1992年12月、国連の国連安保理はPKO国連ソマリア活動のため、アメリカ軍を中心とする多国籍軍を派遣。続いて1993年5月、平和強制と国家建設を任務とする第二次国際連合ソマリア活動が展開したが、アイディードは国連に対して宣戦布告、国連パキスタン軍を攻撃して24名の兵士を殺害した。これに対し、国連安保理はアイディード派幹部拘束を目的とした国際連合安全保障理事会決議837（英語版）を全会一致で可決して作戦を実施した。しかし、激しい応戦に遭い初期の目標は達成したものの、18名の米国兵士とマレーシア兵士1名を失い、73名の負傷者を出した（モガディシュの戦闘）。米国が撤退を決定すると、主軸を失った国連活動も全て撤収する事となった。1995年3月、中央政府も無く首都も二分されたままで最後のPKO部隊が撤退し、国際社会がソマリア内戦に介入することが非常に困難であることを証明した。
泥沼化詳細は「w:Consolidation of states within Somalia (1998?2006)」を参照

国連が撤収した1995年3月、アイディード派の財政を支えた実業家アリ・アトが離脱してSNAは分裂した。アリ・アト派は8月に武装勢力13派と協力関係を樹立し、アイディード派との戦闘に突入。1996年8月、砲弾による負傷が原因でアイディード将軍が死亡すると、三男のフセイン・アイディードが後継者となった。これを機に、10月には隣国ケニアが停戦協議を持ちかけたが失敗する。

1997年12月、モハメド派、アト派、アイディード派を含む武装28派がエジプトのカイロで無条件停戦などを定めた和平協定に調印、統一政府の樹立に向けて会議を開催することで合意したものの、翌1998年3月に開かれた会議で、各派の意見対立により和平合意は延期。5月に、和平合意に向けた会議を開くことを約束したが開かれず、その後は和平協定そのものが事実上無効となってしまった。

同年7月、北西部の氏族の一部が自治国家プントランド共和国の樹立を宣言する。続いて隣国のエチオピアがエリトリアと国境紛争を起こすが、その余波でエチオピアが支援するラハンウェイン抵抗軍（RRA）が1999年6月に南西部の要衝バイドアを制圧した。
ハッサン暫定政権

2000年5月、隣国ジブチで和平会議が開催され、実業家や氏族代表らが集まり暫定政府樹立に向けて討議を行った。討議は約3ヶ月にも及んだが、最終的に暫定大統領、暫定首相、暫定議会の発足を約束した。8月には和平会議に基づき暫定議会が発足し、任期3年の暫定大統領に元内相のハッサンが就任、10月にハッサン暫定大統領はガライド元工業相を首相に任命、約10年ぶりに政権が発足した。しかし、アイディード派などの有力氏族およびソマリランドなど独立勢力は暫定政府を「ジブチの傀儡」として承認せず、その後も内戦が続いた。

2001年10月には暫定議会がガライド首相の不信任案を可決し、新首相にファラ水資源・鉱業相が就任した。ファラ首相は2002年2月、武装勢力の代表を初めて入閣させた新内閣を発足させた。暫定政府と対立する有力氏族でつくるソマリア和解再生評議会（SRRC）は、4月1日にバイドアを首都とし南西部地域自治政府の樹立を発表、いわゆる南西ソマリアが成立した。自治政府大統領にはSRRCの共同議長の1人であるシャティグドゥド（RRA指導者）が就任。独立・自治宣言をし事実上分離状態に陥ったのはこれで3例目であった。

2002年11月にケニアで起きた同時テロでは、ソマリアのイスラム原理主義組織アル・イッティハド・アル・イスラミ（AIAI）の関与が疑われた。内戦で統治機構が崩壊し、アフガニスタンのように過激派組織の温床となっているのではないか、と米国に疑惑をもたれたがハッサン政権は否定した。

和平合意案がケニアのナイロビで協議されてきたが、2003年7月に4年後の連邦政府樹立などで合意しファラ首相が調印、しかし、この調印がハッサン大統領の承認無しに行われたとして大統領は首相を非難し、協議途中で帰国した。

2003年8月、ファラ首相の不信任案が暫定議会で可決されたが、ファラ陣営は出席議員数が決議に必要な数を下回っているとして無効を主張、ハッサン大統領はムハンマド・アブディ・ユスフを新首相に任命した。またハッサン大統領は同年同月に3年の任期満了をむかえても、新政権が発足するまで職に留まる意向を表明した。
ユスフ暫定政権

