古くはツル目やハト目と近縁だとする説もあった[8]。
亜目と科

チドリ目は系統的に3亜目に分かれる[9][1][10][11]。

科は国際鳥類学会議 (IOC)[12]の分類では19科約390種が属す。かつてツル目ミフウズラ亜目に分類されていた2科18種を含む。チドリ科、シギ科、カモメ科の3科にチドリ目の約7割の種が属する。
チドリ亜目 Charadrii

イシチドリ科 Burhinidae - 10種

サヤハシチドリ科 Chionidae (Chionididae) - 2種

マゼランチドリ科 Pluvianellidae - 1種 （チドリ科から分離された）

ミヤコドリ科 Haematopodidae - 12種

トキハシゲリ科 Ibidorhynchidae - 1種

セイタカシギ科 Recurvirostridae - 10種

チドリ科 Charadriidae - 67種 （ムナグロ科 Pluvialidae を分離する説が出ている[13]）

ナイルチドリ科 Pluvianidae - 1種 （ツバメチドリ科から分離された）

シギ亜目 Scolopaci

タマシギ科 Rostratulidae - 3種

レンカク科 Jacanidae - 8種

クビワミフウズラ科 Pedionomidae - 1種 （ツル目から移された）

ヒバリチドリ科 Thinocoridae - 4種

シギ科 Scolopacidae - 96種 （ヒレアシシギ科 Phalaropodidae, Phalaropidae を分離する説があったが系統的には否定された）

カモメ亜目 Lari

ミフウズラ科 Turnicidae - 17種 （ツル目から移された）

カニチドリ科 Dromadidae - 1種

ツバメチドリ科 Glareolidae - 17種

カモメ科 Laridae - 102種 （ハサミアジサシ科 Rynchopidae と アジサシ科 Sternidae を分離することがあったが系統的には否定された）

トウゾクカモメ科 Stercorariidae - 7種

ウミスズメ科 Alcidae - 25種

他の分類

科はIOCの分類で表す。
6亜目

3亜目をそれぞれ姉妹群となる2亜目ずつに分割し6亜目とする説もある[14]。
サヤハシチドリ亜目 Chionidi
イシチドリ科、サヤハシチドリ科、マゼランチドリ科
チドリ亜目 Charadrii
ミヤコドリ科、トキハシゲリ科、セイタカシギ科、チドリ科、ナイルチドリ科
ヒバリチドリ亜目 Thinocori
タマシギ科、レンカク科、クビワミフウズラ科、ヒバリチドリ科
シギ亜目 Scolopaci
シギ科 Scolopacidae
ミフウズラ亜目 Turnici
ミフウズラ科
カモメ亜目 Lari
カニチドリ科、ツバメチドリ科、カモメ科、トウゾクカモメ科、ウミスズメ科
旧3亜目

伝統的にチドリ目は、現在とは異なる3亜目に分けられていた[15]。また、2科はツル目に分類されていた。しかしこれらの分類は系統的ではない。

科は現在の科で示す。
チドリ亜目 Charadrii
以下の科以外の全て
カモメ亜目 Lari
カモメ科、トウゾクカモメ科
ウミスズメ亜目 Alcae
ウミスズメ科
ツル目ミフウズラ亜目 Turnices
ミフウズラ科、クビワミフウズラ科
Sibley & Ahlquist

Sibley & Ahlquist (1990) では、コウノトリ目チドリ亜目チドリ下目 Charadriides が、ほぼ現在のチドリ目にあたる。ただし彼らのチドリ下目は、クビワミフウズラ科も含んでいたが、ミフウズラ科はミフウズラ目として独立していた。

チドリ亜目は2小目に別れ、シギ小目 Scolopacida は現在のシギ亜目、チドリ小目 Charadriida はチドリ亜目+カモメ亜目（ただしミフウズラ科を除く）にあたる。