紀元前2000年から紀元前1000年にかけて、アーリア系のスキタイという遊牧民部族がユーラシア・ステップの草原から中央アジアに移住し、オアシス地方で独自の文化を作り上げていた。

現在のタジキスタンの領土に相当する地域は、古代より最盛期のアケメネス朝ペルシア帝国の東部辺境としてギリシア世界に知られ、様々な民族の往来・侵入・支配を受けつつも果敢に反撃。パミール高原を境とする中国、インド、アフガニスタン、イラン、中東の結節点としての「文明の十字路」たる地位を確立してきた。反撃の過程ではスピタメネス（タジク語では「スピタメン」）を輩出した。同時に山岳地域は被征服民族の「落武者の隠れ里」として、各地のタジク語諸方言だけでなく、ヤグノビ語、シュグニー語、ルシャン語（英語版）、ワヒ語などのパミール諸語を話す民族を今日まで存続させてきた。サーマーン朝のイスマーイール・サーマーニー廟

7世紀のイスラーム教徒のペルシア征服の後、8世紀に西方からアラブ人が到来し、イラン系の言語を話していたこの地域の住民たちの多くはイスラム教を信奉するようになり、9世紀には現在のタジキスタンからウズベキスタンにかけての地域で、土着のイラン系領主がブハラを首都にサーマーン王朝を立てた。しかし、サーマーン朝は同地域でのタジク系最後の独立王朝となる。やがてテュルク民族が到来すると、タジキスタンとウズベキスタン、アフガニスタン、イランなどにかけて広く居住するイラン系の言語を話すムスリム（イスラム教徒）定住民たちは都市部においては侵入してきたテュルク語系諸民族と混住し、テュルク系言語とイラン系言語のバイリンガルが一般的となった。双方の民族とも民族としてのアイデンティティは低く、たとえば「タジク」という呼称よりも、出身地により自らを「サマルカンド人」や「ブハラ人」などと呼ぶなど、出身都市や集落に自己のアイデンティティを求めることが多かったようである。

16世紀にはタジクたちの中心地域であるマー・ワラー・アンナフル（ウズベキスタン中央部からタジキスタン北西部）に、ヴォルガ川流域で強大になったウズベク人（シャイバニ・ウズベク族）が侵入し、ウズベク族の建てたブハラ・ハン国の支配下に入る。

アングロ・ペルシア戦争（英語版）（1856年 - 1857年）後にパリ条約が締結されると、ガージャール朝がヘラートから手を引いた。19世紀にロシア帝国では軽工業を基幹とする産業革命が進行していたが、1860年代前半にアメリカ合衆国で勃発した南北戦争の影響から、それまでアメリカ合衆国南部で奴隷制プランテーション農業によって生産されていた綿花の値段が上昇したため綿花原料の確保が困難となり、ロシア帝国では「安い綿原料の確保」ばかりでなく、「大英帝国による中央アジアの植民地化阻止」および「平原を国境とすることの危険性」といった観点から、中央アジアへの南進および領土編入・保護国化が進められ（グレート・ゲーム）、1868年にブハラ・ハン国はロシアの保護国となった。
20世紀以降ブハラ人民ソビエト共和国の国旗

20世紀初頭のオスマン帝国は1904年から1905年にかけての日露戦争での日本の活躍をほとんど注目しておらず、むしろロシアと敵対関係にあったブハラ・ハン国の政府に支援されたブハラからの留学生が留学先のドイツ帝国の首都ベルリンでロシアが日本に敗れたことを知り、ブハラ・ハン国とその同盟国たるオスマン帝国に知らせている[要出典]。その留学生らは、日本の近代化の原動力を明治維新だと知ると、同じような自由主義革命の気運がガージャール朝ペルシア（1906年から始まったイラン立憲革命）やオスマン帝国（1908年から始まった青年トルコ人革命）に拡大した。しかし、ロシアの力があまりに強大だったウラル山脈地域や中央アジアでは、社会主義革命に民族自決のための希望を見出した。

ロシア革命の影響を受けたブハラ青年らは保守的なブハラ・ハン国を倒壊し、1920年にブハラ人民ソビエト共和国を打ち立てた。しかし、1924年、ソビエト政府は中央アジアの各自治共和国を民族別の共和国に分割統治再編する「民族境界区分」の画定に踏み切り、それまでテュルクの定住民とまとめて「サルト」と呼ばれてきたイラン系のタジクたちが、タジク民族として公認されるとともに、ブハラの東部とトルキスタン自治ソビエト社会主義共和国の南部が切り分けられて現在のタジキスタンの領域にタジク自治ソビエト社会主義共和国が設置された。

このように、中央アジア地域ではナポレオンやフィヒテの唱えた西欧型「民族自決」の言葉と引き換えに、本来の民族共生というアジア的な優れた生き方を少なくとも政府のイデオロギーレベルでは失うことになり、本来は中央アジア諸国が一団となれば巨大な経済圏となるはずであったのが、結果的に諸国の分立と少数民族と多数派民族とのあらゆる格差を生み出すことになった。以上のような考え方はタジクへももたらされたものの、第一次世界大戦後のトルコ革命後にパミール地方へ逃れたエンヴェル・パシャ将軍らが唱えた「汎テュルク主義」はロシアとの対立を望まないケマル・アタチュルク率いる新生トルコ共和国により却下され、反ロシア・反ソヴィエトのバスマチ抵抗運動は旧地主・支配階層による抵抗運動の枠を超えられず、中央アジア諸民族の結束力の弱さを体現している。この旧地主・支配階層は、その後アフガニスタンに逃れ、一部はペルシャ湾岸諸国やイラン、あるいは西欧に亡命して現在に至っている。一方で1929年、タジクはウズベク・ソビエト社会主義共和国から分離し、ソビエト連邦構成国の一つであるタジク・ソビエト社会主義共和国に昇格した。

ソ連時代のタジク・ソビエト社会主義共和国は、スターリン批判後の中ソ対立の文脈で1969年に発生した珍宝島/ダマンスキー島をめぐる中ソ国境紛争の調停の結果、タジキスタンの東部パミール地域にあるゴルノ・バダフシャン自治州にあるムルガーブ県（英語版）の一部領土が中華人民共和国に割譲されるなど、中央政権にとってのタジキスタンのパミール地域は「削られても痛くない辺境地域」として見られているかと見間違うほどであった。

こうして形成されたタジク国家は1990年に主権宣言を行い、1991年に国名をタジキスタン共和国に改めるとともに、ソ連解体に伴って独立を果たした。