一方で、セル画人気がエスカレートし、制作会社に見学に訪れる者や侵入した者によるセル画の盗難事件、盗品がまんだらけなどの古書店やインターネットオークションで販売される事件、偽物の流通も発生した。その他、経営破綻したプロダクションが手掛けていた作品では、会社倒産時の混乱に乗じて何者かによりセル画が持ち出され散逸し所在不明となったとされるものもある。

デジタル移行後にも、実際のアニメで使用されない視聴者プレゼントや販売などの目的でセル画（リレイズセル）が作成される場合があるが、プレミア的な高価格で販売される物を除いて、多くの物は印刷によるものである。
セル画の分類

生セル - まっさらなセル。まだ何も描かれていない。タップ穴が開いている。

スタンダードセル - テレビアニメ作品（4:3制作）で一般的に用いられてきた268mm×228mmサイズのセル。

中判セル - スタンダードに比べ、横に長いセル。B4サイズが基本。「中版セル」と表記される場合もある。

大判セル - 中判以上のサイズのセルの総称。「大版セル」と表記される場合もある。

ビスタサイズ - 劇場版アニメ作品（16:9制作）に使われる345mm×230mmのセル。

オープニング・エンディングセル - アニメのオープニング、エンディングに使用されるセル画。丁寧に作られている場合が多く、アニメの顔として認知度も高いので、有名作品では非常に高額で取引されている場合がある。OP・EDセルとも。

アイキャッチセル - テレビアニメ作品のアイキャッチに使用されるセル画。

アバンタイトル - 作品冒頭（アバンタイトル、プロローグ）で使用されるセル画。プロローグ、アバンとも。

BANKセル - 魔法少女の変身シーンなど、作品中で複数回使用される場面（BANK）のセル画。またはコレクター用語で自分のお気に入りのセルのこと。

劇場版 - 劇場版作品で使用されるセル画。一般的にビスタサイズを使用したセル。裏トレスによる彩色など、テレビアニメよりも手間がかかっていて綺麗なことが多い。

ENDセル - 各シーン最終のセル画。セルの端にカットナンバーと共に「END」と書かれている場合が多い。

複製セル画（リレイズセル） - 記念・販売を目的に制作されるセル画。デジタルから生セルにプリントし、セル画を使用していない作品の物も制作される場合がある。アナログ時代はハンドトレスとアニメカラーで製作していたが（トレスマシンだとすぐに線が劣化するので、不適である）、アナログによるアニメ制作技術が廃れた現在では一般的に印刷物が用いられる。

描き起こしセル画 - 放送用とは別に、新たに描き起こしたセル画。版権用に起こしたもの、販売用に起こしたもの、などがある。元の絵をセル画にすることを「セル起こし」と呼ぶ。版権用の描き起こしは、一点物で非常に気合が入っている。販売用に起こしたセル画は、名シーンの人気キャラなどを抜き出してセルに起こしたもので、アニメ雑誌の通信販売などでファンに安価に販売されており、大量生産で粗雑な塗りが多い。ただし、本放送と同じ原画をトレスマシンにかけている場合は、素人には本放送用セルと見分けがつかない場合がある。この販売用セルは、後年に「本放送で使用されたもの」と偽って、非常に高価で中古に流される場合があり、「オコシ」と呼ばれて嫌がられた。

オコシ - セル画の偽造品。有名作品のセル画はマニアが高く買い取るのが判明し、オコシが流通した。「目コピ」で作った同人セル画ならともかく、紙に書かれた動画が外部に流出したのをトレスマシンにかけて作った場合など、本物と見分けがつかない。当時はファンイベントなどでセル画とセットでその元となった動画を配布・販売する場合が多く、その動画をもとにオコシが作られた（ただし、トレスマシンは個人で入手できるような代物ではなく、内部の人間の犯行の可能性がある）。本放送とよくよく見比べると塗りが違うので解るかもしれないが、現物だけではわからない。これが判明すると、オコシの流通を避けるために動画を外部に配布せずに回収するプロダクションが現れたり、またマニアもセル画を必ず動画とセットで保管することで本物であることを担保するようになった（その結果、現在は劣化したセルが動画の紙にくっついて取れなくなっていることが多い）。新宿のアニメグッズ専門店「アニメック」にトレスマシンが設置されており、1枚100円で生セルにトレスできたが、オコシが問題になった後に撤去された。

同人セル - ファンなど同人によって制作されたセル画。アニメカラーや生セルは市販されていたため、これを使って同人セルを作る人もおり、同人イベントや学校の文化祭のアニメ研究会のブースなどで販売されていた。同人レベルでトレスマシンを入手できるわけはなく、基本的にハンドトレスである。アニメ雑誌などに載ったキャプチャをコピーしてそのままトレスしたものや、アニメを見て自分の目でコピーして原画に起こした「目コピ」、などの手法がある。素人ながら本物並みに上手い人もおり、「描き起こしセル画（オコシ、本物の偽造品）」として販売される場合がある。

中割り（中落ち） - 原画間のつなぎのセル画。あくまで映像として見られる前提のため、キャラが変な顔になっている場合がある。これは作画崩壊ではなく、プロの技術であるが、単体の「セル画」としてファンに配布・販売された際には理解されず、嫌がられた。

カブセ（被せセル） - 着色ミスなどの修正のためにセル画の上から被せるセル画。ラッシュチェックの工程などで見つかった場合、もう時間が無くて描き直すわけにいかないので、カブセにするしかない。

