科はIOCの分類で表す。 3亜目をそれぞれ姉妹群となる2亜目ずつに分割し6亜目とする説もある[14]。 伝統的にチドリ目は、現在とは異なる3亜目に分けられていた[15]。また、2科はツル目に分類されていた。しかしこれらの分類は系統的ではない。 科は現在の科で示す。 Sibley & Ahlquist (1990) では、コウノトリ目チドリ亜目チドリ下目 Charadriides が、ほぼ現在のチドリ目にあたる。ただし彼らのチドリ下目は、クビワミフウズラ科も含んでいたが、ミフウズラ科はミフウズラ目として独立していた。 チドリ亜目は2小目に別れ、シギ小目 Scolopacida は現在のシギ亜目、チドリ小目 Charadriida はチドリ亜目+カモメ亜目(ただしミフウズラ科を除く)にあたる。ただし実際は、シギ小目は単系統だが、チドリ小目は(ミフウズラ科を含まないことを別にしても)単系統ではなく側系統である。
6亜目
サヤハシチドリ亜目 Chionidi
イシチドリ科、サヤハシチドリ科、マゼランチドリ科
チドリ亜目 Charadrii
ミヤコドリ科、トキハシゲリ科、セイタカシギ科、チドリ科、ナイルチドリ科
ヒバリチドリ亜目 Thinocori
タマシギ科、レンカク科、クビワミフウズラ科、ヒバリチドリ科
シギ亜目 Scolopaci
シギ科 Scolopacidae
ミフウズラ亜目 Turnici
ミフウズラ科
カモメ亜目 Lari
カニチドリ科、ツバメチドリ科、カモメ科、トウゾクカモメ科、ウミスズメ科
旧3亜目
チドリ亜目 Charadrii
以下の科以外の全て
カモメ亜目 Lari
カモメ科、トウゾクカモメ科
ウミスズメ亜目 Alcae
ウミスズメ科
ツル目ミフウズラ亜目 Turnices
ミフウズラ科、クビワミフウズラ科
Sibley & Ahlquist
出典[脚注の使い方]^ a b Baker, Allan J.; Pereira, Sergio L.; Paton, Tara A. (2007), ⇒“Phylogenetic relationships and divergence times of Charadriiformes genera: multigene evidence for the Cretaceous origin of at least 14 clades of shorebirds”, Biol Lett. 3 (2): 205?209, ⇒http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2375939/