科はIOCの分類で表す。
6亜目

3亜目をそれぞれ姉妹群となる2亜目ずつに分割し6亜目とする説もある[14]。
サヤハシチドリ亜目 Chionidi
イシチドリ科、サヤハシチドリ科、マゼランチドリ科
チドリ亜目 Charadrii
ミヤコドリ科、トキハシゲリ科、セイタカシギ科、チドリ科、ナイルチドリ科
ヒバリチドリ亜目 Thinocori
タマシギ科、レンカク科、クビワミフウズラ科、ヒバリチドリ科
シギ亜目 Scolopaci
シギ科 Scolopacidae
ミフウズラ亜目 Turnici
ミフウズラ科
カモメ亜目 Lari
カニチドリ科、ツバメチドリ科、カモメ科、トウゾクカモメ科、ウミスズメ科
旧3亜目

伝統的にチドリ目は、現在とは異なる3亜目に分けられていた[15]。また、2科はツル目に分類されていた。しかしこれらの分類は系統的ではない。

科は現在の科で示す。
チドリ亜目 Charadrii
以下の科以外の全て
カモメ亜目 Lari
カモメ科、トウゾクカモメ科
ウミスズメ亜目 Alcae
ウミスズメ科
ツル目ミフウズラ亜目 Turnices
ミフウズラ科、クビワミフウズラ科
Sibley & Ahlquist

Sibley & Ahlquist (1990) では、コウノトリ目チドリ亜目チドリ下目 Charadriides が、ほぼ現在のチドリ目にあたる。ただし彼らのチドリ下目は、クビワミフウズラ科も含んでいたが、ミフウズラ科はミフウズラ目として独立していた。

チドリ亜目は2小目に別れ、シギ小目 Scolopacida は現在のシギ亜目、チドリ小目 Charadriida はチドリ亜目+カモメ亜目（ただしミフウズラ科を除く）にあたる。ただし実際は、シギ小目は単系統だが、チドリ小目は（ミフウズラ科を含まないことを別にしても）単系統ではなく側系統である。
出典[脚注の使い方]^ a b Baker, Allan J.; Pereira, Sergio L.; Paton, Tara A. (2007), ⇒“Phylogenetic relationships and divergence times of Charadriiformes genera: multigene evidence for the Cretaceous origin of at least 14 clades of shorebirds”, Biol Lett. 3 (2): 205?209, ⇒http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2375939/ 
^ Odeen, Anders; Hastad, Olle; Alstrom, Per (2010), “Evolution of ultraviolet vision in shorebirds (Charadriiformes)”, Biol. Lett. 6: 370?374, doi:10.1098/rsbl.2009.0877 
^ Pereira, Sergio L.; Baker, Allan J. (2010), ⇒“The enigmatic monotypic crab plover Dromas ardeola is closely related to pratincoles and coursers (Aves, Charadriiformes, Glareolidae)”, Genetics and Molecular Biology 33 (3): 583-586, ⇒http://www.scielo.br/pdf/gmb/v33n3/33.pdf 
^ Ericson, Per G.P.; et al. (2006), ⇒“Diversification of Neoaves: integration of molecular sequence data and fossils”, Biol. Lett. 2: 543-547, ⇒http://www.cajsalisa.net/pdf/neoaves.pdf