エッグマンの手下は全員アニメ初登場キャラクター。 いずれもアニメオリジナルキャラクター。
Dr.エッグマン/イーヴォ・ロボトニック （Dr. Eggman)/(Ivo Robotnik)
声優 - 大塚周夫種別：人間 / 性別：男 / 身長：185cm / 体重：128Kg / 年齢：不明 / 血液型：B型 / IQ：300 / 好きな物：メカ（エピソード49では好きな物の項目が消え、本名が「ロボトニック」と表記されている）ソニックの最大にして永遠のライバルを自称する悪の科学者。天才を自称しているだけにIQは高いが、何度ソニックに負けても決して世界征服をあきらめない。典型的な「悪役」（「悪人」ではない[注 6]）で、卑怯なことはするが手下のロボットと漫才のような会話[注 7]を繰り広げたり、たとえソニックに勝てそうになってもトドメを刺さずに返り討ちにあったりする[注 8]。本作では野球好きという一面を見せている。コミカルな場面が多い一方で、ソニックとずっと一緒にいたいクリスを説教するなど悪役らしからぬ行動も散見され、第2期では哲学的で意味深な発言が多くなっている。
デコー（Decoe）
声優 - 山口健種別：エッグマンロボ / 性別：？ / 年齢：？ / 身長：198cm / 体重：200Kg / 好きな物：きしめん、ういろうDr.エッグマンの手下ロボットで名古屋弁を話す。金色の長身で胸に凸（でこ）のマークがある。マヌケな面を見せることが多いが、エッグマンのボディーガードを兼ねていることもあり戦闘能力は高い。エッグマンと一緒にいるときは悪事に加担するが、そうでもない場合はボコーと同じく優しい性格のようで、善い行いをする事を気持ちがいいと喜んでいた。エピソード48でボコー共々一度エッグマンに置いてけぼりにされて主従関係をやめたが、エピソード49でクリスをエッグマンのところへ案内する形で結果的にエッグマンのもとへ戻った。過去にトムスが1991年に制作した『緊急発進セイバーキッズ』に登場した、Dr.バグの手下ロボット「イプシロン」と同じキャラクターデザインとなっており、イプシロンとは同一の声優が演じている。
ボコー（Bocoe）
声優 - 島田敏種別：エッグマンロボ / 性別：？ / 年齢：？ / 身長：145cm / 体重：220Kg / 好きな物：からしめんたいこDr.エッグマンの手下ロボットで博多弁を話す。銀色の小柄で胸に凹（ぼこ）のマークがある。デコーの弟的存在。デコー同様主人のエッグマンにこき使われて苦労が絶えないが、なんだかんだで仲良くやっている。デコー同様『緊急発進セイバーキッズ』に登場したDr.バグの手下ロボット「オメガ」と同じキャラクターデザインとなっている。
ボックン（Bokkun）
声優 - 小林由美子種別：エッグマンロボ / 性別：？ / 年齢：？ / 身長：50cm / 体重：20Kg / 特技：Dr.エッグマンからのメッセージを伝えること。爆弾を爆発させること。その他。エッグマンからのメッセージをソニックたちのもとに運ぶロボット。小悪魔のような外見をしており、外見に違わず悪戯少年のような性格をしているが、寂しがり屋な一面もあり、時には泣いたりソニックのことを応援したりなどの一面も見せる 。語尾に「?じょ」、悪戯成功時などには「ばーか！」が口癖。普段は「メッセンジャーロボ」と呼ばれることが多く、エミーからは名前があったことに驚かれていた。
クリスの家族
チャック・ソーンダイク（Chuck Thorndyke）
声優 - 島田敏種別：人間 / 性別：男 / 身長：165cm / 体重：60Kg / 年齢：72歳 / 好きな物：メカ、ベースボールクリスの祖父で発明家。歳不相応な好奇心と行動力を持つ、クリスやテイルスの良き理解者。テイルスと一緒にメカを開発してソニックたちをサポートし、1期最終話では年の離れた友人として、テイルスにあるサプライズプレゼントを贈る。エッグマン同様野球好き。
ネルソン・ソーンダイク（Nelson Thorndyke）
声優 - 山口健種別：人間 / 性別：男 / 身長：180.0cm / 体重：82.5Kg / 年齢：42歳クリスの父で、チャックの息子。アメリカで70%ものシェアを持つ電化製品兼機械製造会社の社長を務め、忙しい毎日を送っているので、一人っ子のクリスに寂しい思いをさせているのではないかと心配しているかなりの親バカ。クリスが行方不明になったときはGUNを出動させると発言し、チャックに叱られたこともあった。日本語版ではチャックに対しては敬語で接している。
リンゼー・ソーンダイク（Lindsey Thorndyke）