1994年にアフガン内戦の有力な派閥の一つとして登場し[19]、伝統的なイスラム教の学校で教育を受け、ソ連・アフガン戦争で戦ったアフガニスタン東部・南部のパシュトゥーン地域の学生（ターリブ）を中心に構成されていた[20][21]。ムハンマド・オマルによる指導の下、この運動はアフガニスタンの大部分に広がり、抗争に明け暮れていたムジャーヒディーンの軍閥から権力を奪っていった。

1996年にはアフガニスタン・イスラム首長国を建国し、実質的な首都機能をカンダハールに移した。2001年9月のアメリカ同時多発テロ事件を受けて同年12月にアメリカ合衆国がアフガニスタンに侵攻して来るまでの間、ターリバーンは国内のおよそ4分の3の地域を支配していた[22]。最盛期には、パキスタン、サウジアラビア、アラブ首長国連邦の3カ国のみがターリバーン政権を正式に認めていた。その後、ターリバーンは反政府運動として再編成され、アメリカの支援を受けたカルザイ政権や北大西洋条約機構（NATO）主導の国際治安支援部隊（ISAF）とアフガニスタン紛争で戦った。

ターリバーン政権は、シャリーア（イスラム法）の厳格な法解釈を施行してきたので、いわゆる西側のキリスト教的・自称「民主主義」的価値観を持つ者たちからは「自国民への人権侵害を行った」と、非難されることがある[23]。1996年から2001年までの統治期間中、ターリバーンとその同盟組織はアフガニスタンの民間人に対して「虐殺」を行い、16万人の飢えた民間人に対する国際連合の食糧供給を拒否し、広範囲の肥沃な土地を焼き、何万もの家屋を破壊する焦土作戦を行ったという[24][25][26][27][28][29]。また、凧揚げや鳥類飼育などの一部の趣味活動を禁止し、宗教的・民族的少数派を差別した。国連によると、アフガニスタンの民間人犠牲者の76％（2010年）、80％（2011年）、80％（2012年）がターリバーンとその同盟組織によるものであるという[30][31][32][33][34][35]。ターリバーンは護教政策（西側で言うところの「文化浄化」政策）にも熱心で、バーミヤン渓谷の文化的景観と古代遺跡群を含むいくつかの史跡を破壊してきた[36][37][38][39]。その厳格な法解釈と適用からターリバーンによる政治が教条的あるいは強権支配のように受け止められることがある。とはいえ、腐敗が少なく、最初の政権時に治安を安定させた実績もあって、アフガニスタンではその政治姿勢を支持する者も多い。

パキスタンの軍統合情報局（ISI）と軍部は、ターリバーンの創設時と政権を握っていた時期に支援を行っていたこと、そして反乱期にも支援を続けていたことが一般に推測されているが、パキスタンは2001年のアメリカ同時多発テロ事件後、同グループへの支援を全て取り止めたと主張している[40][41][42][43][44][45]。2001年には、アルカーイダのリーダーであるウサーマ・ビン・ラーディンの指揮下にある2,500人のアラブ人がターリバーンのために戦ったと言われている[46]。

2021年5月に攻勢を開始し、同年8月15日にはアフガニスタン全土を支配下に置いたと宣言[47]。ガニー政権側もアブドゥル・サタール・ミルザクワル内務相代行が平和裏に権力の移行を進めると表明した[48]。