1890年、セビージャ市の統治者はセビージャFCの設立を発表し、初代会長にはD・ホセ・ルイス・ガジェゴスが就任した。1908年にはレクレアティーボ・ウェルバとの間でスペイン初の公式戦が行われた。1914年にはコパ・デ・セビージャで優勝した。1935年のコパ・デル・レイ（当時はコパ・デル・プレジデンテと呼ばれていた）では決勝でCEサバデルを3-0で破って優勝した。スペイン内戦後の1938-39シーズンには、決勝でラシン・フェロルを6-2で破って2度目のコパ・デル・レイ（当時はコパ・デル・ヘネラリシモと呼ばれていた）制覇を果たした。スペイン内戦後初のリーグ戦となった1939-40シーズンにはかなりリーグ優勝に近づき、FCバルセロナに11-1で、バレンシアCFに10-3で、エルクレスCFに8-3で勝利するなど驚くべき勝利をいくつも挙げたが、エルクレスCFとのシーズン最終戦は3-3の引き分けに終わり、アトレティコ・アビアシオンに優勝をさらわれた。1942-43シーズンには再びリーグ2位となり、1943-44シーズンには3位となった。1945-46シーズンには初のプリメーラ・ディビシオン（1部）優勝を果たした。1947-48シーズンのコパ・デル・レイ決勝ではセルタ・デ・ビーゴを4-1で破って3度目の優勝を遂げた。
20世紀後半

1958年にはエスタディオ・ラモン・サンチェス・ピスフアンが完成し、レアル・ハエン戦 (3-3) で幕を開けた。1960年代はプリメーラ・ディビシオン中位に低迷し、1968-69シーズン終了後にはセグンダ・ディビシオン（2部）に降格したが、1年でプリメーラ・ディビシオン復帰を果たした[2][3]。

1970年代初頭には再びセグンダ・ディビシオンに降格した。1990年代にはプリメーラ・ディビシオン中位に確固たるポジションを築いたが、1997-98シーズンにセグンダ・ディビシオン降格となった[4]。再び昇格したものの、1999-2000シーズンはわずか勝ち点28しか挙げられず、最下位でセグンダ・ディビシオン降格となった[5]。
2000年代の巻き返し

2000年夏に就任したホアキン・カパロス監督の下、2000-01シーズンにはセグンダ・ディビシオンで優勝した[6]。2002年に就任した弁護士出身のホセ・マリア・デル・ニド新会長はクラブの財政を整理し、強化担当のモンチスポーツ・ディレクターの辣腕もあって強豪クラブへの道を歩み出すことになった。移籍金が安いが実力のある良質な選手をスカウトし、自らの下部組織で育成した将来有望な若手選手と組み合わせることによって、ビッグクラブほど資金をかけずにビッグクラブに対抗できる強力なチームを作り上げることに成功。2004年1月にはクラブ生え抜きのスター選手であるMFホセ・アントニオ・レジェスをアーセナルFCに売却して移籍金1050万ポンドを得て[7]、2005年夏にはやはり生え抜きのセルヒオ・ラモスをレアル・マドリードに売却して移籍金2700万ユーロを得た。

2003-04シーズンは20年以上ぶりにコパ・デル・レイで準決勝に進出した（準決勝ではレアル・マドリードに1-2で敗れた）だけでなく、リーグ戦では6位となってUEFAカップ出場権を獲得した[8]。2004-05シーズンも6位となってUEFAカップ出場権を維持した。
2005-06シーズン

2005年夏にはカパロス監督が退任してファンデ・ラモス監督が就任し、バレンシアCFからGKアンドレス・パロップを、AFCアヤックスからDFジュリアン・エスキュデを、FCバルセロナからFWハビエル・サビオラを、FCポルトからFWルイス・ファビアーノを、トッテナム・ホットスパーFCからFWフレデリック・カヌーテを獲得するなど大量補強を行った。UEFAカップでは1回戦、グループリーグと順調に勝ち上がり、ラウンド32ではロシアのFCロコモティフ・モスクワを倒してラウンド16に進出した[9]。リールと対戦したラウンド16では1stレグを0-1で落としたが[10]、クラブの欧州カップ戦50試合目となった2ndレグは2-0で勝利し、準々決勝に進出した[11]。準々決勝ではロシアのFCゼニト・サンクトペテルブルクと対戦し、2試合合計5-2で勝ちぬけた[12]。