた国民の不信感は消えなかった。