「『レクイエム・フォー・ドリーム』はヘロインやドラッグについてのものではない。ハリー、タイロン、マリオンの話はとても伝統的なヘロインの話である。だが、それはサラの話の脇に置いた。我々は突然「なんてことだ、ドラッグとはなんだ？」と言う。これと同じモノローグが、薬、タバコでもやめようとする時、または20ポンド痩せられるから食べないようにしようとする時に頭をよぎるというこのアイデアは、私を本当に魅惑した。このアイデアは映画で見たことがなかったし、私が劇場に持ち込みたかった[89]。

友人のAri Handelとともに『ファウンテン』の脚本を書いた。1999年、アロノフスキーは『マトリックス』が映画のSFジャンルを再定義したと思った。彼はSF映画を作るために、『マトリックス』や『スター・ウォーズ』、『2001年宇宙の旅』がやったように、新たな領域を探した。彼は技術や化学を駆使したプロットでSF映画を越えたかった[34]。

トロント国際映画祭でJames Rocchiにインタビューを受けた際、アロノフスキーは1957年のチャールズ・ミンガスの曲The Clownが『レスラー』の強い影響元となったことを明かしている。民衆に流血への欲求があることを発見し、ついに上演中に自殺したclownについての音楽の詩が、映画を手助けするピースとなった[90]。

アロノフスキーは『ブラック・スワン』を『レスラー』の姉妹編と呼んだ。レスラーとバレリーナの間の恋愛に関する初期のプロジェクトの一つが基となったため。結局「一つの映画には収まらない」と、レスラーとバレエの世界にわけた。彼は２つの映画を比較して「レスリングは最も低俗な芸術と思われている、もしまだ芸術と呼ぶならだけど、そしてバレエは最も高潔な芸術と思われている。けど私を驚かせたのは、どちらの世界の演者も似通っていることだ。彼らは表現をするために自分の体を信じられない使い方をする」[59]。心理スリラー『ブラック・スワン』について、女優ナタリー・ポートマンは1968年のロマン・ポランスキーの映画『ローズマリーの赤ちゃん』と比較しており[91]、アロノフスキーはポランスキーの『反撥』と『テナント/恐怖を借りた男』が「大きな影響」となったと言っている[59]。俳優ヴァンサン・カッセルもポランスキーの初期の映画と比較しており、デヴィッド・クローネンバーグの初期作品にも影響を受けているとコメントしている[92]。
論争アロノフスキーは『ブラック・スワン』でのポートマンのダンスを、映画でのほとんどのダンスを演じたと言って守った。

アロノフスキーの映画のいくつかの面で議論をよんできた。最も著しいのが『レクイエム・フォー・ドリーム』『レスラー』、特に『ブラック・スワン』である。『レクイエム』はもとは2000年に発売される予定だったが、アメリカで議論が起こり、セックスシーンのためにアメリカ映画協会からNC-17にレーティングされた[93]。アロノフスキーがレイティングを要望し、映画のどの箇所もカットされてはメッセージが薄まってしまうと要求した。この要求は拒否され、職工はレイティングせずに売り出すことを決定した[94] 。

イラン国旗のついたポールをミッキー・ロークが膝で2つに割るシーンに反応して、『レスラー』は「反イラン的」映画と、多くのイランの新聞やウェブサイトで批難された[95]。