派閥としてはアフガニスタン東部のペシャーワル派、北東部のバダフシャーン派、西部のマシュハド派などがある[58]。また最強硬派としてハッカーニ・ネットワーク、反主流派としてアフガニスタン・イスラム首長国高等評議会（HCIEA）などがあると言われている[58]。しかし、ハッカーニ・ネットワークのトップとされてきたシラジュディン・ハッカーニは「イスラムの敵による偽情報戦の一部」と発言し、派閥の存在を否定している[64]。HCIEAはマンスール師の第2代最高指導者への就任に反対し、ターリバーン内で反乱を起こしたグループであるが、実質的な中心人物となったアブドゥル・マナン・ニアジが戦死し、息子のハーリド・ニアジがアクンザダ師に忠誠を誓ったため事実上崩壊している。
幹部
歴代の最高指導者

代名前在任期間
1ムハンマド・オマル1994年 - 2013年4月30日
2アフタル・ムハンマド・マンスール2013年4月30日？ - 2016年5月20日？ [65]
3ハイバトゥラー・アクンザダ2016年5月25日 - 現職[66]

2001年当時のターリバーン政権の主要幹部

各省庁の長である大臣（相）は、管轄する省庁の分野に見識のある者ではなく、内戦で立てた武勲や首長であるムハンマド・オマルへの忠誠心の強さに基づき配属されるケースが多かった。

元首

首長 - ムッラー・ムハンマド・オマル（2013年4月に死亡）

内閣

1996年9月27日発足。2000年3月、8月内閣改造

統治評議会議長（首相） - ムハンマド・ラッバーニー（英語版）（政権崩壊前の2001年4月に病死）

統治評議会第一副議長（第一副首相） - ハッサン・アフンド

統治評議会第二副議長（第二副首相） - アブドゥル・カビール（英語版）（議長の死去後、2001年11月の政権崩壊まで議長職を代行）

外相 - アブドゥル＝ワキール・アフマド・ムタワッキル

内相 - アブドゥル＝ラザン・アフンド

財務相 - アブドゥル＝ワサイ・アガジャン・モタセム

教育相 - アミール・ハーン・ムッタキー

国防相 - ムッラー・ハッジ・ウバイドゥッラー・アフンド

勧善懲悪相 - ムハンマド・ワーリ

航空・観光相 - アフタル・ムハンマド・マンスール（2010年にターリバーンのナンバー2に就任、2015年7月に最高指導者に就任。2016年5月死亡）

通信・労働相 - アフマドゥッラー・モティ

情報・文化相 - クトラドゥッラー・ジャマール

保健相 - ムッラー・ムハンマド・アッバース・アフンド

司法相 - ムッラー・ヌールディン・トゥラビ

軽工業相・食糧相 - ハムドラ・ザーヒド

鉱工業相 - ムハンマド・イーサー・アフンド

農業・動物管理相 - アブドゥル＝ラティーフ・マンスール

巡礼寄進相 - サイード・ギアスディン・アガー

計画相 - サドルッディーン・サイード

貿易相 - アブドゥル・ラッザーク

難民相 - アブドゥル・ラキブ

国境・部族問題相 - ジャラールッディーン・ハッカーニー（英語版）

兵站相 - ヤル・ムハンマド

保安相 - ムハンマド・ファーズィル

高等教育相 - カリ・ディーン・ムハンマド

その他主要幹部

治安担当内務次官 - アブドゥル＝サマード・ハクサル

中央軍司令官 - ムラー・アブドゥル・ラウフ

情報文化次官 - アブドゥル＝ラフマーン・ハタック

国防次官 - アブドゥル・ガニ・バラダル

最高裁判所長官 - ヌールー・ムハンマド・サキーブ

アフガニスタン中央銀行総裁 - ムッラー・ハッジ・アフマディー

駐国際連合使節[注釈 1] - アブドゥル＝ハキーム・ムジャーヒド

欧州連合代表 - ラフマトゥッラー・サフィ

駐パキスタン大使 - アブドゥル＝サラーム・ザイーフ

アフガニスタン赤新月社総裁 - マウラヴィ・エスマトゥッラー・アセム

アフガニスタン・オリンピック委員会委員長 - マウラヴィ・カラムッディン

2021年のタリバーン暫定政権の主要幹部[67]

2021年9月7日発表・9月21日追加発表・10月4日追加発表

首相代行 - ムッラー・ムハンマド・ハッサン・アフンド（元・第一副首相、創設メンバー）

第一副首相代行 - ムッラー・アブドゥル・ガニ・バラダル（副指導者、創設メンバー、元・国防副大臣）

第二副首相代行 -　マウラウィー・アブドゥル・サラム・ハナフィー（ウズベク人聖職者、元・教育副大臣）

第三副首相代行 -　アブドゥル・カビール（元・首相代行・第二副首相）

国防大臣代行 - ムッラー・ムハンマド・ヤクーブ（副指導者、ムハンマド・オマルの子）

内務大臣代行 - シラジュディン・ハッカーニ（副指導者、ジャラールッディーン・ハッカニの子）