各州に州知事や州軍事司令官やイスラム法廷を置き、各郡にも郡長や郡軍事司令官を置いている[58]。なお、州知事と州軍事司令官は軍事委員会から任命される[59]。

アフガニスタン紛争中の2012年、中東のカタールに対外窓口として機能する「外交交渉のための政治事務所（英語版）」を設置した[60]。

上記の各機関に属する役人は、それぞれの役割を担う専門職集団から形成するものとされている。専門家集団は、イスラムに対する揺るぎない信仰・清廉・有能を兼ね備えなければならない。信仰心及び清廉さと能力が背反する場合、信仰心と清廉さが優先される。これらは、「篤信を欠く専門職は行政を腐敗させ、能力を欠く敬虔は行政を弱体化させる」「無能ではあるが敬虔なる者は行政の役割を果たせないだけだが、有能な悪人は多大なる害悪をもたらす」といったターリバーンの考えに基づいている[61]。ターリバーンの政治事務所の長だったアブドゥル・ガニ・バラダル[62]

国際連合によるとタリバンの総数は約6万5000人から20万人以上である[58]。2021年の攻勢において傘下の戦闘員は10万人とも報道されている[63]。パシュトゥーン人だけでなくタジク人やウズベク人、トルクメン人なども居り、指導部も多様な人種により構成されている[58]。

派閥としてはアフガニスタン東部のペシャーワル派、北東部のバダフシャーン派、西部のマシュハド派などがある[58]。また最強硬派としてハッカーニ・ネットワーク、反主流派としてアフガニスタン・イスラム首長国高等評議会（HCIEA）などがあると言われている[58]。しかし、ハッカーニ・ネットワークのトップとされてきたシラジュディン・ハッカーニは「イスラムの敵による偽情報戦の一部」と発言し、派閥の存在を否定している[64]。HCIEAはマンスール師の第2代最高指導者への就任に反対し、ターリバーン内で反乱を起こしたグループであるが、実質的な中心人物となったアブドゥル・マナン・ニアジが戦死し、息子のハーリド・ニアジがアクンザダ師に忠誠を誓ったため事実上崩壊している。
幹部
歴代の最高指導者

代名前在任期間
1ムハンマド・オマル1994年 - 2013年4月30日
2アフタル・ムハンマド・マンスール2013年4月30日？ - 2016年5月20日？ [65]
3ハイバトゥラー・アクンザダ2016年5月25日 - 現職[66]

2001年当時のターリバーン政権の主要幹部

各省庁の長である大臣（相）は、管轄する省庁の分野に見識のある者ではなく、内戦で立てた武勲や首長であるムハンマド・オマルへの忠誠心の強さに基づき配属されるケースが多かった。

元首

首長 - ムッラー・ムハンマド・オマル（2013年4月に死亡）

内閣

1996年9月27日発足。2000年3月、8月内閣改造

統治評議会議長（首相） - ムハンマド・ラッバーニー（英語版）（政権崩壊前の2001年4月に病死）

統治評議会第一副議長（第一副首相） - ハッサン・アフンド

統治評議会第二副議長（第二副首相） - アブドゥル・カビール（英語版）（議長の死去後、2001年11月の政権崩壊まで議長職を代行）

外相 - アブドゥル＝ワキール・アフマド・ムタワッキル

内相 - アブドゥル＝ラザン・アフンド

財務相 - アブドゥル＝ワサイ・アガジャン・モタセム

教育相 - アミール・ハーン・ムッタキー

国防相 - ムッラー・ハッジ・ウバイドゥッラー・アフンド

勧善懲悪相 - ムハンマド・ワーリ

航空・観光相 - アフタル・ムハンマド・マンスール（2010年にターリバーンのナンバー2に就任、2015年7月に最高指導者に就任。2016年5月死亡）

通信・労働相 - アフマドゥッラー・モティ

情報・文化相 - クトラドゥッラー・ジャマール

保健相 - ムッラー・ムハンマド・アッバース・アフンド

司法相 - ムッラー・ヌールディン・トゥラビ

軽工業相・食糧相 - ハムドラ・ザーヒド

鉱工業相 - ムハンマド・イーサー・アフンド

農業・動物管理相 - アブドゥル＝ラティーフ・マンスール

巡礼寄進相 - サイード・ギアスディン・アガー

計画相 - サドルッディーン・サイード

貿易相 - アブドゥル・ラッザーク

難民相 - アブドゥル・ラキブ

国境・部族問題相 - ジャラールッディーン・ハッカーニー（英語版）

兵站相 - ヤル・ムハンマド

保安相 - ムハンマド・ファーズィル