2004年10月10日、ケニアのナイロビで開催された暫定議会がプントランド大統領のアブドゥラヒ・ユスフを新大統領に選出。この暫定議会にはソマリランド以外の全ての勢力が参加し、正式な中央政権が成立する足がかりとなるか注目された。アイディード派からはフセイン・アイディードが副首相兼内相、アト派からはアリ・アトが住宅・公共事業相、南西ソマリアからはシャティグドゥド大統領が農相として入閣し、暫定連邦政府が成立した。しかし、暫定議会の招集に応じなかったソマリランドは反発した。

ユスフ大統領は2005年6月13日より、ナイロビに拠点を置くソマリア暫定連邦政府の本国帰還を開始した。アリー・ムハンマド・ゲーディ首相や閣僚らとともに、ソマリア内の治安回復と施政権獲得の機会を模索した。ソマリアは国内にはソマリランド共和国・プントランド共和国・南西ソマリアなどの「国家」や軍閥が乱立しており、さながら群雄割拠の様相を見せていた。ソマリアは元々氏族社会であるため、地域同士の対立はもちろん氏族同士での対立も頻発している。特に、ソマリランド共和国はアフリカ諸国の中でも異例なほどに安定した経済と民主主義による政治を行っていると喧伝しており、ソマリアとは別個の国家と主張している。プントランドや南西ソマリアは暫定連邦政府への協力を表明している。
イスラム法廷会議詳細は「w:Advance of the Islamic Courts Union」を参照イスラム法廷会議の支配地域の拡大（2006年）

1994年、内戦の泥沼の中で南部にてイスラム原理主義の「イスラム法廷連合」（後にイスラム法廷会議へ改称）が結成、勢力を急速に伸ばした。法廷連合はイスラム聖職者の指導により、治安の悪化した市街地などで、イスラム法にのっとった自警団的な役割を果たす集団として国民の支持を拡大、人気と武力を持ってソマリア南部を制圧。
2006年6月には、首都モガディシュを占領した。しかし、支配地ではイスラム法に則った厳格な法令を敷き、女性の権利縮小や、娯楽の禁止、公開処刑など、人権問題が目立ち、アフガニスタンのターリバーンに似た性格も持っていた。自主的に学校教育を行うなど、福祉的な一面も持つが、教育は原理主義的要素を多分に取り入れ、生徒を過激思想に染める事を意図したものであった。さらには国際テロリストであるアル・カーイダとの関与が疑われており、暫定政権を推すアメリカとの対立は避けられなくなった。

法廷連合の首都制圧にもっとも危機感を抱いたのは、隣国エチオピアであった。エチオピアは北隣のエリトリアと国境問題で対立しているが、エリトリアが法廷連合を援助しているとして、非常に危機感を持っていたのである。また、エリトリアとソマリアの両国はイスラム教国であり、イスラム教徒も多いとはいえ基本的にはキリスト教国のエチオピアは、原理主義の台頭は対立の再燃をもたらす火種となることは、容易に想像できた。法廷連合が首都を制圧した6月、国連はソマリアへの武器供与を禁じる決議を採択したが、エチオピアは7月に軍地上部隊数千人を暫定政権拠点のバイドアに展開しており、国連決議を無視して暫定政権軍への武器供与を行った。アフリカ連合はたびたび撤退を求めたが、アメリカが駐留を支持した為、エチオピア軍は駐留と武器供与を続けた。
エチオピア軍侵攻詳細は「w:War in Somalia (2006?09)」および「w:2007 timeline of the War in Somalia」を参照エチオピアとイスラム法廷連合の戦闘（2006年12月24日）

2006年12月6日、国連安保理はソマリアへの国際平和維持部隊（8000人規模）派遣と武器禁輸の一部緩和を含んだ国連決議1725を採択したが、12月下旬にはイスラム法廷連合が暫定政府の拠点バイドアに攻勢をかけ、20日には展開していたエチオピア軍との間に戦闘が発生した。バイドアはエチオピアとの国境に近く、ここの陥落はエチオピアにとって危機であった。

12月24日、エチオピアはこれまで認めていなかったソマリア派兵の事実を確認、エチオピア軍は航空機とミサイルにより、法廷連合軍に攻撃を加えた。暫定政府を支持するエチオピアの首相メレス・ゼナウィは、自国の国家主権保全を理由に、法廷連合と「戦争状態」に突入したことを認めたが、対テロ戦争と位置づけ、同時に国連・AU・EUによる和平活動を支持した。