版権セル（販促セル） - ポスターやグッズなどに使用するためにアニメ制作用途以外に制作されるセル画。本放送用セルのような主婦の内職ではなく、監督自身がセルに起こすなど、非常に気合を入れて製作される。トレスマシンだと線が劣化するので、線はゼロックスかハンドトレスである。基本的に「アニメ塗り」ではあるものの、エアブラシによるぼかしなど、アニメでは使いづらい手法も使えるので豪華である。大判セルのことが多い。

デジタル移行「デジタルアニメ」も参照

日本においてアニメ産業が成立して以降、1990年代までの商業アニメ作品には基本的にセル画が用いられていた。

セル画を用いず、専用機材を導入のうえ全編デジタル彩色での製作が開始されたのは、1997年4月放送分以降の『ゲゲゲの鬼太郎（アニメ第4作）』や1997年4月放送開始の『超特急ヒカリアン』などからである。しかしながら同時期に開始された『ポケットモンスター』などは放送開始後の約5年間はセル画による製作となり、アニメ制作会社毎に機材導入の進捗状況次第で導入の有無が分かれる時期でもあり、『ロスト・ユニバース』など過渡期の一部作品ではCGとセル画のパートをそれぞれ用意して編集して一本の作品に仕上げる手法も取られた。デジタル彩色の導入により、色数の制約も事実上なくなった。

このうち、東映アニメーション作品については1998年に『金田一少年の事件簿』第69話を最後にセル画制作を打ち切り、ほぼデジタル彩色に移行。他社の長期放送継続中の作品に関しても、1999年に『ちびまる子ちゃん』[6]、2002年に『ドラえもん』[6]と2000年代前半までにほぼデジタル彩色による製作へ変更された。また、長編アニメーション映画では1997年公開の『もののけ姫』などが3DCG描画と融合する一部分のシーンにおいてデジタル彩色による製作を取り入れている。

商業アニメの制作の現場ではセル画は事実上過去のものとなっている。現行作品で最後までセル画による作画を継続していたのは『サザエさん』（通常放送の本編部分）である。製作会社のエイケンは雰囲気を出すために、あえてアナログな作り方にこだわる姿勢を見せていた。だが、セル画にはハイビジョン画像との特性的な相性で良くない面があり、エイケンの幹部もテレビのデジタル化の進展による画像品質の向上などで、他作品との比較で映像品質について汚いなどの不満が視聴者から寄せられるようになれば『サザエさん』のセル画製作を断念せざるをえない、との見解を示していた[6]。しかし、サザエさんも既に部分的にはデジタル化を行っており、オープニングおよびエンディング部分と、CM、FNSの日スペシャル・特番などの特別版の本編については、セル画からデジタル彩色へ一部移行されていた。2013年10月6日の放送分より本編を含めて完全デジタル彩色へ移行（詳細はサザエさん (テレビアニメ)#特徴を参照）。なお、同社の2001年の作品『ゴーゴー五つ子ら・ん・ど』（実制作：マジックバス）では全編デジタル彩色が導入され、『親子クラブ』についても2004年10月のフジテレビ放送分から同様の措置が取られている。
セル画式アニメの終焉

日本国内のアニメ業界では、1990年代後半以降、デジタル彩色の導入が業界規模で進行した。その一方でセル画製作の技術を持つ人材の減少・高齢化が急速に進行し、並行して業務用セルの流通が減少したことで業界各社はセル画による制作の継続に不安を持ち、さらにデジタル彩色の普及が加速度的に進む結果になったが、その中でも2000年代初頭の一時期にかけては、セル画の技術しか持たずデジタル彩色の技術習得の機会にも恵まれない中堅・ベテラン世代のフリーランスの彩色スタッフが一気に淘汰される結果にもなり、無事に業界に残った者の中にも、デジタル彩色の導入がテレビアニメほど急激に進まなかったアダルトアニメの制作に携わることで、デジタル彩色の技術を習得するまでギリギリ食い繋ぐなどといった状況が見られた。さらに時代が下り、現在[いつ?]ではアダルトアニメも含めてアニメ作品のほぼ全てがデジタル彩色となり、セル及び専用塗料の需要も最盛期の数十分の一まで落ち込み、売上、生産量共に大幅に減少しており[6]、個人向けの画材として一部の大手画材店などでは販売が継続されているものの、業務用としてまとまった量の入手が困難になってきたことから、教育機関・養成機関などでのセル画技術の養成はもはや行われていない。

いずれにしても、セル画は材料がやがて入手不可能になるものと考えられ、最後まで唯一残っていた「サザエさん」も日本国内のみではセル画製作が人手不足で間に合わないため、全体の20?30%は中国への外注に依存している状況であった[6]。

そしてテレビアニメ業界において、最後までセル画で製作されていた「サザエさん」のアニメの製作過程が完全にデジタル環境に移行し、2013年10月6日放送分よりデジタル式アニメになることに伴い、2013年9月29日放送分をもって今までのセル画とフィルム撮影での本放送が完全終了することになった。これをもって、テレビアニメ『鉄腕アトム』以来、50年間続いたセル画式アニメは現行のテレビアニメから全て姿を消すこととなった[7]。
脚注[脚注の使い方]^ アニメ用語辞典?仕上編? - テレコム・アニメーションフィルム