「『レクイエム・フォー・ドリーム』はヘロインやドラッグについてのものではない。ハリー、タイロン、マリオンの話はとても伝統的なヘロインの話である。だが、それはサラの話の脇に置いた。我々は突然「なんてことだ、ドラッグとはなんだ？」と言う。これと同じモノローグが、薬、タバコでもやめようとする時、または20ポンド痩せられるから食べないようにしようとする時に頭をよぎるというこのアイデアは、私を本当に魅惑した。このアイデアは映画で見たことがなかったし、私が劇場に持ち込みたかった[89]。

友人のAri Handelとともに『ファウンテン』の脚本を書いた。1999年、アロノフスキーは『マトリックス』が映画のSFジャンルを再定義したと思った。彼はSF映画を作るために、『マトリックス』や『スター・ウォーズ』、『2001年宇宙の旅』がやったように、新たな領域を探した。彼は技術や化学を駆使したプロットでSF映画を越えたかった[34]。

トロント国際映画祭でJames Rocchiにインタビューを受けた際、アロノフスキーは1957年のチャールズ・ミンガスの曲The Clownが『レスラー』の強い影響元となったことを明かしている。民衆に流血への欲求があることを発見し、ついに上演中に自殺したclownについての音楽の詩が、映画を手助けするピースとなった[90]。

アロノフスキーは『ブラック・スワン』を『レスラー』の姉妹編と呼んだ。レスラーとバレリーナの間の恋愛に関する初期のプロジェクトの一つが基となったため。結局「一つの映画には収まらない」と、レスラーとバレエの世界にわけた。彼は２つの映画を比較して「レスリングは最も低俗な芸術と思われている、もしまだ芸術と呼ぶならだけど、そしてバレエは最も高潔な芸術と思われている。けど私を驚かせたのは、どちらの世界の演者も似通っていることだ。彼らは表現をするために自分の体を信じられない使い方をする」[59]。心理スリラー『ブラック・スワン』について、女優ナタリー・ポートマンは1968年のロマン・ポランスキーの映画『ローズマリーの赤ちゃん』と比較しており[91]、アロノフスキーはポランスキーの『反撥』と『テナント/恐怖を借りた男』が「大きな影響」となったと言っている[59]。俳優ヴァンサン・カッセルもポランスキーの初期の映画と比較しており、デヴィッド・クローネンバーグの初期作品にも影響を受けているとコメントしている[92]。
論争アロノフスキーは『ブラック・スワン』でのポートマンのダンスを、映画でのほとんどのダンスを演じたと言って守った。

アロノフスキーの映画のいくつかの面で議論をよんできた。最も著しいのが『レクイエム・フォー・ドリーム』『レスラー』、特に『ブラック・スワン』である。『レクイエム』はもとは2000年に発売される予定だったが、アメリカで議論が起こり、セックスシーンのためにアメリカ映画協会からNC-17にレーティングされた[93]。アロノフスキーがレイティングを要望し、映画のどの箇所もカットされてはメッセージが薄まってしまうと要求した。この要求は拒否され、職工はレイティングせずに売り出すことを決定した[94] 。

イラン国旗のついたポールをミッキー・ロークが膝で2つに割るシーンに反応して、『レスラー』は「反イラン的」映画と、多くのイランの新聞やウェブサイトで批難された[95]。国営のイラン紙Borna Newsも、ヒール（悪役）のレスラーの性格を批難した。悪役として描かれ、彼はアラブの洋服（クーフィーヤやBisht）を着ており、新聞によれば、観客にイラン人とアラブを関係づけようとしているという[95]。リングでは、彼はイラン国旗とAlephの模様の貧弱なレオタードを着ており、アーヤトッラーの言葉の最初の文を表している[95]。

おそらくイランの聖職者の統治者を怒らせるのを防ぐために、イランの新聞は正確について言及するのを避けた[95]。2009年3月、Javad Shamaqdari（イランの大統領マフムード・アフマディーネジャードの文化アドバイザー）は、映画芸術科学アカデミーの代表者や、イランを訪れていた俳優やプロデューサーに対して、『レスラー』やその他ハリウッド映画でのイスラム共和圏の否定的、不公平な描写について謝罪を求めた[96]。

だれが『ブラック・スワン』でのポートマンやその他ダンサーの40ものバレエコスチュームのデザインを手がけたのかが、映画に関連して論議を起こした[97]。メディアはボディダブル問題（映画のダンスはどのくらいポートマンがやっているのか、ポートマンに対して何人の替え玉が登場しているのか、アメリカン・バレエ・シアターのソロリストSarah Laneなど）といった実のある報道をした[98]。Laneは思われている以上にダンスをしたと主張した。監督とFox SearchlightはLaneの主張に反論した。彼らの公式声明は「我々はSarahのおかげでより困難なダンスシーンを撮れたのは幸運で、彼女のした仕事に称賛しないわけはない。しかしながら、ナタリーはこの映画ではほとんど彼女自身がダンスした」[99]。

アロノフスキーはエンターテインメント・ウィークリーのインタビューでこう発言している。「私は編集者にカットを数えさせた。映画には139のダンスシーンがあった。111はナタリー・ポートマンで、手はつけてない。28は彼女のボディダブルのSarah Laneだ。もし数学がわかれば、80%はナタリー・ポートマンだ。時間はどうだろう。ダブルを使ったショットは幅の広いショットで、1秒よりも長いことはめったにない。2つ難しい長いダンスシーンがあって、顔を入れ替えた。それでも、時間でもし決めたとしても、90%はナタリー・ポートマンだろう。より明確に言えば、ナタリーはダンスをトウシューズでポワントでやってのけた。もしプロローグの最後の85秒のショットを見たら、ナタリーが完全にダンスして、ポワントでシーンを終えている。デジタルマジックなしに、完全に彼女だ」[100]
私生活

アロノフスキーは2001年の夏にイギリスの女優レイチェル・ワイズと交際をはじめ、2005年に婚約した[101]。彼らの息子ヘンリー・チャンスは2006年5月31日にニューヨーク市に生まれた[2][102]。マンハッタンのイースト・ヴィレッジに住んだ。2010年10月、ワイズとアロノフスキーは数ヶ月ほど別居していたことを公表したが、親友であり続け、ニューヨークで息子を共に育て上げると約束した[103]。これは当時、ワイズは映画撮影で親しくなったイギリスを代表する大物俳優のダニエル・クレイグとの交際がマスコミに発覚し、大々的に報道されたことを受けた発表であり、このスキャンダルによりアロノフスキーとの事実婚は解消され、その翌年人気スター同士のクレイグとワイズのビッグカップルの電撃結婚は世間の話題をさらった。