2006年3月1日にトミーはタカラと合併。同年4月からは「ネオブロックス」を展開し、他にも新動力機構を備えたゾイドエヴォドライブをゴジュラスとレッドホーンの2種類をリリース。さらにタカラトミー初のオンラインゲームでもある「ゾイドオンラインウォーズ」の運営を開始。同年11月からはコトブキヤとのコラボレート企画として1/72スケールプラモデルシリーズの「ゾイド ハイエンドマスターモデルシリーズ」（以下HMMシリーズ）の展開が開始された[20]。その後、ゾイドは前年開始したネオブロックス、ゾイドオンラインウォーズが終了した。

タカラトミーはここまで（1999年?2006年）を「第2期」と呼んでおり、国内・国外を合わせた累計出荷数は2500万個以上である[5]。
2008年以降

第2期シリーズのアニメの終了後は勢いを失い、コアなファン向けの小規模な展開が中心となった[4]。2008年に入り月刊ゾイドグラフィックスによる旧キットの復刻、そして電撃ホビーマガジン創刊10周年企画およびゾイド誕生25周年記念企画である「ゾイドリバースセンチュリー」シリーズ、アニメシリーズの10周年企画商品を展開。商品展開は2009年3月に発売されたガルタイガーGCで商品展開と生産を終了。2009年7月のおもちゃショー会場で暗黒軍仕様ディメトロドンが限定販売された。

2010年には海洋堂のリボルテックシリーズややまとの完成品フィギュアが発売。同年8月に『ZOIDS concept art』の発刊が行われた。このconcept artは、第1期の終焉後にアニメ業界に移っていた徳山がタカラトミーに復帰し、子どもたちが自由に空想して遊べる玩具オリジナルの作品の良さを後世に残すコンセプトアート作品と位置づけて直接描いている[3]。

2012年にはタカラトミーの子会社であるトミーテックブランドより1/144スケールのプラモデルシリーズ「モデラーズスピリットシリーズ」を展開するも8製品の製品化をもって2014年にシリーズ終了（一部の製品は開発予告されていたが販売中止）。公式サイトでは、「第一期シリーズ終了」とされているが、現在までにシリーズ関連の動きは無い[21]。

2013年3月からはゾイド30周年を記念して、『ZOIDS concept art』の世界観を基軸にした「ゾイドオリジナル」をキット展開するが、これも4製品が販売されたのみで翌2014年3月で終了。

2015年には旧・タカラ主導であったトランスフォーマー マスターピースとのコラボレーションとして「ZOIDSマスターピース シールドライガー」と「同セイバータイガー」が発表、2016年3月に発売された。また、concept artの世界観をモチーフとしたゲームとして、ZOIDS Material Hunters（2015年5月?2016年6月）とZOIDS FIELD OF REBELLION（2017年4月?2018年7月）も配信していたが、どちらも1年程度でサービス終了となった。
2018年（第3期）

2018年2月には、「Z」をキーワードとするティーザー広告（公式サイトおよびコロコロコミックに掲載）を経て、同月27日に新シリーズ「ゾイドワイルド」を発表。同年6月より「第3期」と銘打った大々的なシリーズ再開を発表。完全新作のゾイド（8種類）を販売したほか、アニメ・漫画・スマホアプリなどのメディアミックス展開を行った[5]。詳細は「ゾイドワイルド」を参照

2023年にはゾイド40周年のアニバーサリー商品としてAZシリーズが展開されている[22]。メインの購買層が30?35歳の男性（第2期のテレビアニメを見て育った世代）。40周年プロジェクトの大テーマは「ファンへの感謝」。初代アニメの主人公バン・フライハイトの愛機として登場し、シリーズ史上最高の売り上げを記録した「ブレードライガー」を、ハイエンドモデルとして販売した[23]。
主な玩具シリーズ作品
特徴

1/72キットなどの製品は、組み立てに接着剤が不要なスナップフィット方式を採用している。ゴムキャップで固定されるパーツもあり、組み立てた後でも簡単に分解することができる。こうした仕様は、安全性が重視される欧米市場を意識したものだった。また、小型ゾイドはゼンマイ、大型のものにはモーターが内蔵されており、歩行などの動作を行う[1]。

デザインはモチーフとなった動物の意匠を活かしており、陣営によって差別化が図られている。デザインの募集も行われ、バリゲーターのようにデザインコンテストの受賞作が製品化されたこともある[1]。
1/72スケール組み立てキット

第1・2期でゾイドの主力となったシリーズ。大きく分けると電動モーター駆動によるキットとゼンマイ駆動のキットに二別される。さらに電動モーター駆動キットは大型キットと中型キットに分けられ（さらに超大型キットに分ける場合もある）、ゼンマイ駆動キットも中型と小型に分けられる。また、グラビティーゾイドの一部や、SSゾイド、TFゾイドのように歩行ギミックを持たないゾイドも存在する。このシリーズは国外でも販売され、「ZOIDS 2」や米国ハズブロ社、シンガポールなどでも展開された。これら国外版ゾイドには日本国内では流通していないオリジナルカラーや新規金型のキットも存在する。

なお、トミーアメリカ法人の企画であるZOIDSではスケールは設定されていなかったが、メカ生体ゾイドシリーズの展開に当たり、当時トミーが輸入していた英国エアフィックス製のミリタリープラモデルと同じ1/72スケールに設定された[24